Met de Afscheiding van 1834 verliet een klein gedeelte van de orthodoxen de Nederlandse Hervormde Kerk. Het merendeel bleef evenwel in de kerk. In de jaren zeventig en tachtig van de 19e eeuw traden zij meer naar voren, onder andere door oprichting van verschillende organisaties zoals de Anti-Revolutionaire Partij en de Unie "Een School met den Bijbel", beide opgericht in 1879- In 1880 werd opgericht de Vrije Universiteit als centrum voor de beoefening van wetenschap op gereformeerde grondslag. Achter deze initiatieven stond dr. Abraham Kuyper (1837-1920). Hij was het ook die de leiding op zich nam op kerkelijk gebied. Zijn activiteiten leidden tot de "tweede uittocht" van orthodoxen uit de Nederlandse Hervormde Kerk, de Doleantie van 1886. In de 19e eeuw kwam namelijk duidelijk een verzwakking van de belijdenis tot uiting in het steeds neer uithollen van de proponentsformule, waarmee de aanstaande predikanten zich aan de kerk moesten verbinden.

Sinds 1882 hebben de proponenten slechts te beloven, dat zij "de belangen van het Godsrijk, en, in overeenstemming hiermede, die van de Nederlandsche Hervormde Kerk, met opvolging harer verordeningen, naar vermogen zullen behartigen". In deze proponentsformule van 1882 ontbrak elke verwijzing naar Schrift en Belijdenis. De band tussen ambt en belijdenis was losgemaakt. De predikanten waren praktisch vrij om te leren en te verkondigen wat zij wilden, ook al was het nog zo ver van de bijbelse gedachten verwijderd. Op de invoering van de nieuwe bewoordingen volgden dan ook vanuit de kerken sterke reacties.

Op een conferentie van kerkeraden, gehouden te Amsterdam op 11 april 1883 werd aan de kerkeraden geadviseerd, om niemand tot de heilige Dienst des Woords toe te laten, "dan die zich bereid hebbe verklaard, om bij de aanvaarding zijner bediening ten overstaan van den Kerkeraad hunne onvoorwaardelijke onderwerping aan het gezag van Gods onfeilbaar woord te betuigen, en daartoe de Drie formulieren van Eenigheid, met betuiging van hartelijke instemming, te ondertekenen.". Op deze zelfde conferentie werd daarnaast ook uitgesproken, "dat het huidige kerkverband mocht en moest worden verbroken, als de kerken hierdoor zouden belet worden, overeenkomstig haar belijdenis Jezus Christus als koning in zijn kerk te eren". Deze gedachte van een eventueel noodzakelijk gebleken breken met het hervormd kerkgenootschap is uitvoerig ontwikkeld door A. Kuyper in één van zijn geschriften. * 

Behalve aan de proponentsformule was er nog wel meer, waaraan de rechtzinnigen aanstoot namen. Door de hervormde synode var 1879 was bepaald, dat bezwaren tegen de geloofsovertuiging van aannemelingen geen grond mochten vormen voor afwijzing, indien zij maar bereid waren de officiële vragen te beantwoorden. Wat de kerkeraad van Amsterdam aangaat, deze verklaarde, "zich daaraan niet te mogen en dus niet te zullen houden". Nu was er echter de mogelijkheid voor catechisanten, om zich in een andere gemeente dan de eigen te laten aannemen, mits men slechts een door de eigen kerkeraad afgegeven attest van goed zedelijk gedrag kon tonen. Jongelui van moderne richting konden, wanneer het hun door de eigen kerkeraad te moeilijk gemaakt werd, van deze uitwijkmogelijkheid gebruik maken. Op dit punt nu, nl. de attestenkwestie, is ten slotte te Amsterdam het konflikt uitgebroken. Toen de kerkeraad weigerde aan bepaalde jongelui de gevraagde attesten af te geven, werd hem 21 oktober 1885 door het Provinciaal Kerkbestuur gelast, deze binnen zes weken uit te reiken. Een beroep van de kerkeraad op de Algemene Synodale Commissie, om de beslissing van het Provinciaal Kerkbestuur ongeldig te verklaren, "op grond, dat genoemde beslissing nietig is als in strijd met Gods Woord", gaf geen resultaat.

De kerkeraad, voorziende, dat het konflikt zich ging toespitsen, beraadde zich over de te nemen voorzorgsmaatregelen. "Hij nam in de instructie van de commissie van beheer de bepaling op, in geval de kerkeraad zich zijn recht om als wettig bestuur der gemeente op te treden betwist zag, de oorspronkelijke kerkeraad die de gemeente bij Gods woord zocht te houden, bij de voortduur als de enig wettige te erkennen". Op grond van dit besluit greep toen het kerkbestuur in. De tachtig leden van de kerkeraad, die vóór dit besluit gestemd hadden, werden geschorst (4 januari 1886), en op 1 december van datzelfde jaar werd de afzetting in hoogste ressort bevestigd. Na de schorsing van de vijf predikanten en de vijfenzeventig kerkeraadsleden verschaften kerkmeester Rutgers en ouderling Kuyper zich, in gezelschap van enkele medestanders toegang tot de kerkeraadskamer van de Nieuwe Kerk. Het is de bekende paneelzagerij, die de spotlust van tegenstanders van Kuyper opwekte. De gekraakte deur is thans opgenomen in de permanente expositie van "Het Catharijneconvent" te Utrecht.

Op 16 december 1886 brak de afgezette kerkeraad de band met de kerkelijke besturen. Terugkerend tot de oude Dordtse kerkorde, die tot 1816 gegolden had, trad men op onder de naam: Nederduitsche Gereformeerde Kerk, met bijvoeging: Doleerende, d.i. klagend over het aangedane onrecht. Reeds in febr. 1886 hadden de kerkeraden van Kootwijk, Voorthuizen en Reitsum met de Synodale bestuursorganisatie gebroken; de eerste nadat hij wegens het beroepen van een kandidaat van de Vrije Universiteit was geschorst. De grote stroom van kerken volgde eerst na het in januari 1887 te Amsterdam gehouden "Gereformeerd Kerkelijk Congres". Op dit congres werden instructies gegeven hoe men de reformatie van de kerk moest organiseren.

Het congres was geen synode, evenmin als het in de zomer van datzelfde jaar in Rotterdam gehouden synodaal convent. Op dit convent werden de grondslagen aangegeven, waarop de kerken die in doleantie waren gegaan, voortaan moesten samenwerken. De naam "synodaal convent" gaf al aan in welke richting men koerste. De latere vergaderingen van de dolerenden werden "voorlopige synode van Nederduitsche Gereformeerde Kerken" genoemd. In de synodevergaderingen werd zeer veel aandacht besteed aan een komende vereniging met de Christelijke Gereformeerde Kerk. *