De gemeente der Danziger Oude Vlamingen vergaderden in een kamer in de boerderij van Hindrik Koops Boon. De boerderij heeft gestaan op het perceel Albert Reijndersstraat B14 te Nieuwe Pekela.
Na de opheffing van de gemeente der Danziger Oude Vlamingen in 1808, moesten de leden, wonende te Pekela, naar Veendam ter kerke. De afstand van twee-uren gaans en de slechte toestand der wegen, vooral in de winter, beïnvloedde geleidelijk aan hun kerkelijk leven.

De Sociëteit van doopsgezinde gemeenten in Groningen stelde in 1842 een commissie in, die haar over het belang van een eventuele wederoprichting van de gemeente Pekela moest rapporteren. De rapportage was positief. Dezelfde commissie werd belast met de realisatie; hetgeen mislukte *  , *  .

In 1850 werd in de Doopsgezinde gemeente Veendam-Wildervank-Pekela ds. Anthony Winkler Prins van Tjalleberd (Fr) tot predikant beroepen. Door zijn inzet en voortvarendheid werd op 31 oktober 1851 van de heer Harm Hindriks Vroom een gedeelte van een perceel tuin aangekocht. *  . Er werd direct begonnen met het grondwerk en in augustus 1852 was de bouw van de kerk klaar. Op 12 september werd de kerkenraad van de nieuwe gemeente benoemd en op 19 september werd het kerkgebouw officieel in gebruik genomen *  .Naast de kerk werd in 1853 een woning gebouwd voor de koster, verder kwamen hierin een leerkamer en een stal voor enige paarden. In 1954 werd de kosterij *  nog inwendig verbouwd.

De gemeente werd geleid door de kerkenraad, bestaande uit 6 leden, in 1905 is dit aantal verminderd tot 4 en in 1982 zijn het er nog maar 3.
De predikant fungeerde meestal als voorzitter, maar had geen stemrecht. De kerkenraad is belast met de administratie van de bezittingen en geldmiddelen, het regelen van de godsdienstoefeningen, de armenzorg, het benoemen van de koster, organist en alles wat tot het dagelijkse bestuur van de gemeente kan worden gerekend. Zij gaf leiding aan het beroepingswerk van de predikant; hetgeen in overleg geschiedde met de gemeente te Veendam. Deze laatste bepaling kwam voort uit de oprichtingsvoorstellen.
Ds. A. Winkler Prins was bereid leiding te geven aan de verzelfstandigde gemeente Pekela mits zijn salaris verhoogd werd met ƒ 200,--. De leden in Pekela kregen ook het recht om te zijner tijd een gehele zelfstandige gemeente te vormen. De administraties der beide gemeenten werden in december 1854 geheel van elkaar gescheiden, maar de personele unie bleef gehandhaafd. In 1958 maakte een controverse tussen de predikante Zuidema en de gemeente Pekela een eind aan de jarenlange samenwerking met de gemeente Veendam-Wildervank.

Ter vervulling van de ontstane situatie sloot de doopsgezinde gemeente Pekela met andere gemeenten overeenkomsten om gezamenlijk een predikant te kunnen beroepen. Door vertrek en overlijden van leden liep het ledenaantal steeds verder terug en werd het finaciële draagvlak van de gemeente steeds kleiner.

In 1973 besloot de gemeente het kerkgebouw en de kosterij *  vanwege de hoge financiële lasten te verkopen. De kosterij werd afgebroken.Op het vrijgekomen bouwterrein werd later de uitbreiding van het naastgelegen notariskantoor gerealiseerd.

Het kerkgebouw bleef staan. Ze werd door het Christelijk Mannenkoor Albatros te Nieuwe Pekela gekocht, die het gebouw als oefenruimte in gebruik nam.

Na een zelfstandig bestaan van 130 jaar, besloten de zeventien overgebleven leden besloten in 1982 de gemeente op te heffen. De leden zelf zijn met attestatie overgegaan naar de doopsgezinde gemeente Veendam-Wildervank.

Op regionaal niveau werd ze meteen lid van de Sociëteit van Doopsgezinde gemeenten in Groningen, Drenthe en Oost-Friesland (GDS). De afgevaardigden I.C. Bakker en A. van Calcar verschenen op 9 mei 1853 voor het eerst ter vergadering *  .

Op landelijk niveau werd de gemeente in januari 1921 lid van de Algemene Doopsgezinde Societeit (ADS) te Amsterdam *  .