Zoals hiervoor al is uiteengezet zijn in de loop van de 19e eeuw veel veranderingen opgetreden in de genie-organisatie. Deze veranderingen hadden tot gevolg dat de archieven van de verschillende functionarissen vermengd raakten. Het archief van het departement van Wedde en Westwoldingerland werd gevoegd bij dat van de 2e of Oostelijke directie van fortificatiën. Van dit laatste archief is alleen bekend dat een gedeelte in 1850 werd ingeleverd bij de magazijnmeester der artillerie in Nijmegen. Pas in 1948 vinden we het terug in de lijst van aanwinsten van het Rijksarchief in Groningen. Het archief van de geniedienst te Delfzijl is enige malen verhuisd tussen Groningen en Delfzijl. Bij iedere reorganisatie (de eerste in 1820 en de tweede in 1849) waarbij het eerstaanwezendschap Delfzijl werd opgeheven verhuisde het archief naar de eerstaanwezend ingenieur in Groningen. Bij de grote reorganisatie rond 1870 werd het archief blijvend overgedragen aan Groningen. Hetzelfde geldt voor de archieven van de eerstaanwezend ingenieur der genie te Langakkerschans en Bourtange.

Deze zijn van 1817 tot 1820 onder beheer geweest van de ingenieur te Delfzijl en van 1820 tot 1848 onder die van Groningen. In de tijd dat deze drie plaatsen geen eigen eerstaanwezend ingenieur hadden, werden er uiteraard wel archieven gevormd door de aanwezige functionarissen. Bij het (opnieuw) zelfstandig maken van de vestingen verhuisde een deel van het archief dat door de eerstaanwezend ingenieur gevormd was naar de nieuwe eerstaanwezendschappen. Uiteindelijk zijn alle archieven via de eerstaanwezend ingenieur Groningen bij de opheffing van deze dienst terechtgekomen in Zwolle. Het archief van de eerstaanwezend ingenieur Zwolle vindt zijn oorsprong in de archieven van de eerstaanwezend ingenieur te Deventer, die in 1875 naar Zwolle verplaatst zijn, zoals blijkt uit het etiket op het Memoriaal deel 1, inv.nr. 6.292. In 1919 is het archief van de eerstaanwezend ingenieur te Zwolle verplaatst naar Groningen.

In 1979 werd door de heer J. Buskus een inventaris gemaakt van de genie-archieven van Groningen, Langakkerschans en Delfzijl. Uit de inleiding van deze inventaris blijkt dat al in 1890 stukken van het archief aanwezig waren bij het algemeen Rijksarchief. In 1939 werden 7 kisten genie-archief overgedragen aan het rijksarchief Groningen, vergezeld van een, inmiddels spoorloos verdwenen, inventaris in manuscript van de heer M.D. Lammerts.

Bij de inventarisatiewerkzaamheden ontdekte de heer Buskus dat gedeelten van de archieven nog aanwezig waren in het hulpdepot van het Algemeen Rijksarchief te Schaarsbergen. Deze stukken zijn toen ook naar Groningen gehaald. Een ander gedeelte van het archief berustte bij het centraal archievendepot van het ministerie van Defensie. Dit deel was in 1962 overgenomen van de eerstaanwezend ingenieur te Groningen en kwam in aanmerking om te worden geïnventariseerd, waarna het zou worden overgedragen aan de rijksarchiefdienst. In overleg met de rijksarchivaris in Groningen werd besloten om ook het in Groningen berustende gedeelte van het archief van de eerstaanwezend ingenieur Groningen naar Den Haag te sturen om één inventaris te krijgen van het archief van de eerstaanwezend ingenieur te Groningen.

Bij de inventarisatie bleek al spoedig dat de archieven van de geniefunctionarissen in Delfzijl, Langakkerschans en Bourtange dermate nauw met elkaar in verband stonden dat het wenselijk was dat ook deze archieven in het project zouden worden betrokken. Omdat ook het archief van het departement van fortificatiën van Wedde en Westwoldingerland bewaard is gebleven, is uiteindelijk gekozen voor een verzamelinventaris waarin alle Groninger genie- archieven beschreven zouden worden. Tijdens de inventarisatie werden nog verschillende hiaten geconstateerd. Enkele van de ontbrekende bescheiden (ca. 3 meter) werden teruggevonden in het Algemeen Rijksarchief in de garnizoensboeken wordt vermeld dat bij de archieven kaarten behoren. Helaas ontbreken deze nagenoeg totaal. Alleen die kaarten die als bijlagen bij stukken waren gevoegd zijn bewaard gebleven. Het is bekend dat tot de eerste helft van deze eeuw kaarten, boeken en instrumenten periodiek ingeleverd moesten worden bij het departement van Oorlog.

De kaarten werden voor een deel door het departement overgedragen aan het legermuseum in Doorwerth. Dit museum is in de tweede wereldoorlog vernietigd. Het is mogelijk dat een gedeelte van de kaarten van de genie-archieven terecht zijn gekomen in de bij het Rijksarchief Groningen aanwezige collectie "Pellinck". Een vergelijking tussen de dorsale aantekeningen op deze kaarten èn de in de garnizoensboeken aangegeven kenmerken leverde echter geen resultaat op. Het is mogelijk dat in de loop der jaren, bij het inventariseren van andere vooroorlogse genie-archieven nog gedeelten van het archief te voorschijn komen. Het feit dat in deze archieven stukken gevonden werden uit Deventer, Vlissingen, Den Helder, Amersfoort, Leeuwarden en zelfs een register van de marechaussee uit Luik doet het bange vermoeden rijzen dat bij de andere nog niet geïnventariseerde genie-archieven ook stukken uit de in deze inventaris beschreven archieven voorkomen. De gekozen nummering maakt het mogelijk individuele stukken tussen te voegen zonder de hele inventaris te moeten omnummeren.

Voor een groot hiaat in het archief Zwolle-Groningen is al een nummer gereserveerd (inv.nr. 6.70). Zoals al vermeld was het archief van het departement van Wedde en Westwoldingerland gevoegd bij dat van de 2e of Oostelijke directie van fortificatiën. Deze directie strekte zich uit over het noorden en Oosten van het land, inclusief (tijdelijk) Limburg. Om deze reden zal dit archief gaan berusten bij het Algemeen Rijksarchief. De scheiding met het archief van het departement Wedde en Westwoldingerland is gelegd bij het jaar 1810, in overeenstemming met de opvattingen van de militair historicus H. Ringoir die in zijn boek "Afstammingen en Voortzettingen der Genie en Trein" de genie-onderdelen in 1810 bij de Franse inlijving als opgeheven beschouwd.

De genie-archieven zijn gevormd volgens de voorschriften die door de hogere defensieleiding werden uitgevaardigd. Zij zijn terug te vinden in het zgn. memoriaal van Witsenborg. Deze verzameling van administratieve aanwijzingen, hoe de dienst der genie moest verlopen, werd begonnen in 1837 en is van kracht gebleven tot 1933, in welk jaar de voorschriften betreffende de administratieve dienst der genie werden ingevoerd en wel in 4 delen met een aparte index en een modellenboek onder de voorschriften genummerd: 455,455 a (het modellenboek), 455 b (de index), 456, 457 en 458.