In de jaren vijftig van de 20e eeuw begon de directeur van het Aartsbisschoppelijk Museum van Breda met een systematische inventarisatie van het verspreide kunstbezit in het Bisdom Breda. Doel hiervan was om de kerbesturen aan te zetten tot een zorgvuldige omgang met de goederen die onder hun beheer stonden. Dit initiatief werd vervolgens door diverse andere (zuidelijke) bisdommen en (bisschoppelijke) musea overgenomen. Dit leidde tot plannen voor de opzet van een landelijk project, te subsidiëren door het Ministerie van Cultuur, Recreatie en Maatschappelijk werk. Tevens speelde een belangrijke rol dat op het tweede Vaticaanse Concilie in 1969 afgekondigd werd dat de liturgie een grondige vernieuwing zou ondergaan waardoor het kerkinterieur zou veranderen. Als gevolg hiervan ontstond de zogenaamde 'tweede beeldenstorm' en was het zaak om de kunstvoorwerpen die uit de kerken werden verwijderd behouden te laten blijven.

In 1967 werd er een commissie ingesteld met afgevaardigden van het ministerie en van het Nederlands Episcopaat waarin de plannen voor het project verder werden uitgewerkt. Het was de bedoeling om diocesane commissies in te zetten voor het inventariseren van het kerkelijk kunstbezit. De leiding van het project zou in handen komen van een landelijk adviseur. Op 1 januari 1969 ging het project van start en was de dienst Kerkelijk Kunstbezit een feit. Het Aartsbisdom Utrecht stelde Gerard Albert Wellen (1923-2009), secretaris van het bestuur van het Aartsbisschoppelijk Museum te Utrecht, per 1 januari 1969 aan tot landelijk adviseur.

Ook in de noordelijke bisdommen werden vervolgens in 1969 Diocesane Commissies Kerkelijk Kunstbezit ingesteld ten behoeve van de inventarisatie van het kunstbezit en het toezicht op de geïnventariseerde objecten. In 1970 gingen de commissies samenwerken in een Landelijke Federatie van de dienst Kerkelijk Kunstbezit in de Nederlandse Kerkprovincie.

Dit initiatief van de Rooms-Katholieke kerk vond geleidelijk zijn weerklank bij andere geloofsgenootschappen in Nederland. In 1971 werd Wellen door de Oud-Katholieke Kerk verzocht om leiding te geven aan een gelijksoortig project voor laatstgenoemd kerkgenootschap. Het Landelijk Bureau verleende hieraan dezelfde diensten als aan de Rooms-Katholieke kerk. Op 9 december 1974 werd de Stichting Protestantse Kerkelijke Kunst opgericht door de Algemene Doopsgezinde Sociëteit, de Evangelisch-Lutherse Kerk, de Nederlandse Hervormde Kerk en de Remonstrantse Broederschap. Tot deze stichting traden in 1976 ook de Gereformeerde Kerken in Nederland toe. De doelstelling van de stichting hield onder meer in dat er een systematisch inventarisatie van de belangrijkste objecten van geschiedenis en kunst gemaakt zou worden. Hiervoor werd wederom het Landelijk Bureau om ondersteuning verzocht. In 1976 deed ook de Stichting Protestantse Kerkelijke Kunst een beroep op de landelijk adviseur om leiding te geven aan de inventarisatie van haar kunstbezit.

Als gevolg van deze schaalvergroting lag het voor de hand de samenwerking een stabielere basis te geven vanuit de oprichting van een interkerkelijke stichting. In het voorbereidingsproces werd besloten tot de omzetting van de Landelijke Federatie van de dienst Kerkelijk Kunstbezit 'oude stijl' in de Landelijke Federatie Kerkelijk Kunstbezit van de Rooms-Katholieke Kerk. De voorbereiding mondde uiteindelijk op 26 september 1977 uit in de oprichting van de Stichting Kerkelijk Kunstbezit in Nederland. De stichting werd opgericht door de Landelijke Federatie Kerkelijk Kunstbezit van de Rooms-Katholieke Kerk, de Oud-Katholieke Kerk van Nederland en de Stichting Protestantse Kerkelijke Kunst. Het doel van de stichting was het bevorderen van belangstelling voor en kennis van de objecten van geschiedenis van voornoemde kerken.

Aan het hoofd van de stichting stond een (algemeen) bestuur, benoemd door de Landelijke Federatie Kerkelijk Kunstbezit, de Oud-Katholieke Kerk van Nederland en de Stichting Protestantse Kerkelijke Kunst. Voor de uitvoering van de werkzaamheden en voor de dienstverlening werd een Landelijk (Centraal) Bureau ingericht met aan het hoofd een directeur die samen met het dagelijks bestuur voor de werkzaamheden verantwoordelijk was. Verder vertegenwoordigde de directeur de stichting naar buiten toe en en initieerde hij, meestal in samenwerking met andere erfgoedinstellingen, projecten om religieus erfgoed onder de aandacht te brengen. Wellen werd de eerste directeur van de stichting. Hij heeft deze functie bekleed tot aan zijn penisonering in 1989.

Naar aanleiding van een statutenwijziging met ingang van 1 januari 2001 werd een Raad van Advies ingesteld waarin vertegenwoordigers zitting hebben die diensten of goederen van de stichting afnemen of aan de stichting leveren. De Raad vormt daarmee een overlegorgaan tussen de directeur en voornoemde organisaties.

Ten behoeve van de inventarisatie van het (niet-museale) kerkelijke kunstbezit werd een Landelijk Bureau opgericht, vanaf 1977 gehuisvest in het klooster Arca Pacis aan de Engweg 44 te Driebergen waar de zusters van het klooster ingeschakeld werden voor het administratieve werk. Het depot voor bewaring van objecten was gevestigd in buitenplaats Dijnselburg te Zeist. Ten slotte beschikte de stichting nog over kantoorruimte, achtereenvolgens in panden aan de Maliesingel 38 en de Mariahoek 16-17, beide te Utrecht.

De financiering van de werkzaamheden werd in 2012 een dusdanig probleem dat besloten werd om de stichting op 1 juli van dat jaar op te heffen. De taken op het gebied van het inventariseren, selecteren en waarderen van religieus erfgoed werden neergelegd bij museum Het Catharijneconvent te Utrecht. Aan dat museum werd per 1 januari een nieuwe afdeling Erfgoed in kerken en Kloosters verbonden. De landelijke database van objecten die door de stichting beheerd werd is door het museum overgenomen en voortgezet.