In 1913 werd een wipmolen geplaatst ten behoeve van de bemaling van de Vlietpolder, ter vervanging van een afgebrande molen. De molen werd niet geheel opnieuw opgebouwd en er werden verschillende onderdelen gebruikt van elders gesloopte poldermolens. Zo werd het bovenhuis overgenomen van de gesloopte molen van de Uiteindsche- en Middelpolder.

In eerste instantie beschikte de Vlietmolen over een scheprad. In 1929 werd dit vervangen door een schroefpomp. Op 27 september 1956 stortte het wiekenkruis door een asbreuk naar beneden, wat veel schade aan de molen opleverde. De aanwezige schroefpomp werd vervangen door een vijzel met elektromotor die naast de molen werd geplaatst. De molen raakte in ongebruik, maar plannen van het polderbestuur om de molen te slopen werden tegengehouden door de GS van Zuid-Holland. In 1967 werd de molen onder verantwoordelijkheid van de Rijnlandse Molenstichting gerestaureerd en draaivaardig opgeleverd. De molen werd in 1988 verkocht aan diezelfde stichting. Tussen 2001 en 2002 werd de molen weer maalvaardig gemaakt. Daarbij werd de aandrijving van de vijzel zo gewijzigd dat het ook mogelijk is om met windkracht te malen. In 2019 is de molen korte tijd stilgezet in verband met herstelwerkzaamheden. Tegenwoordig doet de molen dienst als hulp- en noodgemaal.