In geschiedschrijving over de strijd tussen Schieringers en Vetkopers wordt herhaaldelijk melding gemaakt van het dorp Huizum. De vroegste data hierbij genoemd zijn 1419, 1420, omstreeks welke tijd het dorp zou zijn afgebrand. *  Hoe lang Huizum toen al bestond, is niet met zekerheid te zeggen. Het gebruik van tufsteen in de muren van de nog immer aanwezige kerk, geeft aanwijzingen voor een ontstaan vóór 1200. De Huizumer kerk werd gesticht door de gemeenschap. *  Tot in 1559 het bisdom Leeuwarden werd ingesteld, als suffragaanzetel in de nieuwe kerkprovincie Utrecht, behoorde Huizum tot het dekenaat Leeuwarden van het bisdom Utrecht.

Op 31 maart 1580 besloten de Staten van Friesland tot het verbieden van de Rooms-Katholieke openbare godsdienstuitoefening. *  De Hervormde kerk kwam van nu af grotendeels op de plaats, die de Rooms-Katholieke zo lang had ingenomen. In de Hervormde kerk had haar beschermer de staat een ruime invloed, hetgeen zo gebleven is tot de Bataafse tijd. Behalve door het wereldlijke gezag werd de competentie van de kerkelijke gemeente begrensd door die van de Classis (voor Huizum de Classis Leeuwarden) en de Synode.

In 1798 bedroeg het aantal Hervormden in Huizum 418 op de 589 inwoners boven de 16 jaar. Het inwonertal steeg tot 13.500 in 1943, waarvan de Hervormde gemeente 2850 zielen telde. In 1944 werd het dorp ingelijfd bij de stad Leeuwarden. De kerkelijke gemeente bleef zelfstandig, ondanks schuchtere pogingen vanuit Leeuwarden, om ook hier tot één gemeente te komen. Toen de gemeente groter werd, nam het aantal predikantspiaatsen toe van één tot (in de veertiger jaren) vier, waarvan twee tot de rechtzinnige richting behoren.

De Huizumer gemeente (m.n. edelen en eigenerfden) bezat het uit de kerkstichting voortvloeiend "ius patronatus". Dit hield, naast beheersrechten, het recht in om de pastoor of de vicaris *  ter institutie voor te dragen aan de bisschop van Utrecht of de proost van Oud-munster (als aartsdiaken), later aan de bisschop van Leeuwarden. Een placcaat van Karel V uit 1539 erkende dit collatierecht en droeg het op aan "ingesetenen... gebruyckende scotschietende (= waarop belasting drukt, D.) huysen off ploechgangen". * 

Krachtens de Statenresolutie van 1580 werden de ingezetenen der dorpen aangespoord om Hervormde predikanten te kiezen. Daar deze niet in zo groten getale voorhanden waren, bleven vele gemeenten geruime tijd zonder bediening. In Huizum schijnt dit echter niet het geval geweest. *  Met een korte onderbreking van 1618-1622, waarin ook andere ingezeten lidmaten stemrecht hadden, *  werden tot de verkiezing van de predikant toegelaten de lidmaten der Hervormde kerk, die in het dorp een schotschietend huis of dito ploeggangen bezaten, ongeacht hun woonplaats, zoals in de Statenresolutie van 14 mei 1654 werd opgenomen. Deze wijze van verkiezing bleef bestaan tot de omwenteling van 1795, toen de benoeming der predikanten werd opgedragen aan de mannelijke lidmaten. Maar het op de Synode van 1804 ontworpen Reglement doet het collatierecht in gewijzigde vorm terugkeren, door aan alle Hervormden, die in het dorp floreenplichtig zijn, ongeacht hun woonplaats, de predikantsbenoeming toe te staan. Het stemrecht, vóór 1795 accessoir van bepaalde onroerende goederen, kwam nu toe aan een ieder die een willekeurig stuk grond bezat, en dus floreenplichtig was. De floreenplichtigen hebben hun rechten niet dan na soms hevige strijd afgestaan. * 

Bij stemming, op grond van het Synodaal Reglement 1867 door de kerkeraad georganiseerd, *  werd in 1891 door de mannelijke lidmaten (de vrouwen kregen pas in 1923 kiesrecht) besloten tot de instelling van een kiescollege. Dit college bestaat uit de leden van de kerkeraad en twee maal zoveel gemachtigde leden uit de stemgerechtigden. Jaarlijks treedt 1/4 gedeelte af. Het college heeft het recht tot verkiezing en benoeming van ouderlingen en diakenen en het beroepen van predikanten.

