Dat men het in de tijd kort na de bedijking niet altijd met elkaar eens was inzake de rechten en plichten blijkt uit het volgende.
Al spoedig na de bedijking van de polder, ontstond er in 1599 een geschil met het bestuur van de polder Het Land van Essche betreffende het op elkaar aansluiten van de ringdijk van de polder Nieuw-Bonaventura op die van Het Land van Essche. Dit leidde tot het aanstellen van arbiters die in het geschil een oplossing hadden te zoeken *  .
In 1634 en 1635 ontstond er opnieuw een geschil, nu met de besturen van de omliggende polders betreffende het aardhalen uit die polders ten behoeve van het repareren van de doorgebroken dijk van de Mijlpolder. Uiteindelijk heeft het halen van aarde geleid tot het betalen van een schadevergoeding aan de desbetreffende grondeigenaren *  .

In 1651 rees er een geschil tussen Nieuw-Bonaventura en de Mookhoek enerzijds en de bedijkers van de gorzen genaamd De Kil anderzijds.
Blijkens de correspondentie speelde de voorgenomen bedijking van Wieldrecht hierbij een grote rol. Men was bang dat deze bedijking de aardhaling ten behoeve van de aanleg en onderhoud van de Kildijk zou frustreren *  .
Hierbij dient men te beseffen dat de scheiding gevormd werd door weliswaar De Kil, doch dit niet meer was dan een sloot in vergelijking met de huidige Dordtsche Kil, welke in de jaren 1880 tot 1884 is vergraven door de Staat der Nederlanden *  .
In 1895 ontstond een grote dijkdoorbraak als gevolg van een enorme storm, hetgeen de dijk van de Kilpolder geheel deed doorbreken. Als gevolg hiervan werd in gemeenschap met alle betrokken polders een overeenkomst gesloten tot het dichten van de dijk voor gemeenschappelijke rekening *  .
Deze gemeenschappelijke dichting heeft uiteindelijk geleid tot de oprichting van het waterschap voor de Kil- en Wachtdijken in 1897 welke later is opgegaan in het dijkwaterschap De Oosthoeksche Dijken en in 1935 in het waterschap De Hoeksche Waard en in 1954 in het waterschap De Dijkring Hoeksche Waard.