Door de administratie werden de stukken weggeborgen op een wijze die we tegenwoordig zouden omschrijven met de term resolutiestelsel. Ingekomen en kopieën van uitgaande stukken werden chronologisch opgeborgen nadat ze behandeld waren in de vergaderingen van de hoofddirectie. Daarnaast werden, met name in de 2e helft van de 19e eeuw, brieven met een minder belangrijke inhoud door de directeur, secretaris of rentmeester zelfstandig beantwoord en daarna in de serie toegevoegd. Er waren enkele series te onderscheiden:
1 de hoofdserie ingekomen en uitgaande stukken (1790 - 1919): inv. nrs. 52 - 157 en 164 - 191;
2 ingekomen en uitgaande stukken van en aan de 'Hoge Magten' (1792 - 1844): inv. nrs. 158 - 163 en 192 - 194;
3. ingekomen en uitgaande stukken van directeur P. Roorda (ca. 1900 - 1919): inv. nrs. 139 - 157 en 195 - 196 (N.B.: de ingekomen stukken samengevoegd met de eerstgenoemde serie);
4 ingekomen en uitgaande stukken van de rentmeester (1830 - 1919): inv. nrs. 243 - 275 en 277 - 293.

De hoofdserie maakte op enkele plaatsen een onvolledige indruk: 1e. rond 1880; de reden daarvoor is onduidelijk;

2e. van 1905 t/m 1911 zijn geen ingekomen stukken bij de secretaris aangetroffen; van 1912 tot 1914 slechts enkele. De verklaring hiervoor moet zijn dat directeur Roorda de meeste brieven heeft bewaard in plaats van de toenmalige secretaris Beukema. In het archief is een serie bij de directeur ingekomen brieven aangetroffen vanaf 1901, die voor de genoemde periode een groot deel van de totale correspondentie heeft omvat met uitzondering van de bij de rentmeester ingekomen stukken. Aangezien er verder vermenging van de directeurs- en secretariscorrespondentie optrad door wederzijdse vervangingen bij ziekte of uitstedigheid en er tenslotte in de door de directeur secretaris behandelde onderwerpen geen onderscheid te ontdekken valt, is de serie ingekomen stukken bij de directeur vanaf 1901 samengevoegd met de hoofdserie ingekomen stukken (inv. nrs. 139 - 157).

De ingekomen stukken werden tot 1873 (rentmeester tot 1862) bewaard door ze in te lijmen in banden. De volgorde van de stukken is met name in de eerste tientallen jaren wat chaotisch, hoewel grofweg wel chronologisch; na 1825 lijkt het criterium de datum van dagtekening te zijn. Dit criterium is ook gehanteerd bij het herstellen van in ongerede geraakte losse correspondentie in de jaren na 1873 (resp. 1862). Uitzonderingen hierop zijn gemaakt voor 'dossiertjes', die met name rond 1900 meer voorkomen. Deze 'dossiertjes', die zelden een langere periode dan 1½ jaar beslaan, zijn temidden van de chronologisch geordende correspondentie opgeborgen op dagtekening van het meest recente stuk. Ook is een uitzondering gemaakt voor die stukken, die voorzien zijn van een exhibitumdatum, de datum waarop het betreffende stuk tijdens een hoofddirectievergadering ter tafel kwam. Hun raadpleegbaarheid was er het meest mee gediend ze te bergen op de datum waarop ze in de resoluties voorkomen, m.a.w. de exhibitumdatum. Exhibitumdata verschijnen in de tweede helft van de 19e eeuw en verdwijnen rond de eeuwwisseling geheel. Stukken zonder een duidelijke dagtekening zijn geborgen aan het einde van de betreffende maand of het betreffende jaar.

Het feit dat na afloop van een hoofddirectievergadering alle besproken stukken, zowel van externe relaties ontvangen als intern opgemaakte, in dezelfde serie werden opgeborgen, heeft tot gevolg dat een gebruiker van dit archief er op verdacht moet zijn dat er in de serie ingekomen stukken meer te vinden kan zijn dan wellicht op het eerste gezicht vermoed wordt. Zo treft men bijvoorbeeld aan: lijsten van leerlingen voor verschillende doeleinden opgemaakt (vgl. inventarishoofdstuk 3.2), offertes voor leveringen van levensmiddelen (vgl. inventarishoofdstuk 5.3), contracten met personeel, instructies (vgl. inventarishoofdstuk 2.1), etc. Rond 1900 neem de neiging toe dit soort stukken afzonderlijk te bewaren; het aantal intern opgemaakte stukken onder de ingekomen stukken neemt dientengevolge af.

De rentmeester correspondeerde vanaf de oprichting zelfstandig over zaken van financiële aard. *  Ook hij ordende de brieven chronologisch, met uitzondering van de jaren vanaf 1910, toen per jaar een alfabetische ordening van de ingekomen en uitgaande stukken op afzender resp. geadresseerde gehanteerd werd. Vanaf ca. 1880 maken zowel de serie ingekomen stukken bij de rentmeester als diens registratie van uitgaande stukken een onvolledige indruk.

In de financiële administratie van het instituut zijn een drietal fondsen te onderscheiden:
1 Het Joël Oppenheim en Pauline Jacobsfonds. Dit fonds omvatte de gelden en goederen door Joël Oppenheim in 1894 aan het instituut als universeel erfgenaam nagelaten. Aanvankelijke tekorten in de exploitatie van dit fonds, ontstaan door een aantal verplichte uitkeringen, werden aangevuld uit de kas van het instituut, zoals later de opbrengst van het fonds, toen de uitkeringen door overlijden van de begunstigden vervielen, weer aan de instituutskas ten goede kwam.
2 Het Dr. Alingsfonds. Dit fonds is in 1874 door de toenmalige directeur van die naam ingesteld om oud-leerlingen tijdelijk financieel te kunnen ondersteunen met bijv. een lening op matige voorwaarden bij het opzetten van een eigen zaak.
3 Het pensioenfonds. Ontstaan in 1833 als een fonds voor weduwen en wezen van overleden functionarissen aan het instituut, werd het in 1880 uitgebreid tot een algemeen pensioenfonds.

Anders dan bij het eerstgenoemde fonds bleven de opbrengsten van de beide laatste fondsen uiteraard gescheiden van de kas van het instituut. De stukken betreffende het Joël Oppenheim en Pauline Jacobsfonds zijn daarom geplaatst bij de financiële administratie van het instituut (inventarishoofdstuk 3) en het beheer van het kapitaal en goederen (inventarishoofdstuk 4), terwijl de stukken betreffende de beide andere fondsen te vinden zijn bij de doelgroepen ten behoeve waarvan zij zijn ingesteld, oud-leerlingen (inventarishoofdstuk 5.5) resp. personeel (inventarishoofdstuk 2.3).

Ook voor het ambachtsonderwijs werd een grotendeels zelfstandige financiële administratie gevoerd. Het jaarlijkse exploitatietekort werd gedekt uit de algemene middelen van het instituut. De stukken betreffende deze administratie zijn bij elkaar geplaatst aan het einde van inventarishoofdstuk 3.3. De samenhang van de verschillende onderdelen van de financiële administratie valt af te lezen uit bijlage 4, waarin de pijlen de volgorde van de boekingen aangeven. Inventarishoofdstuk 3.3 is in omgekeerde volgorde ingedeeld van algemeen naar bijzonder: jaarrekeningen, manualen, kasboeken, bijboeken en tenslotte bijlagen tot de rekening of aantekeningen. Het gedeelte van de ambachtsschool is analoog ingericht.