Het archief was op 9 oktober 1986 overgedragen aan het Rijksarchief Groningen. Bij nadere inspectie bleek nog 2 meter archief op de school aanwezig te zijn. De archieven zijn zowel van het Rijksarchief Groningen als van de school onbewerkt overgebracht naar de Centrale Archief Selectiedienst in Winschoten. Een aantal stukken is bij de school achtergebleven omdat deze stukken informatie bevatten die nodig waren voor de feestelijkheden die georganiseerd werden ter gelegenheid van het 125-jarig bestaan van de school in 1991. Uit onderzoek bleek dat het hier niet slechts één archief betrof, maar dat er een vermenging van de volgende archieven had plaatsgevonden: het archief van de r.h.b.s., de gemeentelijke h.b.s., commissie van toezicht op het m.o., vanaf 30 juli 1947 tevens het college van curatoren, vereniging" Steun bij verdere opleiding", eindexamencommissie, jubileumcommissies en de vereniging vrienden van het Winkler Prinslyceum. Er waren in het archief van de r.h.b.s. verschillende ordeningsstelsels te onderkennen. Buiten enkele series ingekomen en uitgaande stukken, jaarverslagen en registers is er grotendeels een rubrieksgewijze ordening aangetroffen. Bij laatstgenoemde ordening werden de stukken onderwerpsgewijs in een omslag gedaan en waren ze onderling willekeurig geordend. Het bleek echter dat de serie ingekomen en uitgaande stukken niet exclusief was ten opzichte van de gevormde rubrieksindeling. De ingekomen en uitgaande stukken werden ingeschreven in agenda's. De archieven maken de indruk vrij compleet overgedragen te zijn. Archief van de lyceumvereniging, een leerlingenvereniging, werd niet aangetroffen.