De Broederschap wordt gevormd door het geheel harer leden, zo luidt de kerkorde van 1950 *  . De gemeenten, die onder leiding staan van een kerkeraad bestaande uit vertegenwoordigers van haar leden en de plaatselijke predikant, zijn in principe zelfstandig in het afhandelen van hun eigen aangelegenheden. Ze zijn wel verplicht jaarlijks afgevaardigden te zenden naar de Algemene Vergadering, het hoogste gezagsorgaan in de Broederschap. Tot de overige leden van deze vergadering behoren de dienstdoende predikanten, leden van het dagelijks bestuur, de Commissie tot de zaken, curatoren van het Seminarium, de leden van de vaste commissies en van de besturen van instellingen en stichtingen van de Broederschap plus een aantal toebehoorders. De Algemene Vergadering heeft tot taak toezicht te houden op het algemeen beleid van het dagelijks bestuur, van de boekhouders en de commissies. Zij is het hoogst besturende orgaan en het hoogste gezag bij het beslechten van geschillen binnen de Broederschap.

In de eerste jaren na de oprichting van de Broederschap was deze Algemene Vergadering slechts een vergadering van predikanten. Haar voornaamste taak was te zorgen voor de bediening van de gemeenten en het toezicht op de geldmiddelen. Door toedoen van de vervolging kon tussen 1621 en 1630 geen Algemene Vergadering worden gehouden en werden de zaken geregeld door de directeuren, wier handelingen tussen de handelingen van de Algemene Vergadering zijn opgetekend in het Sociëteitsboek *  . In 1633 bleef de taakstelling van de vergadering nog vaag, maar in 1657 werd deze duidelijk aangegeven: 1. het beroepen van de hoogleraar aan het seminarium, 2. het approberen van het beroep van predikanten, 3. het schorsen in dienst en traktement en het afzetten van predikanten, 4. het aannemen van alumnen tot last van de Broederschap, 5. het beslechten van geschillen, en 6. het toezicht op het beheer van de financiën *  . Tegenwoordig zijn de punten 2 en 3 gedelegeerd aan het dagelijks bestuur. In 1973 werd de Algemene Vergadering gesplitst in een algemene vergadering van bestuur en een algemene vergadering van beraad, waarin de zaken van geestelijke en maatschappelijke aard besproken werden. De algemene vergadering van bestuur bleef het hoogste wetgevende gezag in de Broederschap.

Het dagelijkse bestuur van de Broederschap wordt gevormd door de Commissie tot de zaken, die verantwoording verschuldigd is aan de Algemene Vergadering. De Commissie bestaat uit negen leden, waaronder de hoogleraar, de predikant in algemene dienst en de thesaurier. Deze laatste vormt met de voorzitter en de secretaris het moderamen van de Commissie. Haar taak is het doen uitvoeren van besluiten van de Algemene Vergadering en het afhandelen van de lopende bestuurlijke zaken. Als overlegorgaan tussen de Commissie en de Broederschap fungeert een College van overleg, waarvan de leden van de Commissie tot de zaken 15 à 21 leden, benoemd door de Algemene Vergadering, deel uitmaken. Dit college dient gehoord te worden door de Commissie tot de zaken bij het nemen van belangrijke beslissingen.

De voorloper van de Commissie tot de zaken was het College van Directie, in 1631 ingesteld als Commissie van zeven om voor de bediening der gemeenten te zorgen. In 1633 werd deze Commissie gecontinueerd en kreeg het de status van dagelijks bestuur. De directie moest haar toestemming verlenen aan het beroep van predikanten en trachtte de onderlinge geschillen te beslechten. Lukte dit niet dan kwam de zaak in hoger beroep voor de Algemene Vergadering. Het college werd gevormd door predikanten en opzieners van de subsidirende kerken en twee vertegenwoordigers van de minvermogende kerken. In de praktijk berustte de leiding bij de twee hoofdgemeenten van de Broederschap, Amsterdam en Rotterdam. Zij bepaalden wanneer een bijeenkomst van de directeuren nodig was en zorgden voor de afhandeling van een groot aantal broederschapszaken als leden van commissies, door de Algemene Vergadering en College van directie ingesteld. Tevens waren zij belast met de voorbereiding en organisatie van de Algemene Vergadering, waartoe het opstellen van de beschrijvingsbrieven behoorde. In 1796 kwam er verandering in deze structuur door de instelling van de boven reeds ter sprake gekomen Commissie ter behartiging van de in- en uitwendige zaken van de Broederschap, spoedig daarop Commissie tot de zaken genoemd. Deze Commissie had eerst een voorlopig karakter, maar werd in 1799 als een vast dagelijks bestuur geïnstalleerd en bestaat nog steeds.

Tot de verantwoordelijkheden van het bestuur behoort het toezicht op de algemene geldmiddelen, die onder het beheer vallen van een boekhouder, tegenwoordig thesaurier genoemd. Het algemeen boekhouderschap van de Broederschap waaronder het beheer van effecten, nalatenschappen en het vaststellen van de begroting vielen, werd ingesteld in 1671. Daarvoor was het beheer verdeeld over vier kantoren te Amsterdam, Rotterdam, Utrecht en Den Haag, onder verantwoording van het college van directie. Het boekhouderschap werd in het verleden beurtelings waargenomen door de gemeenten van Amsterdam en Rotterdam, waar ook de administratie berustte. De boekhouder werd benoemd door de Algemene Vergadering en is lid van de Commissie tot de zaken, onder wiens verantwoording hij valt. Jaarlijks brengt hij rapport uit over de financiële toestand van de Broederschap aan de Algemene Vergadering.

