Hardinxveld heeft haar ontstaan te danken aan de ligging aan de rivier de Merwede. Later bleek die ligging echter ook veel nadelen met zich mee te brengen. Ter hoogte van Boven-Hardinxveld, waar de Boven-Merwede overgaat in de Beneden-Merwede, komt het zand van de bovenrivieren tot rust en bezinkt. Dit komt mede doordat de rivier ter plaatse minder breed is en doordat sinds 1275 ook de Maas bij Woudrichem op de rivier uitkomt. Hierdoor ontstonden er zandbanken, die niet alleen het scheepvaartverkeer hinderden. In de winter hielden die zandbanken het met de stroom meegevoerde ijs tegen, waardoor er een ijsdam ontstond. Het is verschillende malen voorgekomen dat hierdoor de dijken overstroomden en doorbraken, waardoor de Alblasserwaard onder water kwam te staan, wat op maatschappelijk en economisch gebied veel ellende veroorzaakte. Bij dergelijke overstromingen zijn de wielen in de Peulenstraat en in Boven-Hardinxveld ontstaan. Ook het Kromme Gat was destijds een wiel, waaromheen aan de binnenkant een nieuwe dijk is gelegd.

De dijk bij Hardinxveld stond bekend als bijzonder zwak. Dit is ook de reden dat men destijds tussen Hardinxveld en Gorinchem de dijk een stuk binnenwaarts legde, de Nieuwe Wolpherense dijk, waardoor de Avelingen is ontstaan, een gebied dat bij hoog water nog steeds onderloopt. Voordien liep de dijk in 'Den Bout' gewoon rechtdoor in de richting van Wolpheren, een dorp dat tussen Gorkum en Hardinxveld heeft gelegen. Ten zuiden van Hardinxveld en Giessendam was jarenlang een zogenaamde binnenzee, ontstaan in 1421 toen de Sint Elizabethsvloed ten zuiden van de Merwede gelegen Grote Waard overstroomde, waarbij veel dorpen in de golven zijn verdwenen. Pas eeuwen later is op de plaats van dit grote meer de Biesbosch ontstaan.

Om de gevaren voor overstroming van de Alblasserwaard tegen te gaan werd in 1739 besloten als slaperdijk de zogenaamde Groenendijk aan te leggen vanaf de nieuwe Wolpherense dijk (bij Gorkum) naar de rivierdijk, ongeveer op de scheiding tussen Boven-en Neder-Hardinxveld. De terreinen waar men de grond voor de dijk weghaalde worden sindsdien 'De Putten' genoemd. Door aanleg van deze dijk ontstond er een buffergebied zodat bij doorbraken van de zwakke dijk alleen Hardinxveld zou overstromen en de rest van de Alblasserwaard gespaard zou blijven. De praktijk was echter anders. Bij de grote overstromingen (1740, 1744, 1809 en 1820) stond de gehele Alblasserwaard onder water en bleef Hardinxveld gespaard, omdat het water via de Lek- en Lingedijken binnenstroomde. De Hardinxveldse dijk en polder was toen een toevluchtsoord voor mensen en vee uit het hele rampgebied.

In 1818 groef men ten behoeve van de Linge-uitwatering aan de noordkant langs de Groenendijk het Kanaal van Steenenhoek. Waar het kanaal op de rivier uitkwam werd tevens een stoomgemaal gebouwd, dat in 1942 werd vervangen door het huidige Mr. Dr. G. Kolffgemaal.
De laatste overstroming, waarbij alleen een deel van Giessendam last van het water had, dateert van 1953, toen onder andere de dijk bij Giessendam doorbrak.