Het Kommerzijlvest was een samenwerkingsverband tussen het Homster-, het Bomster- en het Nijsloterzijlvest. Het ontstond eind 16e eeuw, toen die drie zijlvestenijen besloten om een nieuwe, gemeenschappelijke sluis te bouwen.

Tussen de landschappen Langewold en Humsterland stroomde vroeger de Riet. Deze liep van de Lauwerszee, tussen de zeedijken van Humsterland en Langewold door, landinwaarts naar het zuiden, met aan weerszijden uiterdijkslanden. Met vloed voerde het zeewater slib aan. Dat bezonk en een deel bleef bij eb achter. Daardoor slibden de watergangen waardoor Humsterland, Langewold en Vredewold afwaterden telkens dicht. Steeds weer hadden de inwoners van die landschappen te kampen met wateroverlast. Na de Tachtigjarige oorlog besloten de ingelanden van het Homster-, het Bomster- en het Nijsloterzijlvest, die alle drie te maken hadden met een ontregelde waterhuishouding, om verder te gaan met eerdere, tevergeefse pogingen van de Spanjaarden om de Riet bij de Opslag met een dijk af te dammen.

In tegenstelling tot de Spanjaarden, die alleen een snellere verbinding met Friesland wilden en de aanvoer over zee naar de zuidelijker gelegen schans Niezijl onmogelijk wilden maken, begreep men dat zo'n plan alleen kans van slagen had als er een sluis in de dam werd aangelegd. Behalve de zijlvestenijen waren bij de bouw ook betrokken: het provinciaal bestuur als overheid en als beheerder van de voormalige kloostergoederen en de Hoge Justitiekamer, die een zeker oppertoezicht uitoefende in waterstaatszaken.

Er onstond al direct in het begin een verschil van mening tussen de eigenerfden van Humsterland en Langewold aan de ene en die van Vredewold aan de andere kant, over de kosten van aanleg. Een bijkomende complicatie was, dat de uiterdijkslanden tussen Langewold en Humsterland door de aanleg van de sluis binnendijks kwamen te liggen. Moesten de eigenaren van deze landen niet voor dit voordeel in de kosten bijdragen ? Bovendien was er de kwestie of de eigenaren dan wel de meiers moesten betalen. Ondanks alle problemen werd de aanleg van de dijk en de sluis in 1598 voltooid. In 1600 volgde een reglement *  voor de Opslagter- of Kommerzijl. Het zijlvest werd eerst ook wel, naar de drie delen, het Homster-, Bomster- en Nijsloterzijlvest genoemd.

Voor het onderhoud van de sluis werden de volgende bijdragen vastgesteld: de pas ingedijkte uiterdijken moesten voor ieder gras een Brabantse stuiver (iets meer dan een Groninger stuiver) betalen. Humsterland, voorzover ressorterende onder het Homsterzijlvest, eveneens een Brabantse stuiver, Grijpskerk en Okswerd een Groninger stuiver, Faan, Niekerk, Oldekerk, Ooster- en Westerzand, de Jouwer en Kuzemer een halve Brabantse stuiver, Westerdeel- en Oosterdeel- Vredewold, met Roderwolde en Lutkewolde, een oortje (? stuiver). Dus hoe groter de afstand tot de sluis, des te lager de contributie. Zuidhorn en Noordhorn moesten bijdragen in de kosten overeenkomstig een verder onbekende overeenkomst van 19 juli 1567 en de pomplanden (pomp = duiker) van Den Ham moesten een Groninger stuiver betalen als zij door de Kommerzijl wilden uitwateren, zo niet dan moesten zij hun pomp dichten.

Het toezicht en de rechtspraak kwamen te berusten bij de besturen van het Homster-, het Bomster- en het Nijsloterzijlvest, ieder voor een derde deel. De nieuw ingedijkte landen werden ingedeeld bij het Homsterzijlvest. De regeling van 1600 betekende dus, dat het Kommerzijlvest een overkoepelend orgaan werd. Elk van de drie zijlvestenijen hield zijn eigen organisatie met grietmannen en zijlrechters, maar samen voerden de drie grietmannen het beheer over de gemeenschappelijke sluis en oefenden ze het toezicht uit. Volgens het reglement voor het Kommerzijlvest van 1755 stelden de grietmannen samen de hoogte van het te heffen schot vast. Na afkondiging hiervan in alle kerken, kon het worden geïnd. In het Nijsloter- en het Bomsterzijlvest door de zijlrechters en in het Homsterzijlvest door de gemeenschappelijke bode van het Kommerzijlvest. De grietmannen moesten rekening en verantwoording afleggen aan de Hoge Justitiekamer. Voor het dagelijks beheer van de sluis stelden de grietmannen een sluiswachter aan.

De problemen, ontstaan als gevolg van het dichtslibben van de watergangen, waren na 1600 natuurlijk niet afgelopen. In 1651 werd het kanaal tussen Niezijl en Kommerzijl uitgegraven en verdiept voor een bedrag van 5 à 6000 gulden. In 1739 was de buitengeul zover dichtgeslibd, dat de Hoge Justiekamer besloot een bocht af te snijden om de doorstroming te versnellen. Daarvoor werd een lening gesloten en voor de aflossing buitengewoon schot uitgeschreven. Op 5 oktober 1739 stelden Luitenant en Hoofdmannen Albertus Rijpma aan als ontvanger van dit schot. Kennelijk was met het afsnijden van een bocht in de buitengeul het probleem niet voldoende opgelost, want een jaar later gaven Luitenant en Hoofdmannen toestemming om een geheel nieuw afwateringskanaal te graven naar Botsgat.

Rijpma sloot daar een lening van 32.000 gulden voor af, die in 1776 moest zijn afgelost. Tot dat jaar heeft Rijpma de administratie gevoerd. Hij deed geregeld verantwoording aan de gecommitteerden van het Westerkwartier. De meeste van deze rekeningen zijn niet bewaard gebleven, maar wel de bijlagen en de bijbehorende rapporten, verzoekschriften en bestekken. Ze berusten in het archief van de Hoge Justitiekamer onder inventarisnummer 2559-2563. De daar genoemde kaarten zijn opgenomen in de topografisch-historische atlas *  .

Het Kommerzijlvest werd opgeheven in januari 1864 en het grondgebied opgenomen in het ressort van het waterschap Westerkwartier *  .