Hoogstwaarschijnlijk heeft het archief van het zijlvest vóór 1594 in een kist berust, die op het kloostervoorwerk van Aduard te Roodeschool (halverwege tussen Bedum en Middelstum) een vaste plaats had; de hofmeester van het klooster Aduard, die het hoofd van deze uithof was, bekleedde van oudsher het voorzitterschap van het bestuur van het zijlvest.

In het eerste resolutieboek van het Winsumer- en Schaphalsterzijlvest is opgetekend dat hoofmeester en scheppers (het bestuur) op 11 juni 1617 een commissie van onderzoek hebben benoemd om zo mogelijk 'enige inventariën, boecken, schrifften oder brieven, sijlvester saecken concernerende, unde insunderheit een olt prothocoll oder ligger in franchijn ingebonden' van de erfgenamen van de gewezen hoofmeester Jurgen Lewe (overl. 1610) over te nemen. De verwachtingen over de hoeveelheid stukken waren blijkbaar hoog gespannen, want in dezelfde vergadering is besloten een kist van zeven voet lang, 21/2 voet breed, 'de hoechte na advenant' *  (dus met een lengte van ruim twee meter, een breedte van 75 cm en een daarbij passende hoogte!) te laten maken. In de vergadering op 1 december 1617 nam het bestuur gas terug: de lengte van de te maken kist werd teruggebracht tot vier voet. Van de van Lewe's erfgenamen overgenomen stukken, die vermoedelijk voornamelijk uit rekeningen en hun bijlagen hebben bestaan, zijn in de tegenwoordige inventaris maar twee nummers (inv.nrs.519 en 520, betreffende herstel en onderhoud van de brug te Onderdendam) terug te vinden; een in francijn of perkament ingebonden protocol is niet aanwezig.

Het ligt voor de hand dat de aanzet tot de centrale archiefbewaring is gegeven door Harco Obeli. Deze op 1 mei 1616 benoemde secretaris van het zijlvest heeft vermoedelijk zeer weinig stukken van zijn voorganger(s) overgenomen; in de door hem begonnen registers van resoluties wordt bij voorbeeld geen enkele maal verwezen naar oudere resoluties. De dood van de hoofmeester Oesebrant Clant (overl. 1624) bood een nieuwe kans op verwerving van stukken van het zijlvest; na het innemen en afsluiten van de laatste rekening van Clant door gecommitteerden uit het zijlvesterbestuur overhandigde een vertegenwoordiger van de familie Clant op 25 april 1625 ten zijlvesterhuize te Onderdendam de zijlvester beker, het zegelstempel, een sleutel van de zijlvester kist en het pergamenten sijlvester boeck. Met het laatste moet inv.nr.1 zijn bedoeld, aangezien de daarin in 1619/20 ingeschreven akten niet van de hand van Harco Obeli zijn; het enige andere stuk uit de tijd van zijn secretariaat (1616 - 1648) is door hem in 1633 achterin (p.88) toegevoegd. Mocht Harco Obeli als secretaris van het zijlvest voor 1625 niet de beschikking hebben gehad over een zijlvesterboek, in de funktie van zijlrechter in de schepperij van Warffum had hij toegang tot het oude zijlvesterboek van jr Johan Sickinghe (inv.nr. 17): op fol.78 komt daarin zijn naam en ondertekening voor.

In de vergadering van 1 mei 1625 kreeg jr Johan Sickinghe een doos met akten betreffende het zijlvest, 'dewelche enigermaten dorch vochticheitt' waren aangetast, mee naar huis om te drogen en te reinigen en daarna terug te bezorgen; hoogstwaarschijnlijk kwamen deze ook uit de boedel van Clant. In het genoemde zijlvesterboek van Sickinghe (inv.nr. 17) is op folio 23 in de marge van de verklaring over het onderhoud van de brug te Onderdendam d.d. 22 mei 1521 bijgeschreven: 'Nota dese besegelde breef is bij de gemeene sijlvester breeven'. Ondanks de zorg voor de akten zijn ze niet bewaard gebleven. De weinige originele akten van vóór 1625 in de invenventaris van het Winsumer- en Schaphalsterzijlvest dragen geen sporen van vocht.

Het bestuur en de secretaris bleven uitzien naar mogelijkheden de stukken betreffende de rechten en de inrichting van het zijlvest op een overzichtelijke wijze bijeen te brengen: in 1629 is besloten gewaarmerkte afschriften van de verspreide stukken, zo nodig uit stukken onder berusting van de scheppers van de 'Delff- en Aedwerder' zijlen, te laten maken en in één in perkament gebonden boek over te schrijven. *  De ruime verspreiding van kopie-zijlvesterboeken met dezelfde inhoud (in de inventaris aangeduid met '[van 1629]', zie inv.nrs.7-13) doet vermoeden dat er toen inderdaad zo'n boek is samengesteld. Aan het voornemen de zijlvester stukken samen met de beide andere grote zijlvesten in druk te laten verschijnen, is zeker geen gevolg gegeven.

Hoofmeester Everhard d'Mepsche leverde na zijn aftreden (1631) het oude zijlvesterboek, op perkament geschreven, in quarto gebonden in een zwarte omslag (inv.nr.1), een zijlvesterboek 'oick in quarto, root up de snede mit een geel franchijnen ummeslach ungeveer drie vinger dick sijnde', een onbeschreven nieuw boek van perkament, en een rekenboek van 9 dec. 1625 tot 14 dec. 1631 aan het bestuur over. De staat van ingeleverde papieren en stukken afkomstig van de gewezen hoofmeester Johan Sickinghe (1653) is veel uitvoeriger, maar bevat nog alle vier boeken van 1631.

In het vervolg wordt niet meer gerept van overdracht van stukken door gewezen hoofmeesters; in plaats daarvan is het een goede gewoonte geworden er bij de weduwe of de erven van de secretarissen op aan te dringen de protocollen (resolutieboeken) van hun man of vader aan het zijlvest over te dragen. De omvang van het eigenlijke bestuursarchief is maar langzaam toegenomen; tot halverwege de 18e eeuw zal de kist van 1617 groot genoeg zijn geweest om de administratie van de secretaris-ontvanger te kunnen bergen.

Na 1755 is de administratie aanzienlijk groter geworden, toen de secretaris-ontvanger reglementair ook de administratie van de binnenschotten en de mandelige objekten ging bijhouden. *  De overgeleverde 'oude inventarissen' van 1778 en 1795 *  , die naast een overzicht van de sloten van rekening van alle financiële administraties en de staat van goederen (inboedel) in het zijlvesterhuis te Onderdendam een uitgebreid overzicht van het archief en de lopende administratie bevatten, geven een aardige kijk op de papierwinkel van de secretaris in die jaren. Of alle stukken in 1778 nog plaats konden vinden in 'een kaste of comptoir ter bewaringe van de effecten van het zijlvest' is twijfelachtig; in 1795 zijn drie grenen pakkisten gemaakt om alle stukken van de gewezen secretaris naar Onderdendam te vervoeren.

Tussen 1795 en 1856 is het archief geleidelijkaan verder in omvang toegenomen, waarbij ook opschoning van niet meer belangrijk geachte stukken als bijlagen bij de rekening heeft plaatsgevonden.