Toen in 1892 de Christelijke Gereformeerde Kerk (ontstaan uit de Afscheiding van 1834) en de Nederduitsche Gereformeerde Kerken (ontstaan na de Doleantie in 1886) samengingen in de Gereformeerde Kerken in Nederland, werd van afgescheiden zijde het werk van de Commissie voor de zending onder Israël ingebracht. Deze commissie was door de synode van 's-Hertogenbosch in 1875 benoemd, op voorstel van de 'Algemeene Zendingscommissie' en de provinciale synoden van Friesland en Noord-Holland, teneinde 'Israël te brengen aan de voeten van zijn Messias' (Handelingen, art. 93). De eerste commissieleden waren ds. E. Kropveld (1840-1920), ds. D.K. Wielenga en ds. H. Beuker. Met name ds. Kropveld, joods van geboorte en in 1862 gedoopt, zou zijn naam aan de gereformeerde jodenzending verbinden.

De commissie kreeg opdracht om de voor de jodenzending bijeengebrachte collectegelden te besteden voor colportage en traktaatverspreiding. Ook het houden van bidstonden werd bevorderd, om in de gemeenten de liefde voor de jodenzending levend te maken en wakker te houden. Daarnaast werd er van meetaf uitgezien naar een deskundige vaste kracht, die een theologisch gefundeerde zendingsmethode kon uitwerken en ook de predikantsopleidingen zou kunnen dienen. Doordat een eenduidige Israël-theologie in deze jaren ontbrak en ook de financiële consequenties fors zouden zijn, kwam het hier voorlopig nog niet van. Wel werd in 1880 Pieter Koster uit Middelburg aangesteld, die gaandeweg als reizend colporteur vele joden bezocht om onder hen met woord en lektuur het evangelie te verkondigen. Er rezen echter vragen over zijn functioneren en hij vertrok in 1887 als oefenaar naar Zegwaard.

Tijdens de eerste Jodenzendingsconferentie in 1889 traden verschillende theologische opvattingen duidelijk naar voren. Daarbij speelden discussies over de betekenis van Israël als volk van God een centrale rol. Had dit volk sinds de komst van de Messias haar bijzondere plaats verloren (laten gaan?), of behield het tot aan de eindtijd een wezenlijke functie in Gods plan met de wereld, zoals de chiliasten beweerden? Die bezinning was uiteraard essentieel, allereerst om de noodzaak van afzonderlijke zending onder de joden te kunnen motiveren en voorts om een methode te formuleren. Een willekeurig volk zou immers anders benaderd moeten worden dan 'Gods oogappel'. Het bestaan van beide opvattingen naast elkaar zou nog lang doorwerken in de bezinning over de houding van de kerk tot de joden.

De Gereformeerde Kerken in Nederland organiseerden zich in 1892 op basis van de Dordtse Kerkorde 1618/1619, waarin geen artikel over jodenzending voorkwam. Het bestaan van een afzonderlijk deputaatschap was derhalve afhankelijk van theologische inzichten van voormannen en besluiten van synoden. Dat bleef zo tot aan de kerkordeherziening van 1958. De zienswijze van dr. A. Kuyper op het jodendom vond aanvankelijk bij velen gemakkelijk ingang. Hij bezat als geen ander het richtinggevend charisma en stelde onomwonden de anti-these 'Christus tegenover het Jodendom'. Volgens Kuyper kon men het trekken van bekeerlingen aan de evangelisatie overlaten. Slechts het bestrijden van de rabbijnse leer zou eventueel afzonderlijke aandacht voor de joden rechtvaardigen. Om te komen tot een theologische plaatsbepaling voor Israël kon de aktuele positie van de joden in de maatschappij niet worden genegeerd. Een proces van emancipatie was ook onder hen gaande en de vrees voor joodse invloed in Europa bleek in staat om anti-semitische reacties op te roepen, waarvan ook de politicus Kuyper niet vrij bleef. Zijn theologische visie werkte na 1892 dadelijk door in de naam van het nieuwe deputaatschap der verenigde kerken.

