De oudste vermelding van Bathmen komt voor in een akte uit het archief van het kapittel van St. Lebuinus te Deventer van 1284. Het kapittel verwierf in dat jaar tienden, die gelegen waren in de parochie Bathmen * 
Het is onbekend wanneer tot instelling van een parochie d.w.z. een eigen kerkelijke gemeente is overgegaan. Het benoemingsrecht van de pastoor van deze gemeente berustte tot aan de reformatie bij het kapittel van Deventer *  De kerk was gewijd aan de H. Maagd; haar afbeelding met het kind Jezus op schoot, zoals dat voorkomt in het zegel van het kapittel, figureert thans nog in het wapen van de burgerlijke gemeente Bathmen.

Van de pastoors die tot aan de reformatie van het platteland van Salland in Bathmen geresideerd hebben is weinig bekend. Dumbar vermeldt dit in zijn afschrift van het necrologium van het kapittel van St. Lebuinus zonder nadere datering een testamentaire gift van een zekere Ecbertus "sacerdos de Bathmen" *  Het Utrechtse bisschoppelijke archief bevat een tussen 1393 en 1423 gedateerde ruiling van beneficiën tussen Arnoldus pastoor te Tankeveen en Johannes van Hoekelom pastoor van Bathmen *  Uit het midden van de 16de eeuw zijn vermeldingen bekend van pastoor heer Bartholt in den Delff, die blijkens het visitatieverslag van 1572 van bisschop Aegidius de Monte de pastoorplaats aldaar innam *  Mogelijk is de in 1552 overleden Johannes de Loë, wiens grafzerk zich in sterk versleten toestand in het koor van de kerk bevindt, zijn voorganger geweest *  .

In het midden van de 14de eeuw verwierf het Cisterciënser vrouwenklooster Ter Hunnepe, gelegen in de buurschap Lage Weteringen te Colmschate, veel bezit in Bathmen, waaronder de Hof in de buurschap Loo * 
Aan deze hof was het markerichterschap verbonden van de mark Bathmen en Loo. In een ander deel van de parochie bezaten de heren van Dorth veel invloed door hun goederen en het daaraan verbonden markerichterschap van Dorth en Zuidloo. Wellicht dientengevolge konden de abdis van Ter Hunnepe en de heren van Dorth optreden als de kerkmeesters van Bathmen bij wie in de eerste plaats de zorg voor de instandhouding van het kerkgebouw berustte.

Het oorspronkelijke lege en éénbeukige schip van de kerk te Bathmen met vroeg gotische trekken is in 1870 vervangen door een toen modern en groter bouwwerk met behoud van de toren en het oorspronkelijke koor. Ter Kuile dateert deze bouwgedeelten in de eerste helft of het midden van de 15de eeuw *  De architect, ir H. Roebbers, die de restauratie van het kerkgebouw en de toren in 1975-1976 geleid heeft, acht de toren ouder dan het koor. Aangezien uit archiefstukken op te maken valt, dat er in 1458-1459 aan de Bathmense kerk gebouwd werd, zou het koor van die datum kunnen zijn *  Kort daarop zullen de beroemde muurschilderingen aangebracht zijn, die Ter Kuile in de tweede helft van de 15de eeuw dateert.

In de periode van de reformatie had Bathmen-evenals het gehele platteland van Overijssel veel te lijden van de gevechtshandelingen en rondzwervende troepen. De bevolking werd ook getroffen door zware lasten; de kerksieraden moesten worden beleend in de lommerd te Deventer en werde gelost door de rentmeester van het klooster Ter Hunnepe, doch uiteindelijk door deze functionaris omstreeks 1603 verkocht tot delging van de schuld, die Bathmen nog bij hem uitstaande had *  .
Na de verovering van Deventer door prins Maurits in 1591 ging de classis Deventer de verbreiding van het protestantisme ten platten lande bevorderen. Riemens vermeldt, dat Bathmen in 1604 een predikant had, maar nog geen kerkeraad *  Daarvan is eerst na 1620 sprake. Wel had Bathmen gedurende het Bestand een predikant in de persoon van Hermannus Wedaeus, wiens salaris en andere zorgen nog regelmatig in de classis behandeld zouden worden *  Het benoemen der predikanten was in deze verwarde dagen door de kerkmeesters, die zich ook wel opperkerkmeesters noemden, aan zich getrokken. Daar het klooster Ter Hunnepe in een wereldlijk stift werd omgezet, behield de abdis haar positie en vervulde zij samen met de heren van Dorth tot in de Franse tijd haar kerkelijke functie in Bathmen.

