Op 15 juni 1979 is door provinciale staten van Zuid-Holland de nieuwe Verordening Waterkwaliteitsbeheer Zuid-Holland vastgesteld, waarin ook de nieuwe organisatievorm voor waterkwaliteitsbeheer werd geregeld. In het gebied van de waterschappen De Brielse Dijkring, Goeree, Flakkee, IJsselmonde, de Groote Waard, de Nederwaard, de Vijfheerenlanden en het hoogheemraadschap van de Krimpenerwaard werd een organisatie opgericht die zich specifiek met de waterkwaliteit zou gaan bezighouden: het Zuiveringsschap Hollandse Eilanden en Waarden.

Het reglement voor de nieuwe organisatie werd op 14 juni 1979 vastgesteld door provinciale staten en kreeg koninklijke goedkeuring op 19 april 1980. Op 24 juni 1980 vond de installatie plaats van de verenigde vergadering en werden de voorzitter, de heer ir. H.H. Tonkes, en secretaris, de heer mr. P.A.M. Verbeek, van het zuiveringsschap beëdigd. Op dezelfde datum werd het dagelijks bestuur gekozen.

De taakstelling en bevoegdheden van het zuiveringsschap met betrekking tot het waterkwaliteitsbeheer zijn ontleend aan bovengenoemde verordening. In de memorie van toelichting op het ontwerpreglement Zuiveringsschap Hollandse Eilanden en Waarden wordt gesteld dat een publiekrechtelijk lichaam, belast met de uitvoering van de Wet verontreiniging oppervlaktewateren (Wvo), aan een aantal voorwaarden zal moeten voldoen *  :
- het lichaam moet een voldoende groot financieel draagvlak te hebben, inhoudende dat het beheersgebied niet te klein mag zijn
- het lichaam moet beschikken over een krachtig, op democratische wijze tot stand gekomen bestuur
- het lichaam moet beschikken over een goed geoutilleerd en volwaardig administratief/juridisch en technisch apparaat.

De taak van het schap kan in het kort worden omschreven als: het bevorderen en handhaven van een goede kwaliteit van de oppervlaktewateren.

Het beheersgebied van het schap werd globaal begrensd door de Nieuwe Waterweg, Nieuwe Maas, Hollandse IJssel en de provinciegrenzen van Utrecht, Gelderland, Noord-Brabant en Zeeland.

Op 1 januari 1981 is het zuiveringsschap met zijn werkzaamheden begonnen. Daarbij werd het bestuur bijgestaan door de administratieve en de technische dienst.

Concreet heeft het zuiveringsschap per deze datum de verantwoordelijkheid met betrekking tot de waterkwaliteit in Zuid-Holland overgenomen van de waterschappen De Brielse Dijkring, De Groote Waard, IJsselmonde, Goeree, Flakkee, De Overwaard, de Nederwaard, Vijfheerenlanden en het hoogheemraadschap van de Krimpenerwaard. Deze schappen bleven belast met de overige taken op het gebied van het waterbeheer, zoals de zorg voor waterkeringen, en zorg voor wegen.

In de beginjaren van het zuiveringsschap werden de activiteiten gekenmerkt door het afronden van de overname van de waterkwaliteitstaak, inclusief de zuiveringstechnische werken, van de waterschappen, het opbouwen van de organisatie en de voorbereiding en bouw van enkele zuiveringstechnische werken.
In 1983 werd het definitieve bestuur van het zuiveringsschap gekozen, dat per 1 januari 1984 in functie is getreden, bestaande uit 34 leden. Het bestuur werd samengesteld uit 17 ‘politieke’ zetels, 6 zetels voor de waterschappen, 5 zetels voor de Kamers van Koophandel, 4 zetels voor het Landbouwschap en 2 zetels voor milieuorganisaties.
In 1985 werd het nieuwe kantoorgebouw van het zuiveringsschap aan de Johan de Wittstraat te Dordrecht in gebruik genomen.
In 1987 werd de afvalwaterzuiveringsinrichting (awzi) Dokhaven te Rotterdam in gebruik genomen, waarmee een einde kwam aan de laatste grote lozing van huishoudelijk afvalwater op de Beneden-Rijn en werd het eerste waterkwaliteitsbeheersplan van het schap definitief vastgesteld door de verenigde vergadering.
Vanaf midden jaren ’80 ontstond een toenemend inzicht in de milieuproblematiek in het algemeen en de belangrijke rol van de kwaliteit van het oppervlaktewater. Dit leidde in 1989 onder andere tot een convenant tussen het rijk en regionale waterkwaliteitsbeheerders over de vermindering van fosfaatlozingen op het oppervlaktewater. Ook werd in 1989, samen met de hoogheemraadschappen van Delfland, Schieland en Rijnland, het besluit genomen tot samenwerking op het gebied van de verwerking van zuiveringsslib. Hiertoe werd de ‘DRSH Zuiveringsslib NV’ opgericht. De goede samenwerking met de waterkwantiteitsbeheerders in het gebied resulteerde in de ‘Nota afstemming waterkwantiteits- en waterkwaliteitsbeheer in het gebied van de Hollandse Eilanden en Waarden’.

Meer informatie over de geschiedenis van het zuiveringsschap en belangrijke gebeurtenissen is terug te vinden in de jaarverslagen (inv.nr. 21, 22 en 23).

Het oprichtingsbesluit van 14 juni 1979 ging reeds gepaard met het besluit om het zuiveringsschap in de toekomst om te bouwen tot een ‘all-in waterschap’. Dit waterschap, Hollandse Delta, is op 1 januari 2005 van start gegaan.