De Gereformeerde Kerk te Utrecht had in 1894 de beschikking over drie kerkgebouwen: de Begijnekerk van de voormalige Kerk A en de Ooster- en de Westerkerk van de voormalige Kerk B.

De Begijnekerk bevond zich op het adres Breedstraat wijk H nr. 300, later vernummerd tot 40. Het pand werd op 1 juni 1849 aangekocht door de koopman W. Horst jr. *  , die het bestemde als kerkgebouw voor de Christelijke Afgescheiden Gemeente, waarvan hij diaken was (groep Scholte). In 1853 werd besloten tot herbouw over te gaan; de gemeentevergadering benoemde daarvoor op 21 februari 1853 een commissie *  . Op 24 april 1854 droeg de heer Horst de overblijfselen van het inmiddels gesloopte gebouw, met enkele daarachter gelegen huizen, in eigendom over aan de Christelijke Afgescheiden Gemeente *  . In feite dateerde de Begijnekerk dus van 1854. Het benodigde kapitaal voor herbouw en aankoop verkreeg de gemeente door een hypothecaire lening van fl 11.000,= van mevrouw J.J. van IJsseldijk-Zeelt te Baambrugge *  .

De kerk werd in 1908 nog voorzien van een aanbouw *  , maar op den duur voldeed het gebouw niet meer aan de behoeften. In 1937 werd de Begijnekerk vervangen door de Tuindorpkerk aan de Prof.Suringarlaan. Op 29 maart (Tweede Paasdag) 1937 vond in de oude kerk de laatste dienst plaats. Het pand werd verkocht aan de Drukkerij J. van Boekhoven, gevestigd op het adres Begijnehof 7, die het aanvankelijk gebruikte als opslagplaats. Op 11 augustus 1939 werd de firma Van Boekhoven vergunning verleend tot uitbreiding van het perceel Begijnehof 7 op de plaats van de te slopen panden Breedstraat 40-44 *  . Het "deftig geveltje" van de Begijnekerk, dat volgens ds. H. Kaajan het aanzien van de Breedstraat verhoogde *  , moest wijken voor een fabrieksgebouw. In 1975/76 werd het "Boekhovencomplex" aan Breedstraat en Begijnehof verbouwd tot 71 woningen.

De Oosterkerk, op de hoek van de Maliebaan en de Burgemeester Reigerstraat, behoorde oorspronkelijk tot de Nederduitsch Gereformeerde Kerk. Op 23 juni 1887 kreeg de heer H. van Dijk, timmerman/aannemer te Utrecht en ouderling van de kerk, vergunning van B. en W. tot het bouwen van een "locaal bestemd voor het houden van godsdienstoefeningen" *  . Het terrein waarop de kerk moest verrijzen, werd op 20 juli 1887 door de heer Van Dijk namens de "Financieele Commissie" van de Nederduitsch Gereformeerde Kerk aangekocht; enkele maanden later werd het overgedragen aan de inmiddels opgerichte Vereeniging "De Kerkelijke Kas" *  . Het gebouw, dat de naam Oosterkerk kreeg, werd reeds op 29 december 1887 in gebruik genomen. In 1894 ging de eigendom over op de Gereformeerde Kerk. De Oosterkerk nam bij de Gereformeerden een belangrijke plaats in. Lange tijd was het de drukst bezochte kerk van de gemeente. Bovendien werden in de Oosterkerk verschillende synodes en andere landelijke bijeenkomsten gehouden. Een belangrijke gebeurtenis was ook de radio-kerkdienst die op 10 januari 1926 als een van de eerste in Nederland vanuit deze kerk uitgezonden werd. Uiteindelijk werd de Oosterkerk echter door de ontvolking van de binnenstad en de toenemende ontkerkelijking te groot. Op 28 december 1980 werd er de laatste dienst gehouden. In januari 1984 werd begonnen met de sloop. Op de plaats van de Oosterkerk verrezen een bankgebouw en 24 één- en tweekamerwoningen.

De Westerkerk, Catharijnekade 9, was de tweede kerk van de Nederduitsch Gereformeerden. In 1889 en 1890 kwam de Vereeniging "De Kerkelijke Kas" in het bezit van verschillende huizen aan Catharijnekade en Bergstraat. Deze huizen werden gesloopt om plaats te maken voor de door H. van Dijk ontworpen Westerkerk. De vergunning voor de bouw van de kerk werd verleend op 13 juni 1890; op 20 juni d.a.v. werd tevens de bouw van een "kerkekamer, doopkamer en kosterswoning" toegestaan *  . De Westerkerk werd op 26 februari 1891 in gebruik genomen. In 1894 werd de kerk eigendom van de Gereformeerde Kerk; deze verkocht het gebouw uiteindelijk op 8 april 1966 aan de Gereformeerde Gemeente te Utrecht.

Het eerste kerkgebouw dat na 1894 werd opgericht, was de Noorderkerk, Royaards van den Hamkade 20. Op 7 augustus 1922 werd door de Gereformeerde Kerk een bouwterrein aan de Royaards van den Hamkade, de Opzoomerstraat en de Thorbeckelaan aangekocht van de gemeente Utrecht *  . Dit terrein was bestemd voor een kerk met kosterswoning, ontworpen door architect D.J. Heusinkveld te Utrecht. De bouwvergunning van B. en W. dateert van 7 juli 1922 *  . De Noorderkerk werd op 5 juli 1923 in gebruik genomen. Na 55 jaar moest ook dit gebouw worden afgestoten. Sinds 25 augustus 1978 is de Noorderkerk eigendom van de Pinkstergemeente "Samuël" te Utrecht.

