Het bestuur van het waterschap Ommelanderzeedijk bestaat in 1967 uit een hoofdbestuur van zeventien personen, die om de vier jaar worden aangewezen door de besturen van de boezemwaterschappen Hunsingo, Westerkwartier en Fivelingo; de binnen het waterschap gelegen niet-interprovinciale afwateringswaterschappen (samen 11 leden); het bestuur van de gemeente Groningen (1 lid); de Kamer van Koophandel en Fabrieken te Groningen (2 leden); het bestuur van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten (1 lid); de Groninger afdeling van Nederlandse Bond van huis- en grondeigenaren (1 lid) en de Groninger afdeling van de Nationale Woningraad (1 lid). Op voorstel van het hoofdbestuur benoemt de Kroon de voorzitter en vier overige leden die gezamenlijk het college van gecommitteerden uitmaken. Door reglementswijzigingen verandert het aantal bestuursleden van het waterschap Ommelanderzeedijk in de loop der jaren. Van elk hoofdbestuurslid dient een plaatsvervangend lid beschikbaar te zijn en deze treedt aan bij ontslag of overlijden van het zittend hoofdbestuurslid.

Het Bijzonder Reglement van het waterschap Ommelanderzeedijk bevat artikelen inzake de verkiezing van hoofdbestuursleden. Na de vergroting van het waterschap Ommelanderzeedijk in 1986 zijn er achttien hoofdbestuursleden. De helft hiervan werden door alle Groninger gemeenteraden en de twee Kamers van Koophandel en Fabrieken in Groningen gekozen. De overige leden werden gekozen door de waterschappen. In 1990 volgde wederom een kiesstelsel wijziging.

Het waterschap heeft slechts een drietal hoofdambtenaren in dienst, namelijk een secretaris, ontvanger en waterbouwkundige, deze waren ook allen bij het waterschap Hunsingo werkzaam in dezelfde functie. Het administratieve en technische apparaat van het waterschap Hunsingo werd gebruikt om de taakstelling van het waterschap Ommelanderzeedijk uit te voeren. *