Codde legde, in tegenstelling tot vele van zijn katholieke geestverwanten, een interesse voor oude bescheiden aan de dag. Tijdens zijn ambtsperiode als apostolisch vikaris heeft de verzameling archivalia uit kapittels en andere geestelijke instellingen twee omvangrijke aanvullingen gekend. de eerste grote aanwinst was afkomstig van mr Gerard van der Steen *  In 1590 geboren, kreeg hij, hoewel katholiek, op 21-jarige leeftijd een kanonikaat in het kapittel van S. Jan wegens afstand door zijn oom Dirk van Esch. de Utrechtse kapittels waren met de invoering van de hervorming in 1580 dan wel geseculariseerd, de zittende katholieke kanunniken mochten hun loopbaan uitzitten. Bovendien kon het katholieke element in de kapittels zich nog lang handhaven als gevolg van het geldende benoemingssysteem. In de oneven maanden werden nieuwe (én protestants gezinde) leden van het kapittel voorgedragen door de Staten van Utrecht als rechtsopvolgers in het pauselijk reservatierecht * 

Gedurende de overige maanden viel het benoemingsrecht terug aan de kapittels, waaruit bij toerbeurt één kapitulair kanunnik (turnarius) een nieuwe kandidaat mocht voordragen. Op die manier konden katholieke kanunniken hun geloofsgenoten binnenhalen, totdat de Staten van Utrecht in 1600 ingrepen *  Voortaan dienden de voorgedragen kanunniken een belijdenis in de gereformeerde religie af te leggen, alvorens zij werden toegelaten. Toch bracht deze verordening niet het beoogde resultaat, zodat zij in 1615 en 1635 nogmaals herhaald moest worden. Sedertdien nam het aantal katholieke kanunniken in de Utrechtse kapittels gestaag af * 

van der Steen ontpopte zich als een actieve persoon in het kapittel en daarbuiten. Gedurende zijn kanonikaat bekleedde hij ondermeer de functies van kameraar en fabriekmeester. In 1651 bracht hij het zelfs tot vice-deken van S. Jan. Daarnaast behartigde hij voor verschillende personen zakelijke belangen en was onder andere executeur- testamentair van de thesaurier van Oudmunster, Popko van Montzima en Albrecht van Solms, proost van S. Jan. Als gevolg van de uitoefening van deze werkzaamheden wist hij de hand te leggen op belangrijke papieren, waaronder stukken afkomstig van de rechtsgeleerde Viglius van Aytta van Zwichem (1507-1577), die via zijn familierelatie met de Montzima's bij van der Steen zijn beland *  Daarnaast verdiepte hij zich ook in het kapittelarchief en legde twee registers aan met hoofdzakelijk uittreksels uit de kapittelresoluties *  van de zo door hem in de loop der tijden bijeengaarde archivalia heeft hij op het laatst van zijn leven een inventaris aangelegd *  Na het overlijden van deze laatste katholieke kanunnik uit de Utrechtse kapittels in 1680 droeg zijn zuster Maria alle bescheiden over aan Petrus Codde * 

Voor de tweede belangrijke uitbreiding van de collectie bescheiden is Hugo Franciscus van Heussen (1654-1719) verantwoordelijk. Deze paarde een streng katholieke inslag aan een diepgaande interesse voor de vaderlandse en bovenal kerkelijke geschiedenis. Daarmee nam hij een belangrijke plaats in binnen de toenmalige roerige katholieke kerk in de Republiek. In het begin van de 18e eeuw was namelijk een ernstig conflict ontstaan tussen de apostolisch vikaris Petrus Codde en de Jezuïeten, die Codde en de zijnen beschuldigden aanhangers van het jansenisme te zijn * 

In plaats van de vroegere dreiging van vervolging door de wereldlijke overheden in de Republiek kwam nu het gevaar voor excommunicatie uit Rome. In de escalatie, die volgde, werd Codde achtereenvolgens in 1702 door de paus geschorst en twee jaar later afgezet. de katholieke kerk in de Republiek viel aan verdeeldheid ten prooi: een groep schaarde zich rond Codde, de rest bleef trouw aan Rome. Na Coddes overlijden in 1710 nam het Vikariaat van Utrecht, dat zich toen Metropolitaan kapittel noemde, het bestuur op zich. In 1723 koos het een nieuwe leidsman en benoemde Cornelis Steenhoven tot bisschop. Hiermee werd een scheuring met Rome een feit. de zich voortaan Oud Bisschoppelijke Clerezie noemende kerk van Utrecht zou later uitmonden in de Oud-katholieke kerk.

van Heussen koos in het conflict de zijde van Codde en het Vikariaat en legde zich samen met de Delftse pastoor J.C. van Erkel erop toe om hun rechten en positie door middel van geschriften te verdedigen en de geschiedenis van de katholieke kerk in de Republiek bloot te leggen. Met name het in 1714 uitgebrachte Batavia Sacra, sive res gestae apostolicorum virorum, qui fidem Bataviae primi intulerunt, en het in 1719 verschenen Historia Episcopatuum Belgii, utpote metropolitani Ultraiectini, necnon suffraganeorum Harlemensis, Daventriensis, Leovardiensis, Groningensis et Middelburgensis getuigen van een gedegen grondigheid en hebben zelfs heden ten dage nog hun waarde voor kerkhistorisch onderzoek niet verloren. van Heussen heeft voor het vergaren van bronnenmateriaal stad en land in Holland en andere gewesten afgereisd en bij nazaten van eertijds gevluchte katholieke geestelijken restanten van vele klooster- en kerkarchieven, al dan niet tegen een geldelijke vergoeding, weten los te krijgen *  Deze bescheiden werden gevoegd bij de andere collectieonderdelen van de toen nog Oud-katholieke kerk in wording.