Na vele bestuurlijke wijzigingen in de periode 1795-1811 - "de Franse tijd"-kwam de gemeente Cothen definitief tot stand bij keizerlijk decreet van 21 oktober 1811. * 
Het grondgebied werd gevormd door dat van twee voormalige ambachtsheerlijkheden of gerechten.
Het ene gerecht was de Dwarsdijk, dat soms ook Nijendijk werd genoemd en dat vóór 1811 een eigen bestuur had gehad ondanks het feit dat het niet meer dan enkele tientallen inwoners telde.
Het tweede was het voormalige gerecht Cothen. Al vanaf de middeleeuwen behoorde het aan de proosdij van de Dom in Utrecht. * 

In 1815 woonden op het gebied van beide voormalige gerechten 521 mensen.
De gemeente werd dus gevormd in de periode waarin Nederland deel uitmaakte van het Franse Keizerrijk. De leden van het plaatselijk bestuur droegen dan ook Franse namen: maire, adjunct-maire en conseilsmunicipal. Deze samenstelling van het bestuur werd gehandhaafd na het uitroepen van het Koninkrijk der Nederlanden, alleen werden de namen van de bestuursfuncties nu in Nederlands uitgedrukt. * 

De grenzen van de gemeente bleven onveranderd na het Koninklijk Besluit van 14 november 1815, dat onder andere de bestuurlijke herindeling van de provincie Utrecht regelde. Wel werd de opzet van het bestuur van de gemeenten door dit Besluit gewijzigd: dit ging met ingang van 1 januari 1818 bestaan uit een schout en - voor Cothen-vijf gemeenteraden, waarvan er twee assessor werden genoemd.
De assessoren hadden enkele nader omschreven taken in vergelijking met de overige gemeenteraden.
Een volgende wijziging van de plaatselijke besturen werd doorgevoerd na het tot stand komen van het Reglement op het bestuur ten plattelande in de provincie Utrecht, vastgesteld bij K.B. van 23 juli 1825. De samenstelling van het gemeentebestuur was nu: een burgemeester en zes gemeenteraden, waarvan twee assessoren. De raadsleden werden benoemd door Gedeputeerde Staten, nadat het plaatselijk bestuur was gehoord. De burgemeester werd benoemd door de kroon. Omdat de Staat handelde als rechtsopvolger van het Domkapittel, had zij als ambachtsheer ook het recht van voordracht voor de leden van het gemeentebestuur, een recht dat werd gedelegeerd aan gedeputeerde staten. * 

De burgemeester combineerde zijn funktie met het ambt van sekretaris en dat van ontvanger. * 
Tot 1824 werden deze funkties door plaatselijke personen bekleed, in 1811 door G. van Eck *  en na dat jaar door J. van Eck. Dat veranderde in 1824 met de benoeming van H.J. van de Boogaard, die in Wijk bij Duurstede woonde en daarom dispensatie kreeg van de verplichting om woonachtig te zijn binnen de gemeente waar hij zijn functie uitoefende. * 

Burgemeester en gemeenteraden hadden nog een andere functie in de plaatselijke sfeer. Samen met enkele van de belangrijkste grondbezitters vormden zij het Bestuur van Binnenlandse Lasten. Dit lichaam was een voortzetting van een soortgelijk Bestuur dat vóór 1795 had bestaan en toen bestond uit schout, schepenen en enkele grondbezitters.
De taak bestond voornamelijk uit het onderhoud en uit de schouw houden van wegen en watergangen. De grens met de taken van het gemeentebestuur is niet altijd even duidelijk: de schouw over sommige watergangen en bijvoorbeeld die over de ekster- en kraaiennesten was aan laatstgenoemd bestuur voorbehouden. * 
Het Bestuur van Binnenlandse Lasten kwam te vervallen met de oprichting van het Waterschap "Het Gemeeneland van Cothen" in 1863, dat alle waterstaatstaken op zich nam.

Ondanks de redelijke organisatie van het onderhoud waren de wegen zeer slecht. Ze droegen meestal de complimenteuze naam "kleiweg", maar het kleioppervlak was er de oorzaak van dat de wegen met name in herfst en winter slecht of niet begaanbaar waren. Hierdoor werd het vervoer te water des te belangrijker.
In Cothen werden daarvoor onder meer de Kromme Rijn en de Cothergrift gebruikt.