Het sprak bijna vanzelf, dat er na de Ooster-, de Wester- en de Noorderkerk ook een Zuiderkerk kwam. Reeds in 1909 werd voorgesteld in het zuiden van de stad een kerk te bouwen, omdat de daar woonachtige leden een te lange afstand moesten afleggen om een van de kerken te bezoeken *  . De bouwplannen konden echter om financiële redenen niet worden uitgevoerd. Pas in 1925 kreeg de gemeente een Zuiderkerk. Op 2 december 1924 werd door B. en W. vergunning verleend een kerkgebouw aan de Krommerijn op te richten en daarvoor een aantal panden aan Krommerijn en Baarssteeg te slopen *  ; deze te slopen panden waren reeds door de kerk aangekocht *  . In 1921 was alvast een "hulpkerk" aan de Gansstraat ingericht, die men tot september 1924 gebruikte. Ontwerper van de Zuiderkerk was de architect A. Kool te Utrecht. Op 3 juli 1925 vond de ingebruikneming plaats. Als laatste van de vier windrichtingenkerken moet binnenkort ook de Zuiderkerk i.v.m. de te hoge onkosten en het teruglopende ledental verdwijnen. Het gebouw wordt gesloopt; op dezelfde plaats worden tien driekamerwoningen gebouwd én een kerkzaal voor Gereformeerden, waarvan de Hervormden het medegebruik krijgen.

De Tuindorpkerk, gelegen op de hoek van de Prof. Suringarlaan en de H.F. van Riellaan in de wijk Tuindorp, werd gebouwd ter vervanging van de Begijnekerk. Het bouwterrein, toen nog behorend tot de gemeente Maartensdijk, werd aangekocht op 20 maart 1935 *  . B. en W. van Maartensdijk verleenden op 8 september 1936 vergunning voor de bouw van "een kerkgebouw met toren, vergaderlokalen en kosterswoning" *  . Het door architect A. van der Kraan te Rotterdam ontworpen gebouw werd op 1 juli 1937 in gebruik genomen. Het orgel in de Tuindorpkerk bestond voor een deel uit het Begijnekerkorgel. In 1985 kreeg de Tuindorpkerk het kostbare orgel uit de gesloopte Oosterkerk; dit orgel, dat reeds enkele eeuwen oud is, was in 1891 vanuit de katholieke Munsterkerk te Roermond naar de Oosterkerk overgebracht *  . De Tuindorpkerk is nog steeds als Gereformeerde kerk in gebruik.

In 1951 kreeg de Gereformeerde Kerk in het zuiden van de stad een tweede kerkgebouw, de Maranathakerk. Het was een houten noodgebouw op het adres Vaartserijnstraat 53, oorspronkelijk behorend tot de gemeente Jutphaas. Op 17 mei 1950 kreeg de kerkeraad van B. en W. van Jutphaas vergunning om - voorlopig van 1 juli 1950 tot 1 juli 1955 - aan de Vaartserijnstraat een houten noodkerk op te richten en te gebruiken *  . Het ontwerp was van Architectenbureau Rotshuizen en Dekker te Arnhem. De Maranathakerk, die op 3 juni 1951 werd geopend, bleef veel langer in gebruik dan oorspronkelijk de bedoeling was. Pas met ingang van 1 juni 1969 werd het gebouw door de Gereformeerde Kerk gesloten.

Door de samensmelting met de kerk van Zuilen kwam de Gereformeerde Kerk van Utrecht in 1950 in het bezit van het Zuilense kerkgebouw aan de Daalseweg. Omdat dit kerkje in slechte staat verkeerde en te klein was, werd al snel besloten tot nieuwbouw over te gaan. Op 17 november 1953 verleenden B. en W. van Zuilen vergunning voor het oprichten van een kerkgebouw met kosterswoning; de goedkeuring van Gedeputeerde Staten volgde op 22 december 1953 en op 12 april 1954 werd ook de rijksgoedkeuring verleend *  . Het kerkgebouw werd ontworpen door architect B.W. Plooij te Amersfoort. Op 25 maart 1955 werd de Bethelkerk, Burg. Norbruislaan 1, in gebruik genomen. De kerk behoort nog steeds tot de Gereformeerde Kerk van Utrecht.

Reeds op 31 juli 1944 kocht de kerkeraad een perceel grond aan de Lessinglaan en het Herdersplantsoen in de wijk Oog in Al *  . Door het steeds groter wordend aantal kerkgangers in Utrecht-West was kerkbouw in deze wijk gewenst. De bouwplannen werden echter pas tien jaar later gerealiseerd. Na een grondruil met de gemeente Utrecht in 1954 *  kon met de bouw van de door het Architectenbureau Ir. P.H. Dingemans, Sj. Wouda jr., B.V. van den Bergh te Utrecht ontworpen kerk worden begonnen. De vormgeving was nogal ongebruikelijk en de meningen daarover waren verdeeld. Er werd wel gesproken van "het circus Kremer" (ds. J. Kremer was er predikant). De officiële naam van de kerk was echter Pniëlkerk. Op 29 september 1955 kwam het gebouw, Lessinglaan 33, gereed. De kerk is nog steeds in gebruik bij de Gereformeerde Kerk van Utrecht-West.