De kerkeraad behartigde van oudsher de geestelijke belangen der gemeente en had tevens via de diakenen grote bemoeienis met diakonale aangelegenheden. Blijkens de oudste aanwezige diakonierekening *  bestaat de kerkeraad in 1643 uit de predikant en vier andere leden, twee ouderlingen en twee diakenen, hetgeen ca. 1800 nog niet is veranderd. In 1879 wordt de raad uitgebreid tot zes leden. Verkiezing vindt plaats uit de mannelijke lidmaten, door de kerkeraad en presente leden der gemeente. Na de instelling van het kiescollege, worden ouderlingen en diakenen getrapt verkozen door de stemgerechtigden. In het kader van de toenadering tot de Evangelisatievereniging "Pniël" *  komen er in 1942 een rechtzinnige ouderling en dito diaken bij. De oude "vrijzinnige" kerkeraad blijft in afzonderlijke groepsvergaderingen bijeenkomen. Rond 1950 telt de gemeente acht ouderlingen en acht diakenen.

De kerkelijke verzorging der armen wordt uitgeoefend door diakenen, onder medewerking en goedkeuring van de kerkeraad en onder toezicht van het classicaal bestuur. De diakoniezaken worden in de vergaderingen van de kerkeraad behandeld. Pas in 1950 (na het samengaan met de armenkas "Pniël") is men begonnen met het aanleggen van aparte notulen van eigen vergaderingen.

Vanouds beheerden kerkvoogden (in Huizum twee, met een zittingsduur van twee jaar) de kerkelijke goederen en bestierden de financiën *  . Zij werden, waarschijnlijk reeds lang voordien, maar in elk geval sinds 1580 gekozen door de eigenaars van schotschietende huizen of stellen en ploeggangen in het dorp, zonder onderscheid van religie. In 1647 werden de Rooms-Katholieken uitgesloten *  . Toezicht berustte bij de wereldlijke overheid. In de Franse tijd werd dit alles afgeschaft en sedert 1804 werden de kerkvoogden gekozen door de floreenplichtigen in het dorp. Het toezicht bleef echter nog bij de wereldlijke overheid, die ook grote invloed had via het, bij Reglement van 1823 ingestelde Provinciaal College van Toezicht. Hierin hadden onder andere de gouverneur der provincie en twee, door de koning benoemde, leden van Gedeputeerde Staten zitting. Toen vanaf 1866 de overheid op nationaal zowel als provinciaal niveau zich terugtrok, verwierven de floreenplichtigen in Huizum, zoals in de meeste gemeenten, naast hun stemrecht ook het toezicht op het beheer der kerkelijke goederen. *  Deze machtspositie der floreenplichtigen, die ook speelde in de strijd tussen "orthodox en modern",-in Huizum toen overigens nog niet zo sterk-leidde tot hevige spanningen, die tenslotte uitmondden in een arrest van de Hoge Raad, 1881. * 

Ais gevolg hiervan verloren de floreenplichtigen hun bovengenoemde rechten. Het Reglement op het toezicht en beheer van de kerkelijke goederen te Huizum, 1881, *  draagt het beheer op aan drie kerkvoogden, voor de tijd van zes jaren, onder toezicht van een College van Notabelen, door welk College zij tevens worden gekozen uit de mannelijke (later: stemgerechtigde) lidmaten. De zes notabelen worden op een speciale, door de kerkvoogden bijeengeroepen vergadering door de stemgerechtigde lidmaten verkozen, eveneens voor zes jaar. Daartoe gecommitteerd door de gemeente, hadden de kerkvoogden ook de hand in projecten, die voor het hele dorp van belang waren: tot het leggen van een stenen voetpad van de Huizumerbuuretille tot het stenen "pijpke" bij de twee molens (de huidige Huizumerlaan en Schrans) werd in 1649 een belasting geheven van een daalder op een ton bier. In 1650 werd de grondslag gelegd voor de bebouwing van de Schrans. Toen werd toestemming verkregen om, ten bate van de aanleg van genoemd voetpad en reparatie aan de toren, ten oosten van de vroegere Middelzeedijk één pondemaat kerkeland tot vijfentwintig huissteden te "verpachten". Lees: te verkopen onder last van grondrente (één goudgulden 's jaars). Een post, die onder de term "padgeld" nog tot in de twintigste eeuw in de kerkerekeningen voorkomt. * 

