In 1795 begon ook in Capelle de feodale en agrarische samenleving geleidelijk plaats te maken voor een nieuw maatschappelijk bestel. Naast de grondbezitters, die een stem in het ambacht hadden, traden de burgers, de inwoners die geen grond behoefden te bezitten om volgens de beginselen van de Franse revolutie toch gelijke rechten te verkrijgen. Naast het ambacht als de corporatie van de grondeigenaars kwam de gemeente op het toneel als het geheel van de burgers, een nieuw begrip.

Toen het nieuwe regime al spoedig de heerlijke rechten afschafte, was er weinig aardigheid aan nog 'heer' te zijn. Dit was toen wat het ambacht Capelle betreft de stad Gouda, wat het Huis te Capelle betreft Elisabeth Maria Van Neck, echtgenote van mr. Willem Prins te Rotterdam. Nu de burgers van het ambacht ertoe overgingen de oude regenten te ontslaan en zelf langs min of meer democratische weg hun bestuurders te kiezen, was een van de belangrijkste rechten van de ambachtsheer, n.l. de benoeming van het dorpsbestuur (met de ontvangst van de hieraan verbonden recognitiegelden), vervallen. Met de invloed op bestuur en waterstaat was het niet anders. En wat de Hoge heerlijkheid, verbonden aan het Huis te Capelle, betreft: de leenrechten werden weldra afgeschaft, zodat geen leenverheffingen met de daaraan verbonden betalingen meer plaatsvonden. De hoge jurisdictie voor het boven omschreven gebied bleef tot 1811 gehandhaafd (Representanten van het volk van Holland bevestigden 16 maart 1795 de baljuw in zijn ambt), doch deze stelde al in 1795 niet veel voor. Bovendien verkeerde het huis zelf in vervallen staat.

Zo is het begrijpelijk dat vrouwe Van Neck in 1796 en 1797 het huis te Capelle met alle daaraan verbonden rechten (tiendrecht, visserij, veer) en het land van de hand deed *  Het huis werd in 1797 afgebroken, de grond met opstallen zoals het koetshuis en het oude rechthuis met alle rechten werd in 1801 doorverkocht, nog steeds als een leen van het Huis van Polanen. De nieuwe eigenaar, de heer J.C. Jantzon van Erffrenten te Dordrecht, mocht zich erin verheugen later enige van zijn rechten hersteld te zien, zoals het afhoren van de ambachtsrekening.

Het feodale tijdperk was echter voorbij: de leenkamer werd niet meer ingesteld. In Capelle werd in april 1795 door het 'Comité révolutionnaire' uit naam van de gezamenlijke burgerij een provisionele municipaliteit van zeven man aangesteld, nadat de oude, nog door Gouda benoemde regenten, ordelijk waren afgezet. Dit voorlopig college stelde een reglement op voor de verkiezing van een definitieve regering, bestaande uit een schout of president, zeven leden en een secretaris. De verkiezing vond in april 1796 plaats en 12 mei daaraanvolgend trad het nieuwe bestuur in functie. De zeven municipalen, ook nog steeds 'gerecht' genoemd, namen naast hun bestuurlijke taak de post van schepenen/ambachtsbewaarders waar en representeerden in hun kwaliteit van schepenen tevens de weeskamer (zoals schepenen dat ook voor 1795 hadden gedaan; een eigen weeskamer of weesmeesters heeft Capelle nooit bezeten) * 

Voor de behartiging van de ambachtszaken traden in plaats van de ambachtsbewaarders twee commissarissen uit de municipaliteit, die telkens voor twee maanden werden benoemd. Het ambacht als zodanig met zijn ambachtskas werd niet opgeheven en bleef ook functioneren, maar het bezat geen keurbevoegdheid meer, ook niet op waterstaatkundig gebied. Uit het bovenstaande is al gebleken dat de rechtspraak, nu taak van de municipaliteit als schepenen, samen met de schout civiel, vrijwel op dezelfde wijze als voor 1795 doorging; op plaatselijk niveau had de scheiding van de uitvoerende en de rechterlijke macht door de persoonlijke unie van municipalen en schepenen niet veel om het lijf. Later zou dit anders worden. De kerk- en armmeesters werden na 1795 benoemd door de municipaliteit uit de burgers, evenals de molenmeesters van de polders. De slikmeters werden afgeschaft * 

Nadat in 1797 een nieuwe staatsregeling was ontworpen bezochten twee Haagse 'agenten', die belast waren met de reorganisatie van de municipaliteit in het 'voormalige gewest Holland', begin 1798 ook de gemeente Capelle en brachten er enkele veranderingen tot stand. Het gehele zittende bestuur trad af, een nieuw bestuur werd benoemd, dat uit zijn midden een president moest kiezen. Het werd de municipalen nog eens ingescherpt dat zij zich van alle uitoefening van de wetgevende macht dienden te onthouden en alleen besluiten van hoger gezag mochten uitvoeren. Verder had in 1798 een volledige scheiding plaats tussen de Hervormde gemeente (andere kerkelijke gemeenten bestonden te Capelle niet) en de burgerlijke gemeente, waarbij de benoeming van de kerkmeesters aan de Hervormde gemeente werd overgedragen *  De benoeming en bezoldiging van de schoolmeester-die vanouds immers ook koster en voorzanger was in de Hervormde kerk-zou voortaan door beide corpora samen worden behartigd. De aanstelling van de armmeesters, voortaan ook het burgerlijk Armbestuur genoemd (naast het diaconie armbestuur) berustte sinds 1795 bij de municipaliteit; zij bleven hun kas, het aloude H. Geest armenfonds, beheren onder toezicht van de gemeente. Ingrijpender van aard waren de gebeurtenissen van het jaar 1805. De scheiding van de uitvoerende en de rechterlijke macht, een der vruchten van de Franse revolutie, werd toen pas goed ingevoerd.

Tot 1805 had één college de zaken zowel van bestuur als van rechtspraak afgedaan (de municipaliteit) dat daarom ook nog steeds het gerecht werd genoemd, bijgestaan door een aantal commissarissen. Vanaf juni 1805 traden twee colleges op: het gemeentebestuur, bestaande uit een schout of president en drie man, vanaf 1806 uit de burgers gekozen door de ambachtsheer (Gouda mocht op grond van het besluit van het Vertegenwoordigend lichaam der Bataafsche Republiek van 9 juni 1806 dit recht weer uitoefenen); en de civiele rechtbank, bestaande uit de schout civiel met zeven schepenen, benoemd door het bestuur van het Departement Holland, die de volontaire en de contentieuse rechtspraak waarnamen. De schout had dus in beide colleges zitting * 

Vanaf 1806 benoemde de stad Gouda ook weer de arm-meesters, molenmeesters en kroosheemraden; het college van de ambachtsbewaarders werd niet hersteld en hun werkzaamheden werden door gecommitteerden uit het gemeentebestuur uitgeoefend. De Hoge Vierschaar van het slot te Capelle werd in 1805 omgezet in een criminele rechtbank, bestaande uit zeven welgeboren mannen, benoemd door het Departementaal bestuur van Holland en de baljuw, die in zijn ambt gehandhaafd bleef *  Onder koning Lodewijk Napoleon (1806-1810) is deze organisatie van bestuur en rechtspraak dezelfde gebleven. De oligarchie van voor 1795 scheen langzamerhand te zijn teruggekeerd: in 1806 was Dirk Kley tegelijk president van het gemeentebestuur, secretaris, gerechtsbode van de civiele rechtbank, secretaris en bode van de criminele rechtbank op het Huis te Capelle en (sinds 1800) de enige notaris ter plaatse.