Het archief van de NGZV moet op een bepaald moment zijn toegevoegd aan "het zendingsarchief". Wanneer dat is gebeurd, kon niet worden achterhaald. In het "register" uit 1900 *  worden geen NGZV-stukken vermeld. Mogelijk is een gedeelte ontvangen van een dochter van ds. F. Lion Cachet *  en is het archief later nog aangevuld door NGZV- secretarissen *  . Echter de correspondentie van na 1896 ontbreekt nagenoeg, terwijl de notulen van na 1896 geheel ontbreken, hoewel het zendingsblad het bestaan ervan nadien bevestigt *  .

De archieven van de Zendingscommissie der Christelijke Gereformeerde Kerk en van Generale Deputaten voor de Zending onder Heidenen en Mohammedanen werden tot 1896 bewaard op de Theologische School in Kampen. Daar zendingsdirector ds. J.H. Donner echter was belast met de correspondentie met zendelingen, zal ook hij archief hebben gevormd en beheerd. Hij krijgt in 1896 de opdracht het "zendingsarchief te registreeren" *  . Daartoe wordt het archief naar Leiden overgebracht. Het geregistreerde archief wordt na het afscheid van Donner op last van de Generale Synode van Groningen (1899) teruggehaald naar Kampen, "om daarvan een nuttig gebruik te kunnen maken" *  .

De Synode van Arnhem (1902) draagt aan deputaten "de zorg op voor het toezicht en beheer van de zendingsbibliotheken, de zendingsarchieven en het zendingsmuseum". Op de valreep wijst de Synode, evenals voor de synodale archieven der Christelijke Gereformeerde Kerk, de Gereformeerde Kerk van Amsterdam aan als archiefbewarende kerk *  . In 1905 rapporteren deputaten dat overbrenging naar het lokaal Kerkstraat 109 heeft plaatsgevonden. In dit lokaal brak in 1911 brand uit, waarom in 1913 de synodale archieven naar een kluis in het souterrain van de Keizersgrachtkerk werden overgebracht. Vanwege vochtigheidsproblemen besloot men in 1927 deze archieven in de kluis van de Nassaukerk te bergen. In hoeverre de zendingsarchieven meeverhuisden, valt moeilijk te achterhalen. Deputaten rapporteren in 1930, dat haar archiefstukken "ten deele zijn opgenomen in het Algemeen Kerkelijk Archief". Een klein deel bevindt zich dan echter nog in "een der kasten van de kerkekamer Kerkestraat 109". Verder berustte "een aanmerkelijk deel" bij de scriba, ds. W. Breukelaar (1865-1940). Deputaten stellen in dit rapport voor dat alles wat tot het archief van de zending kan worden gerekend, bijeengebracht wordt en behoorlijk geregistreerd.

Mede hierom werd in 1930 in Den Haag het Zendingsbureau geopend *  . Directeur en archivaris werd dr. Th. Ruys (1890-1853), die eerst van ds. Breukelaar archief ontving en dit catalogiseerde. De familie Wilhelm uit Utrecht schonk het Zendingscentrum voorts een belangrijke collectie dagboeken en brieven van zendeling J. Wilhelm *  . Als in 1936 ook de synodale archieven naar Den Haag verhuizen, worden de daarin aanwezige zendingsbescheiden teruggebracht naar het zendingsarchief, waarvan in 1939 wordt gemeld dat het geheel is geïnventariseerd *  .

In 1946 wordt aan de Wilhelminalaan 3 in Baarn een nieuw Zendingscentrum geopend, waar het archief wordt geborgen in de brandvrije kluis. Directeur ds. B. Richters (1910-1967) wordt nu archivaris. Hij vraagt advies van de landelijke archivaris van de Gereformeerde kerken ds. H. Hoekstra (1902-1968), maar deze mist de tijd voor bewerking. Ds. M. Schenkeveld (1908-1988) voorziet de archieven van plaatsingslijsten. Deze waren echter van weinig nut bij de inventarisatie. De mededelingen in de deputatenrapporten hebben sindsdien vooral betrekking op na 1946 ontstaan archief, en vallen dus buiten het kader van deze inventarisatie. In 1975 verhuisde het Zendingscentrum naar het Dienstencentrum in Leusden, waar de archieven werden geplaatst in de centrale archiefruimte. Na de inventarisatie werden de archieven overgebracht naar het Rijksarchief in Utrecht. De archieven hebben een omvang van in totaal ca. 9 meter.