De ambtelijke organisatie bestond uit de secretarie, de diensten en de bedrijven. Daarnaast bestonden nog de aan de gemeentelijke organisatie gelieerde instellingen.
De secretarie was tot 1939 onderverdeeld in drie afdelingen,
- algemene zaken;
- bevolking, burgerljke stand en militaire zaken;
- inanciën;
Het bureau Nieuw Archief was geplaatst onder de afdeling Algemene Zaken. In 1939 werd de Verordening regelende de Inrichting van de Secretarie vastgesteld. In deze verordening werd de organisatie, wijze van benoeming, bezoldiging, openingstijden, openbaarheid enz. geregeld. In 1939 werd de afdeling onderwijs toegevoegd aan de drie bestaande afdelingen. Tot de gemeentelijke organisatie behoorden de volgende diensten en bedrijven: Gemeentewerken, Sociale Zaken, Havengrondbedrijf, Gasfabriek Hogedruk-waterleiding, Electriciteitsbedrijf, Gemeentereiniging, Gemeentelijke Ontsmettingsdienst, Keuringsdienst van Vee en Vlees, Landerijen en Plantsoenen, Haven- en Marktbedrijf, Arbeidsbeurs, Spoorbedrijf, Ontvanger, Oud Archief.
In het bestuur van de aan de gemeentelijke organisatie gelieerde instellingen waren leden van het gemeentebestuur vertegenwoordigd. De instellingen waren over het afgelopen jaar rekenplichtig en verslaglegging verschuldigd aan de Gemeenteraad.
De Gemeentelijke Dienst voor Sociale Zaken werd op 25 juni 1940 door de Gemeenteraad ingesteld. De dienst had als taak arbeidsbemiddeling, werkloosheidsverzekering, werkverschaffing, steunverlening, maatschappelijk hulpbetoon, controle en inlichtingendienst. De Burgerlijke Instelling voor Maatschappelijk Hulpbetoon bleef hiernaast bestaan. Aan deze instelling was de burgerlijke armenzorg opgedragen. Door de Dienst van Sociale Zaken werd aan de Burgerlijke Instellingen voor Maatschappelijk Hulpbetoon de nodige bijstand verleend. Op 27 augustus 1945 werd de instelling opgeheven. Met ingang van 5 oktober 1940 werd de arbeidsbemiddeling een rijkstaak.

Er kwam een rijksarbeidsbureau; de gemeentelijke arbeidsbemiddeling werd veranderd in een rijksbureau.
Door het bombardement op 6 februari 1945 werd het kantoor van de Sociale Dienst in de Bagijnenstraat 5-6 vernietigd waarbij de administratieve bescheiden verloren zijn gegaan.
Op 8 oktober 1947 werd de Geneeskundige dienst opgericht met als taken o.a. E.H.B.O., schooltoezicht, onderzoek van sollicitanten, controle bij ziekte, vaccinaties.
Met ingang van 1 februari 1944 werd het gemeentelijk slachthuis, waaronder begrepen de Keuringsdienst van vee en vlees, aangewezen als tak van dienst. Met ingang van 1 januari 1950 werd besloten tot herziening van de bepalingen voor de bedrijven en tot aanwijzing van de Dienst van Gemeentewerken en de Ontsmettingscjlienst als takken van dienst.
Het Havengrondbedrijf en Spoorbedrijf werden bij hetzelfde besluit samengevoegd tot één bedrijf, het Havengrond- en Spoorbedrijf, en met de dienst Gemeentewerken verenigd tot de bedrijfsgroep Openbare Werken.
De Ontsmettingsdienst werd samengevoegd met de Reinigingsdienst tot één bedrijf, de Reinigings- en Ontsmettingsdienst.
Op 4 februari 1944 vierde de Brandweer zijn 50-jarig bestaan. De brandweerkazerne aan de Kleine Poot 14 werd op 23 april 1945 in gebruik genomen. Tengevolge van de woningnood werd in 1946 het Bureau huisvesting in het leven geroepen.
Op 22 november 1948 besloot de Raad de wederopbouwwerkzaamheden over te nemen. Het plaatselijk bureau voor de wederopbouw werd een gemeentelijk wederopbouwbureau onder leiding van de direkteur Openbare Werken, evenwel onder supervisie van de hoofdingenieur-directeur van de directie van de Wederopbouw en de Volkshuisvesting in de provincie Overijssel. In april 1949 werd het bureau wederopbouw geheel door de gemeente overgenomen en werd het een afdeling van de dienst Openbare Werken. Het personeel dat in aanmerking kwam om overgenomen te worden, trad in gemeentedienst.