Nederland was ingedeeld in drie gebieden: A, bestaande uit de drie zuidelijke provincies; B, het gebied ten westen van de IJssel en C, bestaande uit het gebied ten oosten van de IJssel inclusief de drie noordelijke provincies. Het gebied B was opgedeeld in B1 en B2, waarbij B2 bestond uit de provincies Noord-Holland, Zuid-Holland en Utrecht. B1 werd gevormd door het overgebleven gebied ten westen van de IJssel. Elk van deze gebieden werd op een ander moment bevrijd en voor elk gebied werd een afzonderlijk plan van aanpak gemaakt, aangepast op de situatie van het gebied. Vanuit SHAEF werden uit de betrokken partijen commissies en subcommissies opgericht om de vele verschillende taken op zich te nemen. Zo werd de Four Party Supply Committee opgericht, waarbinnen de Shipping and Inland Transportation Sub-Committee weer een apart onderdeel vormde.
De taak van SHAEF met de hoogste prioriteit was het land te voorzien van brandstoffen en energie. Het beperkte aanbod van brandstoffen bemoeilijkte het bieden van hulp namelijk sterk. Voor voedselhulp en medische bijstand was vervoer van essentieel belang en voor het opzetten van vervoer was brandstof onontbeerlijk. Ook waren brandstoffen en energie nodig om de elektriciteitsvoorziening weer op gang te brengen. Daarom werd eerst gepoogd de mijnproductie (t.b.v. bijvoorbeeld steenkool) aanzienlijk te verhogen en werden vloeibare brandstoffen en smeermiddelen op een zo kort mogelijke termijn geïmporteerd. (Deze brandstoffen en smeermiddelen worden door SHAEF P.O.L's genoemd: Petroleum, Oil en Lubricants) Tegelijkertijd werd er begonnen met het opzetten van diverse bevoorradingsacties, het repareren van de infrastructuur, het hervatten van industriële activiteiten, het op gang brengen en structureren van de posterijen en vele andere Civil Affairs-activiteiten.

Voordat de geallieerden zich echter mengden in de complexe situaties in de bezette gebieden, stelden zij een groot aantal rapporten en handboeken op over onder andere de Duitse organisatie. Zo gaf SHAEF een serie handboeken uit over de verschillende Duitse organisaties, zoals de SA, SS en NSKK. Ook stelden zij studies op over de Hitler Jugend en de concentratiekampen. Hierin staat onder andere beschreven hoe de desbetreffende organisatie tot stand kwam, wat de interne verhoudingen en de taken waren en welke opvallende kenmerken de organisatie vertoonde. Vaak werd de informatie aangevuld met een aantal kaarten of illustraties, bijvoorbeeld van uniformen. Daarnaast werden er algemene handboeken en rapporten over de bezette gebieden opgesteld, zoals het Netherlands basic handbook dat door de Britten werd opgesteld. Hierin aandacht werd besteed aan demografie, cultuur, religie, topografie, politiek en economie van Nederland. Ook bestonden er specifieke studies, bijvoorbeeld over de staat waarin verschillende industrieën verkeerden.
SHAEF werd op 14 juli 1945, na de Duitse capitulatie van 8 mei, opgeheven. De taken van SHAEF werden overgenomen en voortgezet door de British Military Mission to the Netherlands Government en USFET (US Forces, European Theatre). De documenten uit de collectie waren geclassificeerd als geheim, maar werden door de British Military Mission op 15 mei 1947 openbaar verklaard.