Op 2 augustus 1815 kregen Harderwijk en Franeker bij Koninklijk Besluit de vestiging van een athenaeum toegewezen *  . Een dergelijke school voor hoger onderwijs had geen promotierecht. Wel kregen beide scholen 2 hoogleraren in de geneeskunde "uit hoofde der oude verdiensten van de voormalige akademiën". Bij Koninklijk Besluit van 16 oktober 1815 werden voor Harderwijk als curator benoemd J.H. van Kinsbergen (de vroegere luitenant-admiraal), mr. A.C.W. Staring van den Wildenborgh (de bekende dichter) en mr. J.C.F. de Vries (later ook burgemeester van Harderwijk) *  . De Vries was de enige die ook curator was geweest in de tijd van de Academie *  .

Hetzelfde Koninklijk Besluit regelde ook de benoeming van 7 hoogleraren: J.A. Lotze (theologie), J.O. Arntzenius (rechtsgeleerdheid), Th.G. van Lidt de Jeude (anatomie en fysiologie), J. Vosmaer (botanie, chemie en farmacie), B. Nieuhoff (bespiegelende-en natuurlijke wijsbegeerte), C.J.C. Reuvens (griekse-en latijnse letterkunde) en J. Amersfoort (oosterse letterkunde). Nieuhoff fungeerde als rector-magnificus.

De officiële inwijding was een driedaags evenement vanaf 23 januari 1816 *  . De voormalige Academiegebouwen waren bijna allemaal nog beschikbaar *  . Ten westen van de Academiestraat stonden de woning voor een professor (inmiddels verdwenen), het gebouw met de woonruimte voor de pedel en diverse onderwijsfaciliteiten (Klooster 15-19) en het zogenaamde Academiegebouw (Catharinakerk). Ten oosten van de Academiestraat bevond zich de Hortus met bijbehorende gebouwen. De bibliotheek en de verzameling fysische instrumenten waren redelijk goed bewaard gebleven. De meeste gewassen in de Hortus waren echter meegenomen naar de Hogeschool in Leiden. Veel nuttige zaken uit het Hortusgebouw waren daar ook terechtgekomen *  . Er volgde t/m 1817 een periode van wederopbouw, met als speerpunten herstellingen aan de gebouwen, herinrichting van de Hortus en de aankoop van pathologische-en zoölogische preparaten *  . Helaas viel het aantal studenten zwaar tegen. Het Album Studiosorum had aan 1 bladzijde genoeg voor het totaal van 19 inschrijvingen *  . Hieronder waren 11 inschrijvingen voor een geneeskundig vak, zodat Vosmaer en Van Lidt de Jeude de hoogleraren waren met de meeste studenten.

Het Koninklijk Besluit van 2 augustus 1815 bepaalde in artikel 43 dat de positie van een athenaeum versterkt kon worden door de aanwezigheid van een opleiding voor chirurgijns, apothekers en vroedvrouwen. Waarschijnlijk heeft Van Lidt de Jeude zich hierdoor laten inspireren, want hij deed al op 2 juli 1816 het voorstel bij de curatoren om een verzameling heel-en vroedkundige instrumenten aan te schaffen. Hij voorzag dat zo'n verzameling zeker in een behoefte zou voorzien "daar er in het vak der vroedkunde aan ons Athenaeum reeds in het afgeloopen jaar aan een aanzienlijk aantal jonge lieden onderwijs gegeven is door den Zeer Gel. Heer van Loenen, stads med. doctor". Waarschijnlijk werd bedoeld dat in het lopende jaar Van Loenen les gaf in de verloskunde, met gebruikmaking van de faciliteiten van het Athenaeum. Hij zou ook bereid zijn, volgens Van Lidt de Jeude, om zich beschikbaar te stellen voor een opleiding voor heelkundigen (chirurgijns). Gelijktijdig hield Van Lidt de Jeude ook een pleidooi voor de oprichting van een school voor veeartsenijkunde *  .

In de loop van 1817 schreven de hoogleraren een rapport, op verzoek van de curatoren, waarin gesignaleerd werd dat het niet goed ging met het Athenaeum, maar waarin ook aanbevelingen stonden "ter bevordering van deszelfs meerderen opgang". De hoogleraren stelden vast dat er een verminderde belangstelling was op landelijk niveau voor wetenschappelijke vorming in het algemeen, in samenhang met "het diep verval der geleerde of Latijnsche scholen". Verder was het vanzelfsprekend dat de wederopbouw van de Academie meer tijd kostte dan de vernietiging door het franse bewind. Bovendien was het Athenaeum niet een zuivere voortzetting van de Academie, doordat het eindniveau lager lag. Ter bevordering van het aantal inschrijvingen, deden de hoogleraren twee voorstellen. Het eerste voorstel was gebaseerd op het eerdergenoemde artikel 43. Door de vestiging van een geneeskundige school in Harderwijk zou het Athenaeum, met gebruikmaking van de aanwezigheid van het militair hospitaal, een bijdrage aan deze onderwijsvorm kunnen gaan leveren. Het tweede voorstel was om studiebeurzen toe te kennen, want "zulk een gunstbewijs zou een wetenschappelijk leergestigt, maar altoos het onze, eenen aanmerkelijken toevloed aanbrengen, voornamelijk in het Godgeleerde vak" *  .

