Tot en met 1986 werd de polder Achthoven bemalen met behulp van een windwatermolen met een diesel-hulpbemalingsinstallatie. Kort daarna werd er besloten om, in verband met het toenemende agrarisch gebruik van de grond, een nieuw gemaal te stichten. In eerste instantie was het de bedoeling om een gezamenlijk gemaal te stichten voor de polder Achthoven en de Hondsdijksepolder aan de Achthovenerweg. Uiteindelijk werd er besloten om voor de polders aparte gemalen te stichten. Voor de polder Achthoven werd er een bemalingsinstallatie gesticht bestaande uit een vijzel, met een capaciteit van 38 m3/minuut bij een opvoerhoogte van 2 meter, aangedreven door een dieselmotor van het fabricaat Lister, met een vermogen van 29,5 pk. Het werk werd in 1988 door Spaans Babcock opgeleverd.

In 1892 brandde de toenmalige poldermolen af. Ten behoeve van de bemaling van de polder Achthoven en de Huis ter Doespolder, werd de Achthovense molen gebouwd. Op 8 februari 1894 werd de molen opgeleverd. Deze wipmolen stond aan de noordwestelijke grens van de polder Achthoven en sloeg het water via een voorboezem uit op de Does. In eerste instantie werd de polder bemalen met behulp van een ijzeren scheprad. Het scheprad werd in de winter van 1960-1961 vervangen door een stalen vijzel, die buiten de molen werd geplaatst. Afhankelijk van de situatie werd de vijzel door wind of door een dieselmotor aangedreven. Deze dieselmotor is op den duur uit de molen verwijderd. De bemalingstaak is overgenomen door een elektrisch vijzelgemaal dat naast de molen is gebouwd. De molen is nog steeds maalvaardig en kan worden ingezet als hulp- en noodgemaal. De laatste, grootschalige restauratie vond plaats in 2002.

In 1684 werd de molen gebouwd langs de Meerburgerwetering, ter hoogte van Zoeterwoude-Rijndijk, ten behoeve van de bemaling van de Room- of Meerburgerpolder. De molen werd in 1936 ingrijpend verbeterd, waarbij onder andere de roeden en de wieken werden vernieuwd. Ook het scheprad werd vervangen, vermoedelijk door een exemplaar uit de molen Zelden van Pas van de Elsgeesterpolder. In 1951 werd er een hulpbemalingsinstallatie met dieselmotor in de molen geplaatst, omdat de windvang sterk was verminderd door de aanleg van het dijklichaam van de Rijksweg 4a (tegenwoordig A4). De bemalingstaak werd in 1967 overgenomen door een elektrisch gemaal. Kort daarna werd de molen aangewezen als Rijksmonument en in 1972 overgedragen aan de Rijnlandse Molenstichting.

De molen werd langzamerhand ingeklemd tussen de A4 en het omliggende industrieterrein van Zoeterwoude-Rijndijk, waardoor de locatie onhoudbaar werd. De molen werd in 2007 onttakeld en opgeslagen bij molenmakerij Verbij te Hoogmade. Op 26 september 2013 volgde de verplaatsing naar een nieuwe locatie in de Munnikenpolder. Op 17 april 2014 werd de molen maalvaardig opgeleverd en twee dagen later werd de molen weer in gebruik genomen.