Op 12 mei 1959 nam het bestuur van de kerkmuziekschool het besluit tot de oprichting van de Kathedrale Koorschool. Initiatiefnemer was kapelaan Huub Voncken, die vanaf 1954 behalve rector van de kerkmuziekschool ook dirigent van het Kathedrale Koor was. Met de oprichting van de koorschool hoopte men het bestaan van het Kathedrale Koor te kunnen bestendigen. Omdat de aanwezigheid van vrouwen in het koor, vooral op het priesterkoor, in deze tijd niet in overeenstemming was met de kerkelijke richtlijnen, voorzagen jongenskoren in een grote behoefte. Enkele jaren eerder, in 1951, was in Haarlem om dezelfde reden de Kathedrale Koorschool St. Bavo opgericht.

Het bestuur van het Nederlands Instituut voor Katholieke Kerkmuziek verklaarde zich bereid om de school als zogenaamde ‘ingebouwde’ school onder zijn hoede nemen, op voorwaarde dat zijn studenten zouden kunnen oefenen met de leerlingen. Daarnaast eiste men de volledige zeggenschap op over de financiën en het benoemingsrecht van de leerkrachten. Het bestuur van het instituut werd aangesteld als hoofdbestuur van de koorschool, dat echter vooral een controlerende taak had. Het dagelijks bestuur werd gevormd door de Commissie van Toezicht van de Kathedrale Koorschool, voortgezet als het Bestuur Koorschool. In de commissie was het bestuur van het NIKK weliswaar vertegenwoordigd, maar namen de vertegenwoordigers van het Kathedrale Koor over het algemeen het voortouw.

Hoewel men de school in eerste instantie wilde vestigen in het pand Plompetorengracht 1, werd uiteindelijk gekozen voor Plompetorengracht 5. Bij het aannemen van leerlingen werd niet alleen naar muzikaliteit gekeken, maar ook naar schoolprestaties. Omdat beide bij jonge kinderen moeilijk te meten waren, had de school geen lage klassen, maar alleen de klassen 3 tot en met 6 (later de groepen 5 tot en met 8). De onderwijzers moesten muzikaal geschoold zijn en begrip kunnen opbrengen voor de wensen van het Kathedrale Koor, zonder de belangen van het onderwijs uit het oog te verliezen. De dirigent van het koor moest niet alleen een bekwaam koorleider zijn, maar ook goed met kinderen overweg kunnen. Omdat Voncken, de rector van de kerkmuziekschool en dirigent van het Kathedrale Koor, niet beschikte over een onderwijsakte, werd onderwijzer Jan Michielse als schoolhoofd aangesteld. Na het vertrek van Voncken als directeur van de kerkmuziekschool in 1963, volgde Michielse hem op als dirigent van het Kathedrale Koor, ondanks het feit dat hij zijn diploma praktijkdirectie nog niet had.

In 1968 werd de Kathedrale Koorschool een gemengde school. Jan Michielse verruilde het directeurschