Wanneer in 1892 de Christelijke Gereformeerde Kerk en de Nederduitsche Gereformeerde Kerken zich verenigen tot Gereformeerde Kerken in Nederland, komt de leiding van de zending voorlopig in handen van 17 deputaten. Er ontstaat veel discussie over de vraag of de zending centraal of decentraal door de kerken moet worden georganiseerd. De Synode van Middelburg (1896) stelt vast dat de zending een taak van de plaatselijke kerk is: alleen deze kan het Woord en de sacramenten bedienen en dus gemeenten stichten.
Een overgangsregeling wordt aangenomen, volgens welke een groot aantal deputaatschappen benoemd wordt voor specifieke takken van zendingsarbeid *  . Volgens de door een van deze deputaatschappen ontworpen zendingsorde ontstaat een systeem van samenwerkende kerken en provincies, waarbij de zogenaamde zendende kerken het uitvoerend werk verrichten (zie Bijlage IV). Inhoudelijk wordt de zending onderscheiden in de Hoofddienst (evangelieprediking) en twee hulpdiensten: de Schooldienst (christelijk onderwijs) en de Medische dienst (ziekenhuizen). Derhalve worden predikanten, onderwijzers en artsen/verpleegsters uitgezonden, terwijl op eigen kweekscholen autochtonen voor deze diensten worden opgeleid.

De zendende kerken zenden zelf zendingsmedewerkers uit en betalen hun eigen zendingswerk. Zij zijn zelfstandige archiefvormers. Generale deputaten behouden bevoegdheden ten aanzien van zendende kerken: a. verdeling van het zendingsgebied, b. beoordeling van uit te zenden zendingsarbeiders (instructie, leeftijd, salaris etc.), c. coördinatie ingeval van gezamenlijke uitzending door meerdere kerken, bemiddeling bij geschillen. Voorts behartigen Generale deputaten zaken van algemeen belang, zoals de leiding van de opleiding voor de drie diensten. Dit geldt zowel de opleiding van Nederlandse zendingsarbeiders als van Javaanse helpers. Voor Javaanse helpers worden scholen opgericht. Zo verrijst nog onder de NGZV te Poerworedjo de Keucheniusschool voor inlandse helpers (1888-1935), die na 1894 onder verantwoordelijkheid van Generale Deputaten wordt voortgezet. In 1911 ontstaat uit de tweede afdeling van deze school de Opleidingsschool voor helpers bij de dienst des Woords. Een dergelijke opleiding wordt te Karoeni op Soemba begonnen. In Solo start in 1919 een Christelijke Hollandse Inlandse Kweekschool (nederlandse opleiding van javaanse onderwijzers, gesloten in 1935). De opleiding in Nederland ontstaat pas na de benoeming in 1936 van prof. dr. J.H. Bavinck tot zendingshoogleraar in Kampen en aan de Vrije Universiteit. Ook beheren deputaten de generale zendingskas en ondersteunen zij zelfstandige Gereformeerde kerken in Indië en het zendingswerk van deze kerken *  .

Verder hebben deputaten een belangrijke publiciteitstaak, zoals de redactie van zendingsbladen en de oprichting in 1930 van het zendingsbureau te 's-Gravenhage, dat vooral administratie- en informatiecentrum van de zending wordt. In 1946 wordt in Baarn het Zendingscentrum geopend, dat tevens als seminarie gaat functioneren. Deze ingrijpende gebeurtenis, waaraan de ontwrichtende tweede wereldoorlog vooraf ging, is de inzet van de wederopbouw van het naoorlogse zendingswerk volgens nieuw doordachte methoden en werkwijzen. De cesuur voor het te inventariseren archief is daarom gelegd bij 1946.