Op 2 mei 1863 werd de wet op het Middelbaar Onderwijs van kracht. Op voorstel van mr. G.A. de Raadt, besloot de gemeenteraad op 11 juni 1864 tot de stichting van een Hogere Burgerschool met vijfjarige cursus. Tijdens de zitting van de gemeenteraad op 29 november 1864 werden dr. J.C. van Deventer en de heren H.L. de Vries en dr. A. van Oven benoemd tot respectievelijk directeur en leraar aan de nieuw gestichte H.B.S. De Commissie van Toezicht op het Middelbaar Onderwijs werd door de gemeenteraad op 14 februari 1865 ingesteld om haar van raad en voorlichting te dienen.

In 1957 besloot de gemeenteraad, gezien de behoefte aan lyceaal onderwijs en de tanende belangstelling voor de hogere burgerschool met vijfjarige cursus B, de Eerste Hoogere Burgerschool met vijfjarige cursus om te zetten in een lyceum. Dit lyceum zou de naam van Dordrechts lyceumkrijgen, en trad met ingang van het cursusjaar 1957/1958 in werking. De wet op het Voortgezet Onderwijs, de zogenaamde Mammoetwet, die in 1968 van kracht werd, deed de hogere burger school als schooltype geheel van het toneel verdwijnen: de HBS gaat over in atheneum, een lyceum zou voortaan als scholengemeenschap worden benoemd.

De school werd gehuisvest in een gebouw aan de Nieuwstraat. In 1870 bleek het gebouw al te klein voor het aantal leerlingen. Dit werd verholpen door in hetzelfde jaar een verdieping extra te bouwen. De gevel aan de Nieuwstraatzijde werd vernieuwd. Het steeds groeiende aantal leerlingen en de veranderende opvattingen over bijvoorbeeld hygiëne en verlichting maakten de bouw van een nieuwe school noodzakelijk. In de jaarverslagen werd voortdurend geklaagd over de te kleine lokalen, de donkere en sombere sfeer en de ellendige afmetingen van gangen. Op 6 september 1909 werd de nieuwe school in het Oranjepark officieel in gebruik genomen. Het nieuwe gebouw aan de Noordendijk werd op 9 januari 1962 geopend.

Aanvankelijk werden alleen jongens tot de school toegelaten. Sinds 1895 begonnen meisjes de school te bezoeken. Een groot deel van het archief bestaat uit zgn. leerlingenkaarten. Op deze kaarten werden van iedere leerling de schoolresultaten bijgehouden. Aan vrijwel de meeste leerlingenkaarten is éen of meerdere foto's van de leerling gehecht.

De eerste leerling werd in 1865 tot de school toegelaten. Het stond de school tot 1920 vrij haar eigen toelatingsprogramma vast te stellen. Een wijziging in de wet leidde in 1920 tot een uniformering van de eisen van toelating. Bij Koninklijk Besluit werd bepaald, dat leerlingen die een schriftelijke verklaring van geschiktheid en bekwaamheid van het hoofd van de lagere school konden overleggen, vrijgesteld werden van het toelatingsexamen tot de eerste klas. In 1928 besloot men hierop terug te komen, onder meer omdat het niveau van de leerlingen leek te dalen. Het toelatingsexamen werd weer ingesteld. Bij Koninklijk Besluit van 19 maart 1938, werd in de regeling van de toelating vastgesteld, dat naast het onderzoek naar de kennis van de leerling ook diens geschiktheid tot het volgen van middelbaar onderwijs getest moest worden.

In de toelatingscommissie konden de hoofden of onderwijzers van lagere scholen met raadgevende stem zitting nemen. De eindexamens waren tot 1921 staatsexamens, afgenomen door de Eerste Commissie van de Eindexamens van de Hogere Burger School met vijfjarige cursus. De leden van deze commissie, onderwijzend personeel van de verschillende hogere burgerscholen, werden elk jaar benoemd door de Commissaris van de Koningin in Zuid-Holland.
Als gevolg van een wetswijziging in 1920 was vanaf 1921 het eindexamen een schoolexamen. De eindexamencommissie bestond uit de directeur van de school als voorzitter,leraren van eindexamenvakken als leden en daarnaast vijf deskundigen als rijksgecommitteerden. Tot de opheffing van de HBS als schoolvorm bleef deze situatie bestaan.