Algemeen wordt aangenomen, dat de herkomst van de geestelijke goederen ligt in giften van personen, bestemd voor kerk, pastorie, vicarie enz. Het bestuur over de kerkegoederen was vóór 1580 al opgedragen aan kerkvoogden. *  De Statenresolutie van 1580 regelt het genot van de opbrengst der geestelijke goederen zó, dat zij, waar mogelijk, blijven beantwoorden aan hun oorspronkelijke bestemming. In de Franse tijd wordt men gedwongen tot verkoop van een gedeelte der goederen. Dit vloeit voort uit de placcaten van het Provinciaal Bestuur d.d. 6 oktober 1796 en 10 januari 1797, waarin men een deel van de opbrengst der publieke corpora verlangt, tegen rente, om in de nood van 's lands kas te voorzien. De gedachte van scheiding van kerk en staat, tot uiting gebracht in de Staatsregeling van 1798, gaf in Huizum wel enige beroering. De gelijkstelling van de kerkgenootschappen en de daaruit voortkomende scheiding der kerkelijke goederen hadden echter geen gevolgen voor het goederenbezit, daar de meeste ingezetenen van Huizum Hervormd waren en de Rooms-Katholieken hun aanspraken niet rechtsgeldig indienden. Ter behartiging van de kerkelijke belangen werd op 19 augustus 1798 door de leden der kerk een commissie ingesteld, die tot 5 augustus 1804 heeft bestaan. Zij bestond uit kerkeraad, kerkvoogdij en twee leden der gemeente.

Vóór de Reformatie lag het bestuur over de pastoralia bij de pastoors, die er de opbrengsten van genoten. Na de Statenresolutie van 8 april 1584 heeft de predikant het vruchtgebruik der pastoriegoederen. Zo ook in Huizum. Voor de vermindering van inkomsten van de predikant, die het gevolg is van de verkopingen van pastoriegoederen in 1796, 1797, wordt door het Provinciaal Bestuur een aanvulling toegestaan uit de algemene middelen. Om het predikantstractement veilig te stellen in deze onzekere tijd, werd te Huizum in 1798 het fonds "Het Beursje" opgericht. De baten waren afkomstig uit bijzondere collecten. De administratie werd toevertrouwd aan een kerkelijke commissie, doch ca. 1825 overgedragen aan de kerkvoogdij.

In 1580 bleef de vicarie vacant. De Staten lieten de gemeenten vrij in de bestemming der vicariegoederen, mits voor kerkelijke doeleinden. Zo ontvangt de predikant van Huizum wel gelden uit deze bron. *  In Huizum komen de goederen onder beheer van kerkvoogden en worden tot 1647 nog apart in de rekeningen vermeld. *  In sommige dorpen worden de kosters betaald uit de opbrengst der vicariegoederen. Het kostersambt werd te Huizum al snel na de Hervorming gecombineerd met dat van de onderwijzer. *  Circa 1818 wordt melding gemaakt van bezittingen "behorende tot de vicarij", onder administratie van de schoolonderwijzer. De koster/schoolmeester geniet, althans voor een deel, inkomsten uit de opbrengst van enige landen en huizen. *  Met ingang van 1 januari 1829 wordt het tractement van de onderwijzer betaald uit de Grietenij-kas. De koster (tot eind negentiende eeuw zijn beide functies nog in één persoon verenigd) blijft inkomsten trekken uit voornoemde goederen. * 

