Ter gelegenheid van zijn zeventigste verjaardag in 1889 wilde de grootindustrieel Willem Albert Scholten aan de stad Groningen een overdekte markt schenken. Er ontstond echter gekrakeel over de plaats waar het gebouw zou moeten verrijzen. W.A. Scholten liet dit plan toen maar varen en besloot de stad een kinderziekenhuis, bedoeld ten dienste van min vermogende ingezetenen, cadeau te doen. Er werd een pand aan de St. Jansstraat/Singelstraat op zijn kosten aangekocht en verder droeg hij bij in de exploitatiekosten van het ziekenhuis in de eerste vijf jaar van zijn bestaan. In 1891 werd het ziekenhuis, na een verbouwing, geopend. Voor het beheer en bestuur werd de vereniging 'Het Kinderziekenhuis W.A. Scholten' opgericht, die bij K.B. van 2 november 1891 goedkeuring verkreeg. Ondanks subsidies bleef de financiële toestand zorgelijk. In 1908 werden de eerste besprekingen gevoerd met de Rijksuniversiteit om het kinderziekenhuis dienstbaar te maken aan het Academisch Ziekenhuis tegen een jaarlijkse vergoeding. In 1910 werd dit contractueel vastgelegd en twee jaar later werd er een koepokinrichting aan het ziekenhuis toegevoegd.

Nadat de Kinderkliniek van het Academisch Ziekenhuis gereedgekomen was, werd het kinderziekenhuis in 1941 gesloten. De zorgorganisatie voor jongeren met problemen, 'Pro Juventute', betrok het gebouw daarna als huurder. De vereniging W.A. Scholten Kinderziekenhuis bleef echter bestaan. Tijdens de bevrijding van de stad Groningen in april 1945 werden de panden van het vroegere kinderziekenhuis verwoest door oorlogshandelingen en een jaar later werd de grond waarop het ziekenhuis stond, verkocht. Op 15 augustus 1951 werd de vereniging omgezet in een stichting.

Er bestonden plannen voor het stichten van een buitenkliniek, maar de minister van Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen wees deze plannen af. Het bestuur van de stichting besloot voor eigen risico, in samenwerking met het Academisch Ziekenhuis en de Universiteit, een buitenkliniek te gaan exploiteren in het inmiddels aangekochte 'Huize Hemmen' te Haren. In 1953 was het zover. Drie jaar later werd de naastgelegen 'Hoge Kamp' voor het zusterhuis aangekocht. Tot 1971 vonden er diverse uitbreidingen en verbouwingen plaats van en aan het ziekenhuis. Het maximale aantal bedden bedroeg 80.

Na 1975 begonnen de opnamecijfers te dalen. Deze daling werd veroorzaakt door het teruglopende geboortecijfer, superspecialisatie van het Academisch Ziekenhuis en concurrentie van nieuwe ziekenhuizen in de omgeving. Het Academisch Ziekenhuis besloot voorlopig het kinderziekenhuis een verliesgarantie te geven, eigenbelang speelde hierbij een rol daar het Academisch Ziekenhuis, vóór de opening van haar nieuwe kinderkliniek in 1979, regelmatig te kampen had met een beddentekort. Het W.A. Scholten Kinderziekenhuis vervulde hierbij dus een nuttige overloop functie. In 1977 besloot het bestuur het ziekenhuis op een nader te bepalen tijdstip te sluiten. De neergang viel niet meer te stuiten en bovendien beëindigde het Academisch Ziekenhuis de verliesgarantie per 1 juli 1979. Op deze datum sloot het kinderziekenhuis dan ook zijn deuren. Een deel van het gebouw werd daarna tijdelijk verhuurd aan de Stichting Medische Kleuterdagverblijven te Groningen. De Stichting W.A. Scholten Kinderziekenhuis hief zichzelf op 21 maart 1985 op. Het voormalige ziekenhuis was toen al door het Koninklijk Instituut voor Doven, H.D. Guyot, betrokken.