Op vrijdag 17 juni 1892 had in de Keizersgrachtkerk te Amsterdam de eerste synodezitting van de verenigde kerken plaats. Die datum kan beschouwd worden als de geboortedag van de Gereformeerde Kerken in Nederland. De vereniging kwam tot stand "op den grondslag van de gemeenschappelijke belijdenis der Drie Formulieren van Eenigheid en van de Gereformeerden Kerkenordening (laatstelijk in 1619 bevestigd)". Deze kerkorde bleef in de Gereformeerde Kerken tot in de jaren vijftig van de twintigste eeuw van kracht. Gedurende de eerste jaren na de vereniging stonden de erfgenamen van Afscheiding en Doleantie nogal onwennig naast elkaar.

Over verschillende zaken, zoals "de rechtvaardigmaking van eeuwigheid of in de tijd, de middellijke of de onmiddellijke wedergeboorte en de onderstelde wedergeboorte" heerste verschil van mening. Hoewel door de vereniging de plaatselijke kerken van beide voormalige kerkformaties in een zelfde verband waren opgenomen, betekende dit beslist niet dat ook op plaatselijk niveau de samensmelting onmiddellijk een feit was. Deze samensmelting was in veel plaatsen een proces dat eerst langzaam op gang kwam. De laatste samensmelting vond pas in de jaren dertig van de twintigste eeuw plaats. Samengevat betekende het, dat bij de Vereniging van 1892 er op 113 plaatsen zg. A- en B- kerken naast elkaar kwamen, terwijl er op 470 plaatsen alleen afgescheiden of dolerende kerken waren.

Op vijf plaatsen had men zelfs A-, B- en C-kerken, omdat daar de afgescheidenen zelf nog A- en B-kerken hadden, een doorwerking van de vereniging van 1869: Dordrecht, Haarlem, Leiden, Middelburg en Zierikzee. * 

Van synodale zijde werden pogingen ondernomen om eenheid te krijgen in de opleiding van predikanten. De synode van Arnhem (1902) nam een voorstel van dr. H. Bavinck aan om de Theologische School te Kampen met de Theologische Faculteit van de Vrije Universiteit te Amsterdam te verenigen. Het is bij dit voorstel gebleven, want de synode deinsde er uiteindelijk voor terug de vereniging tot stand te brengen, daar men bang was dat deze de onrust onder de beide groeperingen nog meer zou aanwakkeren. Ook tijdens de synoden van Amsterdam (1908) en Zwolle (1911) kwam deze kwestie nog uitvoerig aan de orde. Tot een eenheid is het nooit gekomen, want tot op de huidige dag zijn beide opleidingen naast elkaar blijven bestaan.

Aan de strijd over de bovengenoemde leergeschillen kwam in 1905 een einde. Tijdens de synode die dat jaar in Utrecht werd gehouden, kwamen de beide partijen tot elkaar. Dat het geen totale vrede doch slechts een wapenstilstand was zou op de duur blijken, want op de achtergrond bleven de meningsverschillen bestaan. In de jaren 1917 tot 1920 werden de Gereformeerde Kerken in Nederland geconfronteerd met de zaak Netelenbos. De Middelburgse predikant J.B. Netelenbos werd door zijn kerkeraad en door de classis geschorst en afgezet omdat zijn prediking niet gereformeerd genoeg bevonden werd. Bovendien waagde hij het in een hervormde kerkdienst voor te gaan, in die jaren een nogal ongebruikelijke oecumenische activiteit.

De synode van Leeuwarden (1920) bevestigde zowel de schorsing als de afzetting. Bovendien schiep deze synode geen ruimte voor de door sommigen gewenste vernieuwing op onder andere het gebied van bijbelvertaling, liturgie en belijdenis ('de beweging der jongeren'). De zaak Netelenbos bracht in de gereformeerde gelederen geen direkte scheuring teweeg. Dat was echter wel het geval met de kwestie waar de buitengewone synode van Assen (1926) mee te maken kreeg. Deze synode was geheel gewijd aan de klachten die waren ingebracht tegen de prediking van de Amsterdamse predikant dr. J.G. Geelkerken, de man die leerde dat het schriftverhaal van Genesis 3 ('het spreken van de slang') niet in letterlijke zin opgevat diende te worden. Geelkerken werd door de synode geschorst en afgezet, en met hem nog enige predikanten, onder wie ds. H.C. van den Brink te Zandvoort en ds. J.J. Buskes te Oosterend (Texel). Samen met hun aanhang vormden zij een nieuw kerkgenootschap: de Gereformeerde Kerken in Nederland in Hersteld Verband. * 

Het "hersteld verband" is maar een kleine kerkelijke groepering gebleven (ca. 7000 leden). Na een afzonderlijk bestaan van twintig jaar verenigde deze zich in 1946 met de Nederlandse Hervormde Kerk. Jarenlang bleef de leeruitspraak van de synode van Assen van kracht. Eerst de synode van Amsterdam (1967) besloot dat de destijds gedane uitspraak in de Gereformeerde Kerken niet langer zou gelden. Gedurende de jaren dertig, toen het rumoer rond "Assen" grotendeels verstomd was, werd de synode bepaald bij een politiek probleem. In die tijd, toen het overgrote deel van de gereformeerde kerkleden trouw zwoer aan de Anti-Revolutionaire Partij onder Colijn, bleken er verschillende gereformeerden te zijn die zich aangetrokken voelden tot andere politieke groeperingen, met name tot de Nationaal-Socialistische Beweging (N.S.B.) en de anti-militaristische Christelijk Democratische Unie (C.D.U.). In gereformeerde kring was men over het algemeen nogal huiverig voor deze partijen. Vandaar dat tijdens de synode van Middelburg (1933), de vraag aan de orde kwam of gereformeerden die lid van een van deze partijen waren, tot het avondmaal konden worden toegelaten.

