De gemeente is ontstaan uit een groep doopsgezinden, die in de 17e eeuw landbouwers waren en woonden in het gebied van Humsterland en Oostwold, van Zuidhorn tot aan het Reitdiep. Zij behoorden tot de stroming der Vlamingen. Men vergaderde veelal in een boerderij, die toebehoorde aan de leraar (liefdeprediker) *  . Geleidelijk ontstond in de gemeente de behoefte om een behoorlijk ingericht vermaanhuis (kerkgebouw) te bezitten. Om problemen met de wereldlijke overheid te voorkomen, werd hiervoor de toestemming gevraagd aan de heer van het kerspel. De gemeenteleden woonden zowel in het kerspel Aduard als in het kerspel Zuidhorn. Geen van beide kerspelheren wilde aanvankelijk de bouw van het vermaanhuis op zijn gebied toestaan. Tenslotte maakten de leden gebruik van de financiële nood, waarin de heer van het kerspel Aduard in 1736 verkeerde. Voor honderd gulden kochten de leden op 7 april 1736 het verlof (vergunning) om in Den Horn een vermaanhuis te bouwen *  . Het werd een eenvoudig gebouw, dat op generlei wijze naar aardse grootheid mocht rieken.

De leiding van de gemeente berustte bij de leraar, die werd tot 1791 verkozen uit de leden der gemeente. Verder waren er drie diakenen. Zij handelden alle zaken af ten aanzien van de kerkenkas. De liefdeprediker voorzag zelf in zijn levensonderhoud. Cornelis Harms hoorde men volgens ds. Huizinga *  gaarne preken. Jakob Reinders, wonende bij de Nieuwe Brug, maakte er niet veel van. Over zijn levenswandel en uitspraken werd zo veel te meer gesproken *  In 1775 werd Jan Geerts, afkomstig van Wierum bij Dorkwerd, verkozen en kreeg het gebruik van 11½ gras en de huur van 3½ gras toegewezen. De inkomsten hieruit waren echter te gering, zodat hij als dagloner erbij moest werken. Deze situatie had geen positieve invloed op zijn leraarschap. Omstreeks 1780 wenste de gemeente hem niet langer als leraar. Met een lening afkomstig uit diaconiegelden, stelde men hem in de gelegenheid een boerderij in Oostwold te kopen. In 1788 kreeg Jan Geerts een beroep van de doopsgezinde gemeente te Zwartsluis, welke hij aannam. De terugvordering van de lening gaf nog veel problemen * 

Intussen had men de post van leraar opgedragen aan Geert Jans, landbouwer op Den Hoorn bij Eenrum. Hij kreeg een traktement van 150,- gulden per jaar en mocht vrij wonen in de pastorie, die in 1782 naast het vermaanhuis was gebouwd.

Na zijn dood in 1791 werd bij rekest aan Gedeputeerde Staten van Stad en Ommelanden vergunning gevraagd en verkregen om een leraar van buiten de provincie te mogen beroepen. In december werd Volkert Klazes Klosma uit de Knijpe (Fr.) beroepen.

In 1817 werd het mogelijk om van het burgerlijk bestuur subsidie te verkrijgen voor de armenzorg, mits de diaconiegelden afzonderlijk beheerd werden *  . Dit was in Den Horn niet het geval. De kerkenkas werd daarom verdeeld in een diaconie- en een gemeentefonds. De kerkeraad werd met twee leden uitgebreid, die vanaf 8 september 1818 belast werden met het beheer van het gemeentefonds. De pastorie werd in 1834 vernieuwd. Een jaar later beriep men voor het eerst een gestudeerde predikant, namelijk J.D. Huizinga van Knollendam (Noord-Holland). Deze constateerde dat er binnen de kerkenraad vrijwel geen overleg was en bracht hierin verandering. Van die tijd zijn er notulen bijgehouden en kwam er een reglement tot stand. De taak van voorzitter/secretaris werd opgedragen aan de "leraar" (predikant).

De gemeente had gedurende vele jaren een eigen predikant. Na het vertrek van predikant Stado Jan Verveld in 1956, moesten de leden van de gemeente echter vanwege de financiële situatie een ander beleid gaan voeren. De predikant van de gecombineerde gemeenten Noordhorn en Pieterzijl werd gevraagd consulent te zijn gedurende de vacatureperiode. Gesprekken tussen de gemeente en de consulent leidden ertoe dat met instemming van de kerkenraden van de twee andere gemeenten in 1958 ds. S.S. Smeding eveneens beroepen werd te Den Horn. De predikant werd adviserend lid van de kerkeraad en bleef wonen in Noordhorn. De pastorie in Den Horn was overbodig geworden en werd daarom verkocht. Tien jaar later besloten de leden van de drie gemeenten om alle werkzaamheden samen te voegen. De nieuwe gemeente heet de "Verenigde doopsgezinde gemeente in het Westerkwartier van Groningen". Van elke gemeente gingen twee van de zittende kerkenraadsleden over naar de nieuw te vormen kerkenraad.

Het vermaanhuis, gebouwd in 1736, was in 1856 aan groot onderhoud toe. De geraamde kosten voor het herstel vonden de leden van de kerkenraad te hoog. Na overleg met de leden werd op 19 juli 1857 besloten een geheel nieuwe kerk te bouwen. In 1860 werd met de bouw aangevangen. De Staat der Nederlanden gaf hiervoor subsidie op voorwaarde dat de bouw geschiedde onder toezicht van de ambtenaren van "Den Waterstaat". De provinciale opzichter W.K. Dusseldorp werd met de daaraan verbonden werkzaamheden belast. Op 9 juni 1861 werd het nieuwe gebouw in gebruik genomen.

In 1906 sloot de kerkenraad een contract met de firma J. Doornbos voor de bouw van een zesstemmig orgel. Op 23 december van dat zelfde jaar werd ze voor het eerst in het kerkgebouw (vermaanhuis) bespeeld.

De kerk in Den Horn werd in 1968/69 publiek verkocht. De koper was het bouwbedrijf Westra. Het orgel werd gekocht door de orgelbouwer Harkema in Zuidhorn.

Op regionaal niveau was de gemeente lid van de Humsterlandse Sociëteit. Als lid van deze sociëteit stemde ze in 1825 voor het plan om te komen tot de oprichting van een nieuwe sociëteit voor alle doopsgezinde gemeenten in de provincie Groningen. Na haar totstandkoming in 1826 werd ze meteen lid. De "Humsterlandse Sociëteit, overbodig geworden, werd in 1829 ontbonden. De resterende gelden van de opgeheven sociëteit werden onder de aangesloten gemeenten verdeeld. * 

Op landelijk niveau was de gemeente lid van verschillende fondsen, onder andere van het Algemeen Emeritaatsfonds. De oprichting van het Mennofonds, bedoeld ten behoeve van de verhoging van de traktementen van de predikanten, leidde in 1921 tot de officiële aansluiting van de gemeente bij de Algemene Doopsgezinde Sociëteit (A.D.S.) te Amsterdam. *