In 1918 komt in de stukken voor het eerst de zorg voor het archief ter sprake. In de notulen van de Uniecommissie van dat jaar is als bijlage een instructie voor den archivaris opgenomen *  . De archiefzorg van deze archivaris beperkte zich echter voornamelijk tot de archieven van de Algemene vergadering en de Uniecommissie. De secretarissen van de andere commissies, die in het verband van de Unie gewerkt hebben, beheerden deze archieven vrijwel steeds zelf. Bij overeenkomst van 1 december 1977 werd het archief van de Unie van baptistengemeenten in bewaring gegeven aan het Rijksarchief in Utrecht. Op dat tijdstip werden in dit fonds de volgende archieven aangetroffen: het archief van de Algemene vergadering en de Uniecommissie; de archieven van de aan de Algemene vergadering ondergeschikte commissies; de archieven van de aan de Uniecommissie ondergeschikte commissies; het archief van de Stichting Nederlands baptistencentrum; de archieven van enige opgeheven gemeenten; het archief van de vereniging "Voorzorg" en dat van het Gewest Holland. Met name in de archieven van de verschillende commissies bleken zich nogal wat lacunes te bevinden. Deze werden door contacten met de respectievelijke secretarissen en oud-secretarissen en in nauw overleg met het secretariaat van de Unie, waar mogelijk, opgevuld.

Naderhand werden bij afzonderlijke overeenkomsten van inbewaringgeving de archieven van de Stichting Pensioen- en invaliditeitsfonds van de Unie, de Bouwstichting van de Unie, de Broederschap van baptistenvoorgangers, de Nederlandse baptisten jeugdbeweging, de Nederlandse baptisten vrouwenbeweging "Zusterhulp" en de Nederlandse studenten seminariumgemeenschap "John Smyth" aan dit fonds toegevoegd. Het totale fonds omvat nu 20 meter archiefbescheiden.

De structuur van de archieven van de landelijke organisaties van baptisten weerspiegelt duidelijk de bestuursstructuur en deze is onmiskenbaar een gevolg van het congregationalistische kerktype: een unie van volkomen autonome gemeenten. De Algemene vergadering is het enige gezagslichaam waarin alle gemeenten participeren. Alle andere lichamen functioneren als ondergeschikt en hebben gedelegeerde taken. Soms is die delegatie direct, soms indirect. Het komt erop neer dat de gehele uitvoerende taak commissoriaal wordt verricht. De vele commissies, permanent of ad-hoc, geven op het eerste gezicht een aanblik van ondoorzichtigheid. In de inventaris hebben wij steeds rekening gehouden met de organisatorische plaats van deze commissies. Vanzelfsprekend ook met hun taken, hetgeen echter noodzakelijkerwijs met zich mee brengt, doordat bepaalde werkzaamheden in de loop van de tijd van de ene commissie naar de andere zijn overgegaan, dat de gebruiker sommige zaken onder verschillende commissies zal moeten zoeken.

Een probleem was de ordening van de stukken binnen de archieven van de respectievelijke commissies, stichtingen en verenigingen. Doordat de secretariaten van de commissies veelvuldig wisselden, werden verschillende ordeningssystemen in de administratie aangetroffen. Een kort overzicht van de ordeningssystemen, aangetroffen in het archief van de Algemene vergadering en de Uniecommissie kan hier als voorbeeld dienen. Naast de series notulen en kasboeken begon men in 1881 met een chronologische, overigens agendaloze ordening van de correspondentie. Al spoedig werden uit deze reeks stukken gelicht en in dossiers bijeengevoegd, zodat er vanaf 1890 sprake was van een voornamelijk dossiergewijze ordening van de correspondentie. Deze ordening werd tot 1930 gehandhaafd, maar wel is er een waarschijnlijk niet meer aan te vullen lacune in de periode vanaf 1915. Van 1930 tot 1941 werd de correspondentie chronologisch geordend en werd hierop een summiere agenda bijgehouden. Vanaf 1945 kwam de nadruk weer meer te liggen op een dossiergewijze ordening, terwijl men vanaf 1967 terugviel op een chronologische ordening. Deze gang van zaken kan als exemplarisch gezien worden voor de archiefvorming, zoals deze plaats vond bij de meeste commissies en verenigingen. Als uitzondering hierop dienen genoemd te worden de archieven van de Stichting pensioen- en invaliditeitsfonds van de Unie, de Bouwstichting van de Unie en de Broederschap van baptistenvoorgangers. In de twee stichtingsarchieven werd consequent een dossierordening gehandhaafd, terwijl de archiefstukken van de Broederschap per gehouden conferentie chronologisch werden afgelegd.

Op basis van deze situatie en ten behoeve van de toegankelijkheid van de archieven, hebben wij besloten de archiefstukken zoveel mogelijk in dossiers te ordenen, waarbij de uitoefening van de taak het belangrijkste ordeningscriterium was.