Waarschijnlijk al in 1447 bestond er in Leiden een kloostergemeenschap van dominicanessen, toen daar een huis verkocht werd aan Machteld Jansdr., dochter van Jan van der Woude, heer van Warmond. Zij was toen priorin van deze kloostergemeenschap, die aanvankelijk uit slechts enkele zusters bestond en die de Derde Regel van St. Dominicus volgde. Toen voornoemde Machteld Jansdr. samen met Magaretha Boudewijnsdr. zich bij deze gemeenschap aansloten, werd spoedig tot de Tweede Orde overgegaan. Het klooster, dat aan de H. Maria Magdalena was toegewijd, behoorde aanvankelijk tot de provincie Saxonia maar ging in 1464 over naar de “Congregatio Hollandiae”, een hervormingsbeweging van de orde der Dominicanen, die een striktere observantie voorstond. In 1515 werd het bij de nieuwe provincie Germania Inferior gevoegd. Het klooster, dat in 1454 door de orde canoniek erkend werd, was aanvankelijk waarschijnlijk gevestigd in een huis aan de Rapenburg. Zeker is echter, dat het kloostergebouw later westelijk van de kerk aan de Nonnensteeg gelegen heeft. Al in 1450 kregen de zusters een kapel “Jerusalem” geheten, waarvan de Rotterdamse dominicaan Arnoldus van Doetinchem als stichter genoemd is. Deze kapel werd nog in 1450 geconsacreerd en toegewijd aan de H. Maria Magdalena en de H. Elisabeth van Thüringen. In 1458 liep de kapel, die een rieten dak had, brandschade op. In het begin van de 16e eeuw werd begonnen met de bouw van nieuwe, grotere kapel, die in 1516 gereed kwam. Bij de beeldenstorm in 1566 liepen klooster en kerk fikse schade op. Dit herhaalde zich in 1572, toen de stad de zijde van Willem van Oranje koos. De zuster namen de wijk naar elders. Een aantal van hen vond onderdak in het dominicanessenklooster Engelendale bij Brugge. De toen verlaten gebouwen van het eigenlijke klooster vervielen tot ruïne. Wat er nog van over was, werd in 1594 gesloopt voor de aanleg van de kruidentuin voor de Leidse Universiteit, die in 1581 de kerk als academiegebouw in gebruik genomen had