Alle JAC-medewerkers hebben zitting in de plenaire vergadering. De vergadering wordt eens per 14 dagen gehouden en is verplicht. In de PV worden alle belangrijke beslissingen genomen over onder andere het functioneren van de werkgroepen, het aanstellen van nieuwe medewerkers, te voeren acties, aspecten van hulpverlening en de JAC-structuur en werkwijze.
Het dagelijks bestuur van het JAC bestaat uit vertegenwoordigers van alle werkgroepen en de zakelijk beheerder. De laatste is een vast bestuurslid; de overige bestuursleden rouleren. Het dagelijks bestuur controleert de uitvoering van de door Plenaire Vergadering (PV) genomen besluiten, neemt beslissingen over zaken waarvan de grote lijn in de PV is uitgezet, behandelt de ingekomen post en bereidt de agenda voor van de PV. Feitelijk vormen zij het secretariaat van de PV
Het algemeen bestuur bestaat uit (on)betaalde medewerkers en buitenleden. Zij nemen alle besluiten van de plenaire vergaderingen (PV) over. Zij mogen de vergaderingen bezoeken maar hebben geen stemrecht.