In 1827 werd Cothen aanzienlijk beter bereikbaar door de aanleg van een zandweg van Wijk bij Duurstede via Cothen en Langbroek naar Doorn. * 
Omdat de gemeente Wijk het onderhoud van de weg bekostigde, verkreeg zij het recht om op het grondgebied van de gemeente Cothen tol te heffen. Deze tol werd geplaatst bij de brug over de Kromme Rijn bij de herberg 't Molentje, waarvan de waard tevens tolgaarder was. * 
De nieuwe zandweg sloot op dit punt aan op de provinciale weg van Cothen naar Utrecht.

In dit jaar waren er in het dorp Cothen 70 huizen, 2 kerken, 1 korenmolen, 17 schuren, 11 bakhuizen, 1 schapenhok en 4 duivenhokken, terwijl er in de Dwarsdijk toen 10 huizen, 7 schuren, 6 bakhuizen en 2 duivenhokken waren. * 

In 1829 vroegen Gedeputeerde Staten het gemeentebestuur een voorstel te bezien waarbij de gemeente werd samengevoegd met Werkhoven. *  De gemeenteraad was een tegenstander van dit plan, omdat de afstand tussen beide dorpen - gesteld op anderhalf uur gaans - werd gezien als een belemmering voor het goed functioneren van het bestuur van de te vormen gemeente, terwijl er verder voor zover het gemeentebestuur wist onder de inwoners geen voorstanders van de samenvoeging waren. *  Na deze reactie liet de provincie de plannen varen.

In 1832 werden de grenzen met de omliggende gemeenten officieel vastgesteld. Zij kwamen overeen met de grenzen van de ambachtsheerlijkheid Cothen zoals die tot 1811 had bestaan, met dien verstande dat het grondgebied van de Dwarsdijk daar in 1811 was bijgekomen. De grenzen van de ambachtsheerlijkheid Cothen waren op hun beurt weer dezelfde geweest als die van de gelijknamige middeleeuwse parochie.

Als gevolg van de nieuwe grondwet van 1848 kwam in 1851 de Gemeentewet tot stand. Eze schreef een gemeentebestuur voor bestaande uit een raad, een burgemeester en wethouders. De burgemeester vormde nu samen met de wethouders het college. De raad bestond inclusief de wethouders uit zeven personen die voortaan door middel van een censuskiesrecht door de ingezetenen werden gekozen. De eisen van gegoedheid voor het kiesrecht van de raad waren half zo zwaar als die voor Provinciale Staten den de Tweede Kamer.

In deze tijd werd één van de plaatselijke herbergen als gemeentehuis gebruikt. *  Deze diende als vergaderruimte voor de raad en het college, er werden huwelijken voltrokken, de overige aangiften van de burgerlijke stand werden er gedaan, terwijl er zo nu en dan ook gemeentewerken openbaar werden aanbesteed. Deze gang van zaken verschilde niet veel van wat in de achttiende eeuw gebruikelijk was.

Ook bepaalde voorschriften doen traditioneel aan, zoals de regels waarnaar belangrijke bekendmakingen van de overheid moesten worden gedaan, neergelegd in een raadsbesluit van 11 november 1851. *  De bekendmakingen moesten "... volgens oud gebruik ..." worden gedaan 's zondags na afloop van de godsdienstoefening, en in spoedeisende gevallen ook op weekdagen om twaalf uur 's middags. Zij werden voor de deur van het gemeentehuis afgekondigd, altijd door de gemeentebode of een andere aangewezen ambtenaar, nadat driemaal de klok was geluid om de ingezetenen op te roepen. Overigens werd de kleine klokkentoren die de gemeente in 1798 was toegevallen, in 1853 in eigendom overgedragen aan de N.H. gemeente, waarbij de plaatselijke overheid wel het recht behield om de klok te luiden. * 

In 1850 was het burgemeestersambt aan H.J. van Bennekom gekomen, die dezelfde functie in Doorn en Langbroek bekleedde. Omdat zijn voorganger H.J. van de Boogaard aanbleef als secretaris, werden de twee functies nu voor het eerst door verschillende personen uigeoefend.