Met loslating van de herinnering aan het bijbelse Israël werd gekozen voor 'zending onder de Joden' en in de navolgende jaren kreeg het aanstellen van een hoogleraar Judaïca voor de wetenschappelijke bestrijding van het jodendom veel aandacht, echter zonder resultaat. Dat de voorstanders van daadwerkelijke zending een stem in het beleid behielden, bleek uit de toestemming die de generale synode van Middelburg 1896 gaf voor het benoemen van een nieuwe colporteur. Enkele colporteurs volgden elkaar op, maar het werd steeds duidelijker dat colportage niet het niveau was waarop men verder wilde. Zo mogelijk werd aangesloten bij plaatselijke initiatieven, met name in Rotterdam en Den Haag, waar ondermeer onder kinderen werd gearbeid. Het ontbreken van een eenduidige visie heeft echter tot 1911 het werk in belangrijke mate belemmerd, al ging het houden van bidstonden en collecten steeds door. Ds. J.P. Tazelaar deed in 1911 een poging de richtingen dichter bij elkaar te brengen met zijn boekje Gij blijft mij onvergetelijk

Een belangrijke omslag kwam in 1914, toen men de theologisch candidaat en evangelist Jacob van Nes uit Groningen bereid vond om bij het Institutum Judaicum Delitzschianum in Leipzig te worden opgeleid tot missionair predikant voor de zending onder de Joden. Als zodanig werd hij in 1916 bevestigd in Den Haag, waarvoor met de Gereformeerde Kerk aldaar, als zendende kerk, een contract werd afgesloten. Deze vorm, analoog aan de praktijk in de gereformeerde zending onder 'heidenen en Mohammedanen', was gebaseerd op het principe dat ambtelijk werk dient uit te gaan van een plaatselijke kerkeraad. Predikanten met een bijzondere opdracht kwamen daardoor niet in algemene dienst van de gezamenlijke kerken, maar werden verbonden aan één der kerken, die door deputaten der generale synode tot het beroepen van een missionaris werd aangezocht. Een missionair predikant werd in volle rechten lid van de kerkeraad die hem in dienst nam. Een door de kerkeraad benoemde commissie ('gecommitteerden') voor zaken betreffende de jodenzending vormde de schakel tussen de jodenzendingspredikant en generale deputaten voor wat betreft het werk onder de joden binnen het ressort van de eigen gemeente. Voor het werk buiten zijn standplaats was de missionaire predikant rechtstreeks verantwoording schuldig aan generale deputaten voor de zending onder de joden.

Ds. van Nes werd de nestor van de gereformeerde zending onder joden in Nederland. Onder zijn leiding kwamen er tientallen plaatselijke commissies voor jodenzending tot stand, die hij instrueerde voor huisbezoek aan joodse adressen. Deze adressen werden nauwgezet verzameld, zodat vanaf 1917 het eigen evangelisatieblad De Messiasbode op ruime schaal onder de joden kon worden verspreid. Zelf ging Van Nes met joden in debat tijdens publieke bijeenkomsten, waaruit allerlei contacten met joden ontstonden. In de kerken stimuleerde hij de bestudering van het Jodendom. Deputaten gaven vanaf 1925 een zelfstandig Zendingsblad uit om de kerken te informeren over de jodenzending. In 1927 werd in Den Haag een eigen bureau geopend, en trad een administrateur (B. Veldhuis Kroeze) in dienst. In het Bureau voor de Jodenzending vond ook de waardevolle, door Van Nes gevormde bibliotheek onderdak.

Intussen kreeg ook Amsterdam een eigen missionaire predikant voor de jodenzending, van 1922 tot 1926 ds. W.J.J. Velders, die in 1929 werd opgevolgd door ds. C. Kapteyn. De missionaire predikanten participeerden in de cursussen van de Nederlandse Zendingsraad, die door vele plaatselijke commissieleden werden bezocht. Daar echter de gereformeerden zich door de kerkelijke jodenzending onderscheidden van particuliere verenigingen als 'Nederlandsche Vereeniging voor Israël' en 'Elim', groeide de behoefte aan een eigen conferentie van plaatselijke commissies. Deze werd van 26-28 juli 1932 in Amsterdam gehouden en was voor de aktivering en het zelfbewustzijn van de lokale medewerkers van grote betekenis. Referaten, gevolgd door plenaire discussies, brachten het terrein in kaart, wezen methoden aan en gaven een toekomstperspectief. Het in Duitsland groeiende antisemitisme werd hier nadrukkelijk veroordeeld en de liefde tot de joden werd aangegeven als de juiste motivering voor het zendingswerk.

