Oorspronkelijk werd de Stommeerpolder bemalen door de Oude Stommeermolen, gelegen langs de Geylwijkerwatering en op de dijk langs de Oosteinderpoelpolder. Op 19 augustus 1854 werd de molen getroffen door een windhoos, waarbij de kap van de molen werd afgerukt en het achtkant werd ontzet. Er volgden herstelwerkzaamheden. In 1919 werd de molen geraakt door bliksem en brandde geheel af. Ter vervanging werd molen nr. 1 van de Vriesekoopsche polder aangekocht en naast de fundering van de oude molen geplaatst. Dit bleek geen succes: in 1927 was het de bedoeling om de molen half te verdekkeren, ware het niet dat de molen op 24 december 1928 op hol sloeg tijdens een sneeuwbui waardoor de molenas brak en het wiekenkruis naar beneden stortte. De molen werd door A.J. Dekker weer maalvaardig opgeleverd, maar er werd vrijwel meteen besloten om een elektrische bemalingsinstallatie in de molen te plaatsen. De vijzel werd zodoende vervangen door een centrifugaalpomp. In 1969 werden de Hornmeer- en de Stommeerpolder gecombineerd en werd er naast de molen een gemaal gebouwd dat de bemalingstaak overnam. Het waterschap Groot-Haarlemmermeer droeg de molen in 1987 over aan de Rijnlandse Molenstichting. Daarbij werd de transformator uit de molen gehaald. De molen is sinds 2001 - en na een herstart in 2002 wegens gebreken - weer maalvaardig en fungeert als hulp- en noodgemaal ten behoeve van de gecombineerde Horn- en Stommeerpolder en de Oosteinderpoelpolder.