Het provinciaal bestuur van Utrecht bleef ondertussen proberen de gemeenten tot grote bestuurlijke eenheden samen te voegen. In 1846 stelde het voor Cothen samen met Werkhoven en Odijk tot één gemeente om te vormen. Dit plan werd door de raad echter afgewezen, grotendeels op dezelfde gronden als in 1829. *  In 1851 volgde een voorstel tot samenvoeging met Doorn en Langbroek dat in principe door de raad niet werd afgewezen, maar toch niet werd gerealiseerd. *  Een jaar later kwam het provinciebestuur met een nieuw voorstel: samenvoeging van de gemeenten Cothen, Langbroek, Doorn en Maarn.

Hoewel het college dit voorstel wel op zijn merites wilde bezien, kwam een commissie uit de raad tot een andere conclusie: een gemeente als Cothen, die kon bogen op "... eenen bevolking van 711 zielen, 35 kiezers, eenen Roomsch-Catholijke en Hervormde Kerk, alsmede eenen school met schoolhuis ..." was een compleet dorp en behoorde niet tot de gehuchten die met andere dienden te worden samengevoegd. De raad adviseerde unaniem het voorstel te laten vallen, welk advies door Gedeputeerde Staten werd opgevolgd. * 

De wegen in en naar Cothen waren geleidelijk verbeterd. Nadat met ingang van 1870 het onderhoud van de weg naar Wijk op Cothens grondgebied aan de gemeente Cothen was gekomen en de tol bij de herberg 't Molentje voorgoed was opgeheven, werd de weg voortaan als "goede grindweg" onderhouden. * 

De toestand van de provinciale weg Utrecht-Cothen was inmiddels ook verbeterd en daardoor ging het vervoer over land steeds beter verlopen. Twee jaar nadat men het onderhoud van een gedeelte van de weg Wijk-Doorn had overgenomen, verwierf de gemeente een andere weg in eigendom en beheer, namelijk de Groeneweg of Bredeweg die de Trekweg met de weg door de Ossewaard verbond. Merkwaardig genoeg was de verkoper van deze weg het college van burgemeester en wethouders van de gemeente Langbroek. Hun voorgangers als plaatselijke bestuurders, schout en schepenen van het gerecht Neerlangbroek, hadden de weg in 1621 gekocht van de proost van het Domkapittel in Utrecht. Ook in laatstgenoemd jaar werd de weg al Bredeweg genoemd. * 

De toestand van de wegen was in 1881 zoveel verbeterd, dat alle wegen op de legger als grindweg werden aangeduid. * 
De veiligheid op die wegen was er echter niet beter op geworden, want in 1868 werd op verzoek van enkele ingezetenen - en op hun kosten - een nachtwacht ingesteld. Deze wacht liep alleen gedurende het winterseizoen en was voorzien van 'kleppen' waarmee zijn aanwezigheid kenbaar werd gemaakt. * 

Dit vond plaats in een tijd waarin de raad een voorstel tot het aanbrengen van openbare straatverlichting verwierp. * 
In 1875 werd W.A. van Beeck Calkoen tot burgemeester van Cothen en Langbroek benoemd. Zijn familie bewoonde sinds het begin van de eeuw het huis Rijnesteijn en ging naast de gegoede boerenfamilies zijn stempel op de plaatselijke aangelegenheden drukken. De vader van de genoemde functionaris was in 1847 tot raadslid benoemd, terwijl zijn kleinzoon met de voorletters W.F. in de eerste helft van de 20e eeuw tientallen jaren lang het burgemeestersambt zou vervullen.

Als gemeentehuis werd nog steeds een herberg gebruikt, een situatie die van de middeleeuwen dateerde en in een aantal plattelandsgemeenten voorkwam. Toen de eigenaar van deze Cothense herberg in 1881 de huur opzegde aan de exploitant Elbert van Rijn, verloor de gemeente daarmee haar officiële zetel. *  De gemeente besloot daarop zelf een gemeentehuis te bouwen aan de grote weg die door het dorp liep en nog steeds Zandweg werd genoemd. De benodigde grond werd in erfpacht verkregen van W.J. van Beeck Calkoen. Aan het nieuwe gemeentehuis werd een woning verbonden, die aan Elbert van Rijn werd verhuurd. Ondanks een aanvankelijk verbod van het provinciaal bestuur om in een dergelijke woning een bedrijf uit te oefenen, slaagde het gemeentebestuur erin voor van Rijn toestemming te verkrijgen om aan "reizende en goed bekende personen" brood, wijn, bier, koffie, thee en melk te verkopen. * 

