In 1880 stichtten de compagnons Fokke Bakker (1842-1904) en Arjen Timmenga (1854-1920) de orgelmakerij Bakker en Timmenga. Het was op dat moment al de vierde orgelmakerij te Leeuwarden; de andere waren die van Hardorff, L. van Dam en Zonen en Adema. Fokke Bakker was organist van de Leeuwarder doopsgezinde kerk aan de Wirdumerdijk; Arjen Timmenga stamde uit Oosterend. Hun bedrijf is het enige van de vier dat tot op heden nog bestaat.
Aanvankelijk was het een paar jaar gevestigd in de Bollemansteeg; daarna in de Bagijnestraat. In 1913 verhuisde het bedrijf naar de nabijgelegen Kleine Kerkstraat 33, waar het zich vestigde in een viertal voormalige diaconiewoningen.
In de eerste twintig jaar van zijn bestaan leverde de orgelbouwerij door het hele land zo’n 60 nieuwe orgels af. Daarnaast werden vele restauratiewerkzaamheden uitgevoerd.
Aardig is de dankbetuiging in de Leeuwarder Courant van 6 september 1884 van de kerkvoogden der Hervormde Gemeente te Nieuw-Loosdrecht, waarin zij “hunnen dank betuigen aan de Firma Bakker en Timmenga voor het uitstekend orgel, gepaard aan lagen prijs, door die Firma geleverd. Zij bevelen die Firma met alle vertrouwen aan.” Eerder, op 18 december 1882, had de kerkenraad der Doopsgezinde Gemeente te Leeuwarden op soortgelijke wijze in het blad De Hervorming, orgaan van den Nederlandschen Protestantenbond, zijn voldoening over het door Bakker en Timmenga geleverde orgel uitgesproken: “Het orgel munt volgens vele deskundigen uit door degelijkheid van constructie en niet minder door schoonheid van toon.” Er zijn meer van dergelijke uitingen van tevredenheid over door de firma geleverde prestaties in het archief te vinden, ook van organisten.

Het compagnonschap werd in 1902 ontbonden, waarna Timmenga het bedrijf alleen voortzette. In 1919 ging hij een compagnonschap aan met zijn zoon Bernard Timmenga (1889-1972), die het bedrijf tot 1960 leidde. Toen werd de orgelmakerij overgenomen door Wopke Yedema (1928-1998) en Harm Pieter Dam (1935-1998). Sinds 1991 is Bert Yedema (1961) eigenaar.
Aanvankelijk bouwde het bedrijf zelf orgels, later heeft het zich toegelegd op de restauratie van bestaande orgels. In 1978 werd het orgel van de Jacobijnerkerk in Leeuwarden gerestaureerd. Ook de orgels van de beide Martinikerken in Sneek (1986) en Franeker (1998) werden door de firma onder handen genomen.

Bij het 125-jarig bestaan, in december 2005, kreeg de firma het predicaat ‘hofleverancier’ toegekend.
Ondanks de nadelen die vestiging van een dergelijk bedrijf in de binnenstad met zich meebrengen, is het tot op heden de Kleine Kerkstraat trouw gebleven.

In het juninummer 2006 van het Leeuwarder historisch tijdschrift Leovardia behandelt Ad Fahner de geschiedenis van de orgelbouwer. Het artikel is online na te lezen.
De archiefstukken zijn in 1981 door de heren W. Yedema en H.P. Dam aan het Leeuwarder Gemeentearchief overgedragen. Een belangrijk deel ervan bestaat uit bouwtekeningen van geleverde orgels.