Het Groene Weeshuis (1621-1673), dat onder het opperbestuur van de magistraat en de kerkeraad stond werd bestuurd door drie voogden en drie voogdessen die door Burgemeesters en Raad waren aangesteld. Het Blauwe, later Groen-Blauw Gecombineerde Diaconie Kinderhuis, ook Groene Weeshuis genoemd stond onder oppertoezicht en opperbestuur van de kerkeraad. Tot 1797 had ook de burgerlijke overheid door de vermenging van bestuur van kerk en overheid invloed op het Blauwe, later Groen-Blauw Gecombineerde Diaconie Kinderhuis. Na 1797 bleef de band met de kerkeraad steeds gehandhaafd.

Van het Blauwe Kinderhuis is in afschrift het oudste reglement van 1661 bewaard. *  Daaruit blijkt dat het weeshuis bestuur werd door een voogdij die bestond uit een predikant, een ouderling, drie diakenen en drie voogdessen of buitenmoeders. Bij de samenvoeging van het Groene Weeshuis in 1673 kwam in de samenstelling van de voogdij enige wijziging. De dagelijkse leiding berustte toen gedurende enkele jaren bij de gezamenlijke voogden en voogdessen van beide huizen. Door o.a. versterf wilde men komen tot een bestuur dat zou bestaan uit een predikant, een ouderling, drie diakenen en twee voogdessen, die alleen door de kerkeraad zouden zijn aangesteld en twee voogden en twee voogdessen die door Burgemeesters en Raad zouden zijn aangesteld. Een van de diakenen zou als boekhouder fungeren.

Tot 1797 was het bestuur van het weeshuis op deze wijze samengesteld, toen werd de samenstelling van de voogdij gewijzigd *  Voortaan zou de voogdij bestaan uit een predikant, drie ouderlingen, drie diakenen, een boekhouder en drie voogdessen. Daarnaast werd nog een etra functionaris door de kerkeraad aangesteld voor het beheer van kapitaal en goederen van het weeshuis: de rentmeester. Deze voerde het beheer van de inkomsten van het weeshuis, het van Swinderenfonds en het Bossienfonds. Legaten en schenkingen boven de ? 100,-- werden ook door hem afgewikkeld. De boekhouder zou nog slechts de dagelijkse financiële administratie van het weeshuis voeren. Daarnaast had de boekhouder het toezicht op de gelden die door de kinderen binnenkwamen en de administratie daarvan. In de 19e eeuw was hij met de zorg voor het archief belast. Tot 1858 fungeerde de boekhouder tevens als secretaris, toen werd één van de voogden tot secretaris van de voogdij benoemd. De secretaris was verantwoordelijk voor het notuleren van de vergaderingen en de briefwisseling van de voogdij. In de 20e eeuw kwam de zorg voor het archief onder zijn verantwoordelijkheid.

In 1907 werd uit de voogdij een commissie van dagelijks bestuur ingesteld, *  die bestond uit de voorzitter, de secretaris, de boekhouder, een voogd en een voogdes. Dit dagelijks bestuur had de leiding van alle zaken die het weeshuis en zijn inwoners betroffen en voerde de besluiten van de voogdij uit. De dagelijkse opvoeding en verzorging lag tot de 20e eeuw in handen van een weesvader en weesmoeder. In 1922 werden zij vervangen door een directrice, die in nauw overleg met het dagelijks bestuur het weeshuis leidde.