Het oudste deel van het familiearchief lag in 1669 nog op het slot Boetzelaer, waar het gezien is door Zweder van den Boetzelaer, gouverneur van Gennep, die afschriften van de voornaamste stukken maakte en tevens constateerde dat het archief sterk van vocht en vraat te lijden had gehad. Deze afschriften, samen met een aantal originelen, bevinden zich nu bij het hier beschreven archief. Naar de lotgevallen van het overige archief dat bij de duitse tak berustte kunnen wij slechts raden. Vermoedelijk gingen de stukken deel uitmaken van het archief van de Von Hertefelds, die het huis Boetzelaer in de 18e eeuw bezaten. Deze familie week in 1802 naar het oosten uit en archief schijnt tijdens de oorlogshandelingen in 1945 verbrand te zijn.

Van de vele Van Boetzelaers die in de 17e en 18e eeuw in de Nederlanden woonden zijn slecht incidenteel stukken bewaard. Pas vanaf de hierboven genoemde Nicolaas van den Boetzelaer vertoont het archief continuïteit en is het kennelijk van vader op zoon vererfd, waarbij het tevens verrijkt werd met stukken van de families van de echtgenotes, waaronder het archief van de familie Both Hendriksen, beginnend met de papieren van Pieter Both, gouverneur-generaal van Oost-Indië, wel het belangrijkste is.

Van de door de familie in de 19e eeuw bezeten landhuizen is het archief van Sandwijk het meest volledig. Van Kolenberg is minder bewaard, terwijl stukken betreffende Eyckenstein en Houdringe ontbreken. Doordat Dubbeldam nog in het bezit van de familie was toen het archief in bewaring werd gegeven bevat dit archief weinig hiaten. Van Kijfhoek daarentegen zijn slechts enkele stukken bewaard; ook van het archief van Asperen is niet veel meer over. Deze heerlijkheid - of wat daaronder verstaan werd - was weliswaar in 1938 in de familie teruggekomen, maar zij was daarvóór ruim honderd jaar in andere handen geweest. Bewaard zijn enige middeleeuwse stukken en wat eigendomsbewijzen uit de 18e eeuw. Van de heerlijkheid Langerak zijn nog minder stukken bewaard. Het familiearchief Des Tombe, dat eveneens op het rijksarchief in Utrecht berust, bevat daarover meer bescheiden, die vermoedelijk door J.W. des Tombe in het kader van zijn studie van de familie Van Boetzelaer verzameld zijn.

Afzonderlijk moet hier de collectie De Groot genoemd worden, in de vorige inventaris "collectie Graswinckel" genaamd. We zouden het een kistarchief kunnen noemen, daar het bestaat uit stukken afkomstig van families en personen die na elkaar een kist van Hugo de Groot - dé kist? - bezeten hebben. De kist werd gebruikt om de stukken in te bewaren. In 1862 was de kist met inhoud het eigendom van Gijsbert Jacob Graswinckel des Villates, die in dat jaar zonder kinderen overleed. Een van zijn erfgenamen was Christiaan Willem Johannes Cornelis van Boetzelaer, wiens moeder een Graswinckel was. De kist bleef geruime tijd een twistappel tussen diverse erfgenamen, maar belandde uiteindelijk bij Godfried Hendrik Leonard van Boetzelaer, als beheerder van het familiearchief Van Boetzelaer. In 1925 werd de kist geschonken aan het stedelijk museum in Delft; uit de inhoud waren al in 1911 stukken betreffende Hugo en Willem de Groot in bewaring gegeven aan het Algemeen rijksarchief in Den Haag *  . Een aantal bescheiden betreffende de gebroeders De Groot is toen echter over het hoofd gezien. Deze stukken zijn het, die samen met de papieren van latere erfgenamen de collectie uitmaken.

De hier beschreven archieven zijn niet alle tegelijk in bewaring gegeven aan het rijksarchief in Utrecht. Het eerst gebeurde dat met het familiearchief, samen met de collectie De Groot. In de tweede wereldoorlog heeft namelijk het springen van een verwarmingsbuis op Houdringe, waar deze archieven toen lagen, ernstige schade veroorzaakt. De familie liet het archief restaureren op het rijksarchief in Utrecht, voor zover dat mogelijk was. De meeste stukken zijn met rijstpapier verstevigd, maar sommige waren daarvoor te teer of te onleesbaar en kunnen ook nu nog niet aan het publiek in handen worden gegeven. In de inventaris zijn zij met een X gemerkt, waarbij van de notariële akten zoveel mogelijk gegevens genoteerd zijn, zodat men de minuten van deze akten eventueel in notariële archieven kan raadplegen. In 1956 werd het huis Houdringe verkocht en het familiearchief is toen aan het rijksarchief in Utrecht, waar het toch al lag, in bewaring gegeven. In die tijd zijn daar ook de archieven van Kolenberg en Sandwijk bijgevoegd. Ook heeft de toenmalige eigenaar van het familiearchief Des Tombe een portefeuille met door J.W. des Tombe verworven stukken betreffende de Van Boetzelaers tot Toutenburg bij het Van Boetzelaer archief gevoegd. Toen de eerste inventarisatie bijna voltooid was kwam er nog het archief van Dubbeldam bij, archivalia betreffende de heerlijkheid Asperen en stukken betreffende Kijfhoek. Na deze inventarisatie is het archief met nog meer stukken verrijkt, waaronder als belangrijkste bestanddelen genoemd mogen worden de bescheiden van Carel Wessel Theodorus van Boetzelaer (1873-1956), zendingsconsul van Nederlands Indië en kamerlid, en een collectie foto's vervaardigd door Vincent Lodewijk van Boetzelaer (1869-1962).