Op 25 maart 1676 besloten de ingelanden van de Lisserpoelpolder om een bouwvallige wipmolen te vervangen door een nieuwe achtkante vijzelmolen. Deze molen werd gebouwd ten noorden van de 3e Poellaan, aan de ringvaart ten oosten van Sassenheim. Na de sloop van de Tweede Kleine Poelmolen, vermoedelijk aan het eind van de 19de eeuw, was de Lisserpoelmolen in zijn eentje verantwoordelijk voor de bemaling van de polder. In 1907 vernielde een windhoos de as en de roeden van de molen en negen jaar later gebeurde dat opnieuw. Om wateroverlast te voorkomen werd er in 1917 een zuiggasmotor in de molen geïnstalleerd. Deze motor werd in 1961 vervangen door een dieselmotor van het fabricaat Lister. De molen werd in 1963 aangesloten op het elektriciteitsnet, waardoor de vijzel ook elektrisch kon worden aangedreven. Daarbij werd de vijzel vervangen, de in- en uitstroom vernieuwd en er werden noodzakelijke restauraties verricht. In 1986 werd de molen overgedragen aan de Rijnlandse Molenstichting.