De agrarische sector was nog steeds de belangrijkste bron van inkomsten in Cothen.
Tot aan de 20e eeuw was het areaal landbouwgrond enkele malen zo groot als de weidegrond. In het Verslag over den Landbouw van 1886, dat door de burgemeester met grote nauwgezetheid is ingevuld, staat vermeld dat de landbouwgrond 914 ha. Omvatte, de weidegrond 132 ha. En de boomgaarden 90 ha., terwijl 165 ha. braak lag. * 
De bemesting van het land gebeurde door middel van as; de techniek was in zoverre verbeterd dat de landbouwers steeds meer gebruik gingen maken van ijzeren ploegen.

De gewassen die werden geteeld waren: tarwe 311 ha., rogge 50, wintergerst 22, haver 98, boekweit 1, bonen 51, erwten 25, aardappelen 31, suikerbieten (niet als voedergewas) 4, winterkoolzaad 6, wikken 63, linzen 12 en rode klaver 75 ha. Aan fruit werden behalve appels, peren en kersen ook pruimen, aardbeien, frambozen, kruisbessen, aalbessen en walnoten geteeld.
De gemiddelde koopprijs van een hectare bouwland bedroeg f 1.500,--, van weiland f 1.800,--. Er waren in de gemeente 456 paarden, 1.145 runderen, 140 schapen, 100 bokken en geiten, 552 varkens, 4.500 hoenders, 25 kalkoenen, 40 eenden, 6 ganzen, 1 duiventil en 80 bijenkorven.

Van de 1.210 ha. Die de gemeente groot was, waren er 10 in gebruik als griendbos. Later dan in andere delen van het land vond aan het begin van de 20e eeuw een verschuiving plaats waarbij de veeteelt de landbouw ging overschaduwen.

Door de verlaging van de vereisten van gegoedheid was het aantal kiezers gestaag toegenomen totdat uiteindelijk in 1917 het kiesrecht algemeen werd. De raad bestond aan het begin van de 20e eeuw uit zes, vanaf 1919 uit zeven personen, waaronder plaatselijke namen als Vernooij, van Eck en Middelweerd veelvuldig voorkwamen. Hoewel de bevolking in meerderheid katholiek was, vond zij die verhouding te weinig terug in de bezetting van de gemeentelijke functies. *  Ook duurde het tot 1905 voordat de parochie kon beschikken over een volwaardig kerkgebouw. *  De gemeentelijke instellingen werden in 1916 uitgebreid door de oprichting van een levensmiddelenbedrijf, *  in 1920 gevolgd door een elektriciteitsbedrijf. * 

Beide hadden een korte levensduur; het eerste werd opgeheven nadat de voedselsituatie na het aflopen van de Eerste Wereldoorlog was verbeterd, het tweede werd in 1924 overgedragen aan de N.V. PUEM en opgenomen in het provinciale net.
Al in 1884 was de gemeente opgenomen in het net van gemotoriseerd openbaar vervoer door de diensten van de Ooster Stoomtram Maatschappij, waarvan het spoor bij het Groenewoud over Cothens grondgebied voerde. * 
In de jaren twintig werd deze vorm van transport verdrongen door de komst van autobusdiensten. * 

Deze voerden over wegen die door bestrating, verlichting en waterafvoer van steeds betere kwaliteit waren geworden. Wel hadden deze wegen voor een gedeelte nog de oude, soms officieuze namen als het Langwammes, *  de weg in de Nacht, de Ossenwaard, de Zandweg, de Groeneweg en de Pappelenbuurt.

Vanwege de Duitse bezetting werden de raadsvergaderingen met ingang van september 1941 verboden. Tijdens de oorlog werd op de bevolking een beroep gedaan voor het onderbrengen van evacuees uit andere provincies en ook van Duitse troepen. *  Onherstelbare materiële schade werd ondanks een bombardement in januari 1945 niet aangericht.