In 1935 volgde Rotterdam, waar ds. R. Bakker werd bevestigd. Daarmee was het binnenlandse arbeidsterrein verdeeld in drie ressorten. Tot het zuidelijk ressort van ds. Bakker behoorde tevens het werk onder de Oost-europese joden in Antwerpen en Brussel. De missionaire predikanten brachten om de drie maanden schriftelijk verslag uit aan deputaten, terwijl zij ook een gedeelte van de deputatenvergaderingen bijwoonden. Deputaten op hun beurt rapporteerden aan de generale synoden.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd het werk waar mogelijk voortgezet. De missionaire predikanten waren nauw betrokken bij het toekennen van bewijzen van kerkelijke 'Angehörigkeit', op grond waarvan christen-joden van deportatie konden worden vrijgesteld. Voorts werd veel gedaan voor joodse vluchtelingen. Het eigenlijke zendingswerk kreeg soms een kans tijdens de onderduik bij gereformeerde gezinnen en onder de gemengdgehuwden. Verreweg de meeste Nederlandse joden werden echter weggevoerd naar de Duitse gaskamers en keerden niet terug. Na de bevrijding werd direct een nieuw, uiteraard sterk gedecimeerd adressenbestand gevormd om het werk in Nederland en België op oude voet te kunnen voortzetten. Dit lukte aanvankelijk, maar de verschrikkingen van de oorlog en de stichting van de staat Israël in 1948 dwongen in toenemende mate tot herbezinning binnen het deputaatschap. Het overleg tussen de kerken, ontstaan tijdens de bezetting, bleef in de Interkerkelijke Contactcommissie Israël (ICI) voortbestaan.

In 1949 overleed ds. Van Nes. Ds. E.I.F. Nawijn was, van 1950-1956, zijn opvolger in Den Haag. Een jaar eerder was ds. B.D. Smeenk verbonden aan de kerk van Amsterdam-Zuid. Hij werkte vanaf 1961 in Jeruzalem onder studenten en deed pogingen daar een studiecentrum van de grond te krijgen. De Messiasbode werd in 1950 voortgezet onder de meer toegankelijke titel Licht en Leven Conferenties voor gedoopte joden dienden de integratie in de gereformeerde kerken te bevorderen, hetgeen echter altijd een moeizame zaak is gebleven. Met de landelijke leiding van de hervormde, de christelijke gereformeerde en later de vrije evangelische commissies voor Israëlzending ontstond structureel overleg, waarin de 'Drie', later 'Vier Moderamina' gezamenlijke vergaderingen belegden.

Buitenlandse relaties ontstonden uit de vriendschappelijke band met het Institutum Judaicum Delitzschianum te Leipzig, waar de eerste vier jodenzendingspredikanten hun opleiding ontvingen. Naderhand woonden deputaten en missionarissen regelmatig conferenties bij van de International Council's Committee on the Christian Approach to the Jews. Dit comité, aanvankelijk functionerende onder de Internationale Zendingsraad, werd later omgezet in de Committee of the Church and the Jewish people van de Wereldraad van Kerken. Dankzij internationale contacten van (vooral) ds. R. Bakker kwam in 1954 een begeleidingscommissie ('Joint Committee') tot stand, waarin de gereformeerde kerken medeverantwoordelijkheid op zich namen voor een zendingshospitaal van de Schotse Kerk in Tiberias. Ook de hervormde Raad voor de verhouding tussen Kerk en Israël participeerde hierin. In het hospitaal waren ook gereformeerde artsen en verpleegsters werkzaam. Deputaten zonden in 1958 ds. J.M. Snoek, verbonden aan de kerk van 's-Gravenhage-Oost, uit als geestelijk verzorger van het hospitaal, die ook daarbuiten contacten kon leggen. Na de opening van een naburig ziekenhuis bleef alleen een polykliniek in functie en startte men een 'Missioncentre' annex bibleshop voor Israëlische toeristen en buitenlandse pelgrims. In 1969 werd dit werk losgelaten.

Bij de kerkordeherziening van 1958 werd voor het eerst een artikel over zending onder de joden in de gereformeerde kerkorde opgenomen. Artikel 97 luidde: '1. De kerken zullen zich richten tot de Joden in en zo mogelijk ook buiten Nederland om hun uit de Heilige Schrift te betuigen, dat Jezus de Christus is. 2. Dit werk zal ter hand genomen worden door de daarvoor in aanmerking komende kerken, die het, met steun van de overige kerken, verrichten in overleg met daartoe door de generale synode benoemde deputaten en overeenkomstig de door haar vastgestelde bepalingen.' (Acta Generale Synode Assen 1957-1958, art. 357). De naam 'zending onder de Joden' werd op dat moment nog gehandhaafd, maar in de staat Israël bleek grote weerstand tegen 'zending' te bestaan. Dit besef groeide ook binnen de gereformeerde kerken, hetgeen in 1961 leidde tot officiële naamswijziging van het deputaatschap in 'Deputaten voor de evangelieverkondiging onder Israël', en van het zendingsblad: Evangelie onder Israël, vanaf 1969 Evangelie en Israël Inmiddels waren er door de arts J.J. Pilon (1917-1975) en ds. R. Bakker plannen uitgewerkt voor het stichten van een nederzetting, het latere Nes Ammim, met als doel: internationale christelijke presentie in de staat Israël zonder zendingsoogmerk. Dit Nederlandse initiatief vond weldra steun in andere landen en was van meetaf interkerkelijk. Het ontstaan en instandhouden van Nes Ammim heeft altijd veel bezinning en praktische aandacht van het deputaatschap gevergd, waarbij met name het afzien van zending en het niet toelaten van christen-joden in Nes Ammmim aanleiding gaf tot diepgaande meningsverschillen. De GKN leverden steeds een predikant als geestelijk verzorger voor Nes Ammim.