Op 12 juli 1817 schreven de curatoren een brief aan de Minister, waarin werd toegegeven dat het niet goed ging met het Athenaeum in Harderwijk en waarin ook een voorstel werd gedaan om het Athenaeum te redden: ".... moeten wij tot ons leedwezen betuigen, niet te gelooven dat het op deze voet ooit voldoen zal aan het oogmerk van Zijne Majesteit. Ouders zullen geen genegenheid hebben hunne kinders eerst naar Harderwijk en dan nog twee jaren naar een academie te zenden, dewijl Zijne Majesteit het vertrouwen in ons gesteld heeft in ons de bezorging van het Athenaeum op te dragen, vinden wij dat ook de verpligting op ons leijt om aan Zijne Majesteit openhartig het middel voor te stellen, hetwelk naar ons inzien het Athenaeum zoude doen bloeijen, en dit bestaat hierin dat Zijne Majesteit goedgunstig gelieve toe te staan dat die jonge lieden welke hunne studiën te Harderwijk volbragt hebben, aldaar zullen kunnen gepromoveerd worden, doch geene anderen. Dit zal de studiën bevorderen. Ouders welke niet in staat zijn hunne kinderen naar groote academiën te zenden, kunnen dezelve voor geringe kosten hunne studiën te Harderwijk laten volbrengen en de grote academiën worden daardoor niet benadeeld" *  .

De curatoren hoopten ook hun voordeel te kunnen doen met een rapport van de Commissie van Landbouw in Gelderland. Hierin werd gepleit voor de oprichting van een school voor veeartsen, door het Rijk gefinancierd en bij voorkeur in Harderwijk *  . Geïnspireerd door dit rapport, richtte de Gouverneur van Gelderland zich op 9 september 1817 rechtstreeks tot het Ministerie. Hij signaleerde een gebrek aan bekwame veeartsen in Gelderland en stelde daarom voor om aan het Athenaeum een school voor veeartsenijkunde te verbinden. Harderwijk zag hij als de ideale vestigingsplaats van zo'n school "juist in het midden van twee veerijke streeken" *  .

Op 9 maart 1818 waarschuwde de Minister dat er concrete plannen bestonden om het Harderwijkse Athenaeum op te heffen: "Het genoegzaam geheel onbezocht blijven van het Athenaeum, gevoegd bij de bezuinigingen welke 's lands geldmiddelen vorderen schijnen het voornemen (van) Z.M. in deze te hebben bepaald" *  . Op dezelfde datum publiceerde de Minister een verslag over de toestand van het onderwijs in 1817 dat bestemd was voor de Tweede Kamer. Over de 2 door het Rijk gefinancierde athenaea schreef hij: "Van dezelve heeft het Athenaeum te Franeker eenigszins opgenomen, doch dat van Harderwijk heeft aan het doel van deszelfs stichting niet beantwoord, en Zijne Majesteit is daarom van voornemen in den loop van dit jaar deszelfs bestaan te doen ophouden". Verderop meldde hij de opening van hogescholen in Leuven, Luik en Gent. De betrokken stadsbesturen hadden zelf voor gebouwen moeten zorgen, maar "met de grootste zorg heeft men de leerstoelen met de kundigste en bekwaamste mannen zoeken te bezetten, waartoe Zijne Majesteit noch pogingen, noch kosten gespaard heeft" *  .

Op 24 april 1818 zond het stadsbestuur van Harderwijk een smeekschrift naar de Koning met de wens om het Athenaeum nog gedurende 10 jaar een kans te geven. Daarbij werd gewezen op de reeds gedane investeringen, op de te verwachten nadelen voor Harderwijk en heel Gelderland ingeval van opheffing en op de reputatie van een negental professoren die ooit de Academie in Harderwijk gediend hadden *  .

In zijn brief van 18 mei 1818 deelde de Minister mee dat de overlevingskans van het Athenaeum onverminderd laag bleef. Hij wilde wel zijn best doen om de schade voor Harderwijk te beperken en bood het stadsbestuur de gelegenheid om daarover mee te denken *  . De stad meende op historische gronden recht te hebben op zowel de gebouwen, als de bibliotheek. De kern van de bibliotheek was namelijk het stedelijk boekenbezit van weleer, en "dit regt der Stad op de bibliotheek is bij de vernietiging der Academie door een vorig bestuur zelfs zoo zeer erkend geworden, dat men dezelve bij het wegvoeren van al het overig materieel naar elders, onaangeroerd heeft gelaten". Het stadsbestuur wilde de aanspraak op de bibliotheek opgeven, als Harderwijk schadeloos gesteld zou worden. De beste manier daartoe was de vestiging van een geneeskundige school. Van Lidt de Jeude had in 1816 ook al een pleidooi gehouden voor een dergelijke school, maar het stadsbestuur ging veel verder. Men had een uitgewerkt plan voor de benodigde personeelsleden en de financiering van de school. Daarbij werd gewezen op het feit dat er in heel Gelderland nog steeds geen overheidsinstelling bestond voor de opleiding van chirurgijns, apothekers en vroedvrouwen. In Harderwijk was zelfs al een oplossing bedacht voor dit gebrek aan opleidingsmogelijkheden: "vandaar dat er gedurende het kort bestaan van het Athenaeum, een aantal jongelingen zich op die vakken hebben toegelegd, waarvan er in 1816 en 1817 zeven door de geneeskundige commissie geëxamineerd en geadmitteerd zijn". Waarschijnlijk was dit een verwijzing naar het initiatief van de Harderwijkse arts Van Loenen, waarvan Van Lidt de Jeude ook al melding had gemaakt. *  .

Op 4 juni 1818 bezocht de Koning Harderwijk, maar toen de toekomst van het Athenaeum ter sprake kwam, gaf hij aan dat de opheffingsplannen onherroepelijk waren *  . Bij Koninklijk Besluit van 13 juni 1818 werd het Athenaeum daadwerkelijk opgeheven met de motivering die de Minister in maart al had meegedeeld *  .