In de archiefvorming van de Hervormde gemeente Bathmen weerspiegelt zich de trage organisatorische ontwikkeling van de gemeente. Het oudste register is afkomstig van de opperkerkmeesters en in 1630 in gebruik genomen. Daarop volgen de registers waarin de predikant de kerkelijke stand bijhield: lidmaatschap, doop en huwelijk. Aantekening van de kerkeraadsvergaderingen is eerst gehouden vanaf 1765, tenzij eerdere geschriften verloren zijn gegaan. De diaconale administratie is daarentegen vanaf 1711 nog in hoofdzaak aanwezig en toont de onderzoeker de realisering van de zorg voor de hulpbehoevenden in een niet welvarende agrarische gemeenschap.
De uiteindelijke verantwoordelijkheid voor het beheer van de kerkegoederen berustte bij de opperkerkmeesters. Vanwege hun dubbelfunctie als markerichter betrokken zij de twee Bathmense marke-organisaties herhaaldelijk bij de moeilijke financiële situatie van de kerk. De door Mulder gepubliceerde extracten uit het markeboek van de marke Bathmen en Loo leveren voorbeelden op van ondersteuning door de marken van de kerkekas. Deze ondersteuning was geen vanzelfsprekendheid, zodat de beslissingen van geval tot geval genomen werden * 

In de Franse tijd kwam er een eind aan de tot dusverre in stand gehouden structuur. De instelling van een gemeentelijk bestuur betekende functieverlies voor de marke, zeker waar deze zoals in het geval van de mark Bathmen en Loo een functie uitoefende vergelijkbaar met die van de kerspels in b.v. Olst en Raalte *  Ook het stift Ter Hunnepe verdween, de bezittingen, waaronder het halve collatierecht te Bathmen vervielen aan de Staat. Tengevolge daarvan werd de kerkelijke gemeenschap zelf verantwoordelijk voor het beheer van de bezittingen en het verzorgen van de financiën om het kerkelijk leven voortgang te doen vinden.

Onder tegenstribbeling van de kerkelijke gemeente *  werd uiteindelijk in 1810 een plaatselijke commissie tot administratie van de kerkelijke goederen gevormd, die uit enkele kerkeraadsleden, waaronder de predikant, en uit vier ter zake uit de gemeente gekozen leden bestond. het is niet duidelijk hoelang deze commissie haar taak vervuld heeft. Eerst vanaf 1821 en volgende jaren zijn de bescheiden van de kerkvoogdij bewaard gebleven, welke dan met het college van notabelen is ingericht op de voet van de kerkelijke wetgeving van koning Willem I.
Formeel waren kerkeraad en kerkvoogdij gescheiden organen, echter bleven in Bathmen geschillen van omvang doorgaans vermeden. Ook de invoering van de nieuwe kerkelijke organisatie in 1951 heeft in dit dorp geen moeilijkheden opgeleverd. Sindsdien maken de kerkvoogden als ouderlingen deel uit van de kerkeraad.

De in 1810 gekozen commissie voor de administratie van de kerkelijke goederen zag zich voor de taak gesteld om inkomsten te verwerven. Zij besloot dit te doen door middel van het verpachten van de zitplaatsen in de kerk en de heffing van een vast zitplaatsengeld van de eigenaren van banken of plaatsen in banken. De hieruit verkregen middelen waren tot in het midden van de 19de eeuw eigenlijk ontoereikend. Niet alleen de pastorie maar ook het kerkgebouw waren zorgenkinderen. Door de geleidelijke groei van het inwonertal van de gemeente verbeterden de financiën langzaam en werden er plannen beraamd tot vergroting van het kerkgebouw. Daarvoor moesten wel gelden worden opgenomen, doch anderzijds zouden ook de inkomsten door het verpachten van meer zitplaatsen toenemen. Eén en ander heeft geleid tot de verbouwing van 1870. Bij deze gelegenheid werden de 15de eeuwse muurschilderingen ontdekt, hetgeen tot verschillende publicaties leidde *  .

Door de algemene stijging van onkosten en het geleidelijk waardiger honoreren van de predikanten bleek de grondslag van inkomstenheffing uit zitplaatsen en collecten tijdens de kerkdiensten op den duur onvoldoende.
Sinds 1935 is er sprake van een hoofdelijke omslag, een verplichte heffing naar inkomen voor alle lidmaten. De heffingen op de zitplaatsen vervielen daarmee; het in aantal zeer beperkt recht op eigendom van zitplaatsen bleef bestaan.