In 1717 werd er een nieuwe molen voor de Gogerpolder gesticht, nadat een overeenkomst tussen deze polder en de aangrenzende Veender- en Lijkerpolders betreffende de gezamenlijke bemaling ten einde kwam. De molen werd gebouwd aan het noordeinde van de Goog en staat tegenwoordig langs de Ringvaart van de Haarlemmermeerpolder. De molen is vermoedelijk tussen 1833 en 1839 afgebrand en opnieuw opgebouwd. Ook in 1903 ontstonden er problemen met de molen, toen de bovenas brak, maar deze problemen konden snel verholpen worden. In 1944 werd de Gogerpolder geïnundeerd door de Duitse bezetter. Na de bevrijding werd er door de rijksoverheid een pompinstallatie gestuurd die de polder moest droogmalen. Toen deze installatie defect bleek, maalde de Googermolen de polder droog. De molen werd in 1956 voorzien van een hulpmotor. De bemalingstaak werd in 1972 overgenomen door een elektrisch gemaal dat naast de molen werd gebouwd. De molen werd buiten bedrijf gesteld en overgedragen aan de Rijnlandse Molenstichting. Tussen 1995 en 1996 werd het grondig gerestaureerd. Ook in 2012, 2014 en 2017 werden er enkele werkzaamheden aan de molen uitgevoerd. Op 14 oktober 2017 werd het 300-jarig bestaan van de molen gevierd.