Het archief van de Confessionele Vereniging bevond zich gedurende lange tijd in de kapittelkamer van de Janskerk te Utrecht. In de jaren '30 werd het overgebracht naar het gebouw van het Rijnlandse Borgstellingfonds te Leiden. Na de oorlog verhuisde het archief van het ene secretariaat naar het andere. Kort na het overlijden van de toenmalige secretaris ds. C.W. Corts in 1982 werd het archief overgebracht naar het depot van de archiefdienst van de hervormde kerk, gevestigd in Den Haag. Na opheffing daarvan werd het archief tijdelijk ondergebracht in het Algemeen Rijksarchief in Den Haag. In 1985 werd besloten het archief over te brengen naar het Rijksarchief in Utrecht.

Het archief bleek verre van compleet. Zo ontbreken over een grote periode de notulen van de algemene ledenvergaderingen, de jaarrekeningen en de jaarverslagen. Ook is een duidelijk ordeningssysteem in het archief niet aangetroffen. Wel zijn de ingekomen en uitgegane stukken, opgevat in de meest ruime zin, door de achtereenvolgende secretarissen zoveel mogelijk chronologisch geborgen. Bij de inventarisatie werden de daarin aangetroffen stukken die in series konden worden ondergebracht, zoals jaarverslagen, notulen, rekeningen van afdelingen en provinciale commissies, daaruit gelicht en apart beschreven. De correspondentie van de algemeen thesaurier, welke voor een aantal jaren apart was geborgen, hebben wij waar nodig aangevuld tot een zoveel mogelijk doorlopende serie. Bovendien hebben wij de correspondentie van L.P. de Wilde, vanaf 1953 algemeen thesaurier, tegelijkertijd evenwel secretaris-penningmeester van de provinciale commissie voor Zuid-Holland, naar functie uitgesplitst. De correspondentie van de verschillende commissies van het hoofdbestuur hebben wij apart beschreven.

Bij de indeling van het archief zijn wij zoveel mogelijk uitgegaan van de organisatie van de vereniging en de terreinen waarop zij werkzaam is. Het bovenstaande geldt evenzeer voor het archief van de provinciale commissie voor Zuid-Holland dat als gedeponeerd archief achter het archief van het hoofdbestuur is geplaatst. De reden waarom dit archief bij het archief van het hoofdbestuur werd aangetroffen moet waarschijnlijk gezocht worden in de verstrengeling van de functies van L.P. de Wilde als algemeen thesaurier van het hoofdbestuur en secretaris-penningmeester van de provinciale commissie voor Zuid-Holland vanaf 1953. De enkele archivalia van de afdeling Utrecht zijn als gedeponeerd archief geheel achteraan geplaatst. De documentatie betreft zowel het archief van het hoofdbestuur als dat van de provinciale commissie voor Zuid-Holland. Deze archieven zijn openbaar met uitzondering van de stukken jonger dan 50 jaar, die uitsluitend na schriftelijke machtiging door de bewaargever te raadplegen zijn.