De eerste afdeling van de bij het Stadsarchief bewaarde archieven (Bewaarde Archieven I, afgekort BA I) bevat archieven van de gilden, de broederschappen, de godshuizen en fundaties en de kloosters. In de in 1913 verschenen inventaris (toegang 708) zijn in de rubriek Godshuizen en fundaties de stukken beschreven van het Heilige Geesthuis, de Eleemosynae van Oudmunster, het Melatenhuis, het St. Margaretenhof, het Collegium Willebrordi, de fundatie van Thomas van Nykercken, de fundatie van Huybert Edmontsz. van Buchell, de fundatie van Mr. Evert van de Poll, de fundatie van Jhr. J. Ruysch Az. en de fundatie van Maria van Pallaes. Aan deze rubriek werden later beschrijvingen toegevoegd van aanvullingen op de archieven van fundaties uit de negentiende en de twintigste eeuw. Daarnaast kwamen in 1989 en 1990 bij de voormalige Gemeentelijke Archiefdienst Utrecht afzonderlijke inventarissen tot stand van aanvullingen op de volgende archieven:
- fundatie van de Eleeymosynae van Oudm
unster, 1849-1965 (inventaris door A. Pietersma, toegang 798-11), omvang 0,25 m.
- fundatie van Maria van Pallaes, 1853-1958 (inventaris door A. Pietersma, toegang 798-10), omvang 0,15 m.
- Margaretenhof, 1721-1965 (inventaris door G.J. Röhner, toegang 805-4), omvang 0,25 m.

Bovendien was er een ongeïnventariseerde aanvulling (0,12 m) op het archief van de fundatie van Huybert Edmontsz. van Buchell van 1937-1978. Het is niet bekend wanneer deze aanvullingen zijn overgedragen.

Tijdens de inventarisatie van de archieven van het gemeentebestuur van Utrecht na 1813 werden ook daarin stukken van fundaties aangetroffen (vervallen toegang van Stadsarchief V). In eerste instantie is toen besloten de stukken van fundaties van na 1813 uit BA I te halen en in de archieven van het gemeentebestuur op te nemen. Bij nader inzien bleek het echter wenselijker om een afzonderlijke inventaris van de archieven van fundaties van na 1813 samen te stellen, waarin ook de verschillende aanvullingen die al apart geïnventariseerd waren en de ongeïnventariseerde aanvulling verwerkt konden worden. De stukken van het gemeentebestuur betreffende fundaties bleven uiteraard wel in de archieven van het gemeentebestuur.

De archieven van fundaties zijn nu dus op twee plaatsen beschreven: vóór 1814 in de inventaris van BA I (toegang 708-3 t/m 708-12) en na 1813 in deze inventaris. In de concordanties achterin deze inventaris is aangegeven waar de oorspronkelijke inventarisnummers nu terug te vinden zijn. Enkele stukken uit de aanvulling op het archief van het Margaretenhof van vóór 1814 (oorspronkelijk inv.nrs. 14-16) zijn overgeheveld naar BA I. Uiteraard was het niet mogelijk de cesuur van 1813 strikt aan te houden. Als pakken of delen vóór 1814 begonnen en tot (soms ver) na 1813 doorliepen, zijn ze in BA I gelaten. Van het Melatenhuis en de fundatie van Jhr. J. Ruysch Az. zijn geen stukken van na 1813 aanwezig; deze fundaties komen dus in de nieuwe inventaris niet voor. Het beheer van het Collegium Willebrordi werd in 1827 opgedragen aan de curatoren van het Stedelijk Gymnasium. Daarom is besloten de stukken tot 1827 in BA I te laten en de stukken vanaf 1827 op te nemen in het archief van de
curatoren (toegang 719).

Er zijn ook archieven van fundaties ongemoeid gelaten, omdat ze niet in BA I opgenomen zijn geweest:
- Stevensfundatie, 1858-1947 (toegang 450)
- fundaties Van Drielenburg en Schoormond, (1418) 1618-1904 (toegang 723)
- fundatie van Adriaan Beyer Hendriksz. en Alijdt Jansdr. de Bruyn, 1434-1929 (1951) (toegang 755)
- Tullingh's Stichting, (1899) 1936-1960 (toegang 765)
- kamer van het voormalig gerecht van Hogelanden, 1814-1960 (toegang 766)
- fundatie vrijvrouwe van Renswoude, 1754-1910 (toegang 771), met ongeïnventariseerde aanvulling, 1850-1933
- fundatie Pelt, 1407-1937 (toegang 812-2)

Uit de archieven zijn duplicaat-rekeningen en bijlagen bij de rekeningen van na 1850 vernietigd. De uiteindelijke omvang bedraagt 4 strekkende meter.