De inrichting der administratie in de eerste jaren is niet geheel duidelijk. In elk geval zijn er verschillende rentmeesters aangesteld voor het beheer van bepaalde groepen goederen. Zo kreeg Johan Lutma Aduard, Trimunt, Cusemer, Selwerd en Winsum, Berend Coenders de Geestelijke Maagden-, Jacobijner- en Minderbroeder-conventen te Groningen, waarvan de rekeningen vòòr 1597 evenwel niet bewaard gebleven zijn, en Johan Huisman Rottum, Thesinge, Oldenklooster in de Marne, Feldwerd, Nijenklooster bij den Dam en St. Annen.
Hoe het met de goederen van Essen, Wittewierum, Grijzemonniken, Heiligerlee, Schildwolde en Scharmer ging is onbekend. Daarvan zijn vòòr 1597 geen rekeningen over. Misschien was Eppe Baukes daarvan rentmeester. Ook voor de administratie van de venen en bossen was een tijd lang een afzonderlijke rentmeester, n.l. Johan Clant, wiens rekeningen van 11 april 1595 - 30 april 1598 bewaard zijn gebleven. Hoe het verder met deze administratie gegaan is, is onbekend.
De 24e februari 1597 besloten de Provinciale Staten slechts twee rentmeesters aan te stellen, n.l. Berend Coenders en Johan Huisman. De eerste kreeg bij de drie Groninger kloosters nog Aduard, Trimunt, Cusemer, Selwerd, Winsum, Oldenklooster in de Marne en Essen. Huisman verloor Oldenklooster in de Marne, maar verwierf Wittewierum, Grijzemonniken, Heiligerlee, Schildwolde en Scharmer. Na de dood van Berend Coenders in het laatst van 1598 zette zijn zoon Albert de administratie voort.
De 25e april 1599 benoemden de Provinciale Staten Johan Lutma tot zijn opvolger. Deze stierf 30 maart 1606. Huisman nam nu ook de door Lutma beheerde goederen over en sindsdien is het rentmeestersambt in één hand gebleven. In 1609 kwam het beheer der goederen van de commanderijen Oosterwierum en Warffum erbij en in 1625 dat van Wijtwerd. Aanvankelijk staan de goederen kloostersgewijs in de rekeningen geboekt, sinds 1632 naar de kerspelen.