Van 1962 tot 1971 was ds. C.B. Bavinck in vaste dienst als actuarius van deputaten. Hem was met name opgedragen de vraagstukken inzake de verkondiging van het evangelie onder de joden toe te lichten in kerken, classes en particuliere synoden. Het bureau voor de Jodenzending, dat in 1957 verhuisde naar het Zendingscentrum van de Gereformeerde Kerken in Nederland te Baarn, stond vanaf 1948 onder leiding van A. Holvast. Hij verrichtte alle ondersteunende secretariaatswerkzaamheden, verzorgde type- en stencilwerk, redactionele werkzaamheden rondom de uitgave van bladen en publicaties, de abonnementen-administratie, en had het beheer over bibliotheek, knipselverzameling en archief. Later kwam hierbij de organisatie van studiedagen, toerustingscursussen en gemeenteavonden. In 1984 werd hij opgevolgd door de huidige bureau-secretaris mw. M.M. Kemper. Het blad Licht en Leven verscheen voor het laatst in 1966 en werd in 1967 opgevolgd door de nog bestaande brochure-reeks Verkenning en Bezinning, een titel die de gewijzigde (ver)houding typeerde.

In de jaren zeventig kwam het deputaatschap onder voorzitterschap van mw. H.L. van Stegeren- Keizer tot voortgaande schriftstudie en bezinning, hetgeen leidde tot beëindiging van het bezoekwerk aan individuele joodse adressen, het steeds meer loslaten van de eenzijdige zendingspretentie en het opbouwen van een nieuwe relatie tussen kerk en Israël op basis van gelijkwaardigheid. Kapteyns opvolger ds. J. Dijk, van 1966 tot 1981 in Amsterdam, zag daardoor zijn werk van karakter veranderen, ds. J.G.K. Littooy kwam in 1975 voor het contact met de joodse gemeenschappen buiten Amsterdam, de voorlichting in de kerken en de bestudering van politieke vragen. Tal van cursussen en studieconferenties voor plaatselijke en classicale werkgroepen kwamen van de grond. Naast het aspekt 'evangelieverkondiging' deed het begrip 'luisterlijn' intrede, waarmee een open houding naar Israël werd gestimuleerd. Op 5 oktober 1976 ging de synode van Maastricht akkoord met een naamswijziging in 'Deputaatschap voor Kerk en Israël'. Dr. W.H. Zuidema rondde in diezelfde tijd zijn in 1962 aangevangen werk in Brussel af en trad tot 1981 op als studiepredikant in algemene dienst. Ds. S. Schoon, van 1974-1980 verbonden aan Nes Ammim, volgde in 1981 ds. J. Dijk op, zijn standplaats werd Amstelveen/Buitenveldert. Hij werd in 1981 de eerste voorzitter van het Overlegorgaan tussen Joden en Christenen (OJEC).

Inmiddels was in 1980 aan de Vrije Universiteit een leerstoel ingericht voor de Judaïca, waar als eerste dr. C.J. den Heijer werd benoemd. De voortgaande bezinning en goede contacten met verschillende rabbijnen-in 1986 bezochten twee van hen de generale synode-leidde tenslotte in 1988 tot het besluit van de generale synode om artikel 93 van de kerkorde als volgt te formuleren: 'De kerken zijn geroepen gestalte te geven aan de onopgeefbare verbondenheid van de gemeente van Christus met het volk Israël en te zoeken naar gelegenheid voor Joden en Christenen tot wederzijds getuige zijn. Ten behoeve van dit werk benoemt de generale synode deputaten voor Kerk en Israël met de opdracht de kerken met adviezen te dienen en tevens namens de kerken deel te nemen aan het overleg tussen Joden en Christenen'.