In een codicillaire beschikking van Jhr. Bartel Douma Tjalling van Sixma en zijn echtgenote Fokel Berber van Beijma, d.d. 1804, werd de oprichting van een "Gesticht" te Huizum bepaald. Het fonds hiervoor werd nog vermeerderd bij testament van Vrouwe Fokel Berber van Beijma, d.d. 1813, en na haar overlijden in 1828 werd het Gesticht gevestigd in een pand, gelegen in Huizum-Dorp. In 1883 werd door de erven de "Sixma Stichting" in het leven geroepen, waarvan het bestuur werd opgedragen aan de hervormde predikant. Doel van de stichting: "Aan twee behoeftige vrouwen of bejaarde dienstmaagden in het daarvoor bestemde Gesticht vrije woning, ieder in eene kamer, te doen genieten", *  een inmiddels door de moderne wetgeving achterhaalde doelstelling. Aangezien in 1930 het Gesticht moest worden afgebroken wegens bouwvalligheid, heeft de arbeid der stichting zich sedertdien beperkt tot geldelijke ondersteuning aan enkele behoeftige vrouwen.

Het Van Sloterdijck fonds vindt zijn oorsprong in een door de op 4 juli 1832 overleden mej. Iskjen Catalina van Sloterdijck aan de kervoogdij gedaan legaat. Het gelegateerde moest afgescheiden worden beheerd en bestuurd door de predikant, de kerkvoogden en een lid van de familie Van Sloterdijck. Het was bestemd voor het oprichten en in stand houden van een naaischool en een avondschool voor kinderen van behoeftige inwoners van Huizum. Ook deze doelstelling is achterhaald. De avondschool werd in 1879 overgedaan aan de gemeente Leeuwarderadeel, de naaischooi verdween ca. 1938. Na de oorlog zijn er, uitgaande van het fonds, nog enige naaicursussen gegeven in verschillende lokalen. Sedertdien sluimert het (intussen danig geslonken) fonds.

Afscheiding noch Doleantie hebben te Huizum veel stof doen opwaaien. Uit het feit, dat de Gereformeerden tot 1910 in Leeuwarden ter kerke gingen, mag men wel opmaken, dat hun aantal niet zeer groot was. Rond de eeuwwisseling ontstonden binnen de Hervormde kerk van Huizum spanningen tussen de rechtzinnige en de vrijzinnige richting. Toen in 1905 de vrijzinnige dominee A. Hoving werd beroepen, tegen de zin van een grote groep rechtzinnigen, werd overgegaan tot de oprichting van de "Evangelisatievereeniging "Pniël" in en ten bate van de Nederiandsche Hervormde kerk te Huizum". Het bestuur van deze vereniging wordt door de ledenvergadering uit haar midden voor vijf jaar gekozen. Er zijn minimaal vijf bestuursleden, na 1936 minimaal zeven. Evangelisten gingen voor in diensten, sinds 1908 gehouden in een kapel aan de Schrans, die in 1925 vervangen werd door een nieuw en later nog uitgebreid Pniël-gebouw, gelegen hoek Carel Fabritiusstraat/Jozef Israëlsstraat. In 1934 kwam er een predikant, bijgestaan door een evangelist. In het kader van de door de Synode geactiveerde "Gemeenteopbouw" vond in de veertiger jaren toenadering plaats tot de Hervormde Gemeente. Zo werden in maart 1942 onder meer "Pniël"-leden benoemd tot ouderling en diaken in de kerkeraad en werd ingesteld een "Kerkeraadscommissie tot behartiging van de belangen der rechtzinnige lidmaten der Nederlandse Hervormde Gemeente te Huizum". Deze commissie is benoemd door de kerkeraad tot leidinggevend orgaan voor de rechtzinnige lidmaten op geestelijk en financieel terrein. Zij bestaat uit minimaal acht leden: de rechtzinnige predikant(en) en kerkeraadsleden ambtshalve, en enige bestuursleden der Evangelisatievereniging. Sedert 1945 betaalt de kerkvoogdij het predikantstractement, sinds 1947 ook voor de tweede rechtzinnige predikant. De samenwerking en eenwording is gestadig voortgegaan.