Naast de Algemene Vergadering, de Commissie tot de zaken en de boekhouder kan ook de predikant in algemene dienst, een funktie ingesteld in 1944, tot het hoofdbestuur van de Broederschap worden gerekend. Deze wordt benoemd door de Algemene Vergadering en heeft als algemene taak het onderhouden van contacten met gemeenten, andere kerken en de overheid ter bevordering van de belangen van de Broederschap.

Een aantal taken van het bestuur is gedelegeerd aan commissies. In de eerste plaats zijn er de ad-hoc commissies, beperkt in omvang en tijd, die na verslag aan de Algemene Vergadering te hebben uitgebracht weer ontbonden worden. Deze verslagen, eenmaal goedgekeurd, worden opgenomen in de handelingen van de Algemene Vergadering. Dit soort commissies functioneerde vooral vóór 1900. Soms groeiden deze tijdelijke commissies uit tot permanente commissies, zoals de Commissie tot de zaken.

In de 20e eeuw nam het aantal zaken dermate snel toe, dat de instelling van vaste commissies een noodzaak werd. Zij fungeerden zelfstandig en legden verantwoording af aan de Algemene Vergadering en hadden veelal een eigen secretariaat. Een voorbeeld is de Commissie voor de remonstranten in de verstrooiing, in 1918 officieel ingesteld ter behartiging van de belangen van remonstrantse leden die buiten de ressorten der remonstrantse gemeenten wonen. De commissie, die als eerste vermeld wordt in de inventaris, de Commissie tot onderzoek van het pensioenfonds voor hoogleraar en predikanten van de Broederschap, was eigenlijk een in taak en tijd beperkte commissie. Haar secretaris, mr. F. van de Tuuk, lid van de remonstrantse gemeente te Groningen, heeft echter de correspondentie bewaard en het geheel werd gedeponeerd bij het archief van de remonstrantse gemeente te Groningen en pas onlangs bij het Broederschapsarchief gevoegd. De twee andere commissies zijn wel permanent. De Historische commissie is in 1969 opgericht naar aanleiding van de viering van het 350-jarig bestaan van de Broederschap. Er ontstond toen de behoefte aan een inventarisatie van de geschiedschrijving betreffende de Broederschap. Een van haar eerste taken was toezicht te houden op de archieven van de Broederschap en de gemeenten. Dit heeft uiteindelijk geleid tot de overbrenging van het Broederschapsarchief naar het rijksarchief in Utrecht.

De Broederschap heeft voor de belangenbehartiging op speciale maatschappelijke en geestelijke terreinen een aantal aparte instellingen, fondsen en stichtingen in het leven geroepen. De bestuursleden brengen aan de Algemene Vergadering, waardoor zij in de meeste gevallen ook benoemd worden, jaarverslagen uit. De oudste instelling is het Seminarium onder leiding van een college van professor en curatoren, sinds 1873 gevestigd in Leiden. De benoeming van de hoogleraar ligt bij de Algemene Vergadering, evenals de aanwijzing van de curatoren. Jaarlijks wordt verslag uitgebracht aan de Algemene Vergadering. Het kollege van professor en curatoren neemt de toelatings- en proponentsexamens af volgens reglementen, die de goedkeuring van Algemene Vergadering en Commissie tot de zaken behoeven, Alumniaten, studiebeurzen voor minder draagkrachtige studenten, worden toegekend door de Commissie tot de zaken, in de regel voor vier jaar. Ter verbetering van het financieel beheer zijn een aantal aparte fondsen ingesteld, die enige nadere toelichting behoeven *  .

De 'Weduwen- en wezenbeurs' werd opgericht in 1758 ter verbetering van de financiële situatie van weduwen en wezen van remonstrantse predikanten en stond onder beheer van twee commissarissen en een boekhouder, gekozen door de contribuanten. De contributie werd besteed voor eenderde aan kapitaalvorming en voor tweederde aan uitkeringen. De boekhouder bracht jaarlijks verslag uit aan de Algemene Vergadering, dat na goedkeuring met de jaarrekeningen in de handelingen werd opgenomen. In 1955 werd de beurs opgeheven en werd het kapitaal toegevoegd aan de `Stichting Pensioenfonds'. Het `Wezenfonds' werd in 1785 opgericht door een aantal gemeenten tot onderhoud van eenige hunner societeitswezen. In 1823 werd het kapitaal overgedragen aan het `Subsidiefonds'. Dit laatste fonds was in 1801 opgericht onder de naam `Fonds tot verbetering van de traktementen van hoogleraar en predikanten'. Dit fonds kwam onder toezicht te staan van de Commissie van Vijf kerken, in 1800 door de Algemene Vergadering benoemd tot het onderzoek naar verbetering van de traktementen. De leden van het fonds konden zich inschrijven voor een jaarlijkse vrijwillige contributie en het kapitaal dat zo ontstond werd beheerd door een administrateur. In 1818 veranderde de naam in `Subsidiefonds' en nu werden ook de minvermogende gemeenten uit het fonds betaald. In 1828 werd door de Algemene Vergadering een speciale commissie benoemd om de positie van het fonds te onderzoeken, welke commissie een permanent karakter kreeg. In 1879 werd het Subsidiefonds verenigd met de `Broederschapskas', maar er volgde geen formele opheffing.

De `Stichting Noodfonds voor predikanten' had eveneens tot doel de verbetering van de financiële positie van predikanten. Deze stichting kwam voort uit het `Convent van Predikanten', eerst als commissie en sinds 1935 als stichting, en stond onder verantwoording van dit Convent. Het Convent van Predikanten is in 1927 officieel opgenomen in de Broederschap als vereniging van remonstrantse predikanten. De bedoeling is om de band tussen de predikanten onderling te versterken en om een gelegenheid te bieden tot overleg in geestelijke en bestuurlijke zaken die de Broederschap aangaan.