De bouw van deze zuivering begon in 1983. Op 9 mei 1985 werd de RI Groot IJpolder officieel in gebruik genomen om met name industrieel afvalwater in het westelijk havengebied van Amsterdam te zuiveren. In 1993 werd de zuivering uitgebreid en bij de ingebruikname op 18 maart is de naam veranderd in RWZI Westpoort. Vanaf 1997 werden de zuiveringstaken van de gemeente Amsterdam overgedragen aan het Hoogheemraadschap Amstel, Gooi en Vecht. Rond 2017 is een gedeelte van het kantoorgebouw gesloopt en zijn er op het terrein zonnepanelen geplaatst om bij te dragen aan de klimaatneutrale doelstelling van Waternet. Anders dan bij de meeste zuiveringen zijn bij de bouw langwerpige nabezinktanken t.b.v. aeratie ontworpen.