De synode sprak uit "dat in ieder geval op zichzelf moet geoordeeld worden of iemand door belijdenis of wandel zich des Heren tafel onwaardig maakt". Drie jaar later kwam de synode van Amsterdam op deze uitspraak terug. Zij was van oordeel dat aan de leden van de Gereformeerde Kerken die lid waren van deze organisaties, de toegang tot het avondmaal diende te worden ontzegd.

Tijdens de bezettingsjaren waren er naar verhouding veel gereformeerden aktief in het verzet tegen de nationaal-socialistische overweldiger. Velen doken onder, brachten enige jaren door in een concentratiekamp of lieten hun leven voor de vrijheid van het land. Over het verzet van de Gereformeerde Kerken, haar leden en voorgangers tegen het nationaal-socialisme en de Duitse tyrannie verscheen enige jaren na de oorlog in opdracht van de synode het boek "Opdat wij niet vergeten". *  Maar in die moeilijke jaren werd ook één van de zwartste bladzijden in het geschiedenisboek van de Gereformeerde Kerken geschreven, n.l. de strijd rond de synodale leeruitspraken omtrent doop en verbond. De Kampense hoogleraar dr. K. Schilder bestreed de Kuyperiaanse interpretatie van dit geloofsvraag
stuk. Met name keerde hij zich tegen de uitspraak van de synode van Utrecht (1905), dat "volgens de belijdenis onzer kerken het zaad des verbonds, krachtens de belofte Gods, te houden is voor wedergeboren en in Christus geheiligd, totdat bij het opwassen uit hun wandel of leer het tegendeel blijkt" (de pacificatieformule). Schilder en zijn medestanders waren van oordeel dat de belofte van het verbond, die door de doop betekend en verzegeld wordt, aan alle te dopen kinderen gelijkelijk toekomt.

De synode handhaafde echter de uitspraak van 1905 en sprak uit dat in de kerken niets mocht worden geleerd, wat met de leeruitspraken niet ten volle in overeenstemming was. Schilder hield voet bij stuk en werd vervolgens geschorst en afgezet als predikant (hij was emeritus-predikant van de kerk van Delfshaven). Hij erkende deze afzetting niet en beriep zich op artikel 31 van de kerkorde. * 

Op 11 augustus 1944 riep hij tijdens een bijeenkomst in Den Haag het gereformeerde volk op zich vrij te maken van de "valse leer" van de synode. Tienduizenden gaven aan de oproep gehoor. Zij vormden een nieuw kerkgenootschap onder de naam Gereformeerde Kerken in Nederland (onderh. art. 31 K.O.), later genoemd Gereformeerde Kerken in Nederland (vrijgemaakt). Na de oorlog werd door verschillende synoden getracht de eenheid in de gereformeerde gelederen te herstellen. De synode van Utrecht (1946) besloot de gewraakte leeruitspraak door een nieuwe verklaring te vervangen (de zg. vervangingsformule, die overigens in 1960 terzijde werd gesteld). In plaats van nader tot elkaar te komen groeiden de beide groepen steeds verder uiteen. De vrijgemaakten bleven zich in het traditioneel gereformeerde spoor bewegen. De weg, die de "synodale" Gereformeerde Kerken gingen, werd op de duur één van grote veranderingen en vernieuwingen. Op de duur, want in de eerste na-oorlogse jaren trachtte men nog het oude spoor te volgen. De synoden, die in de jaren vijftig bijeenkwamen, besteedden veel tijd en aandacht aan de herziening van de kerkorde.

Op 1 januari 1959 trad de herziene kerkorde in werking. In de jaren zestig hielden de synoden zich bezig met zaken als "de vrouw in het ambt", de vernieuwing van de liturgische formulieren, de nieuwe psalmberijming en de uitbreiding van de gezangenbundel. De synode van Sneek, die in de jaren 1969 en 1970 werd gehouden, kan beschouwd worden als het startpunt van een nieuwe koers die de Gereformeerde Kerken zijn ingeslagen. Deze synode besloot het lidmaatschap van de Wereldraad van Kerken aan te vragen, een zaak waarover al jarenlang was gediscussieerd. Vervolgens sprak de synode uitvoerig over het belijden van de kerk naar aanleiding van opvattingen van bepaalde theologen. De mening van de synode met betrekking tot het oorlogsvraagstuk veranderde: een meerderheid voelde voor een getuigenis tegen het gebruik van kernwapens. En tenslotte hield deze synode zich voor de eerste maal bezig met de houding van de kerk ten opzichte van de homofilie. Een aantal van deze zaken kwam tijdens volgende synoden nog regelmatig aan de orde. Daarnaast deed men in de jaren zeventig uitspraken over discriminatie, alsmede over kindercommunie (kinderen aan het avondmaal).

In 1980 aanvaardde de synode van Delft het rapport "God met ons", over de aard van het schriftgezag, een rapport dat in kerkelijk Nederland als een bom insloeg en heel wat pennen en tongen in beweging bracht. Dat bij het gereformeerde kerkvolk de meningen over deze koersverandering van de synode nogal uiteenliepen valt licht te begrijpen. Grote groepen kerkleden konden volledig met de synodale uitspraken en rapporten instemmen. Andere groepen, zoals de "verontrusten" rond het tijdschrift "Waarheid en Eenheid" en de aanhangers van de Confessioneel Gereformeerd Beraad hadden nogal moeite met de koers die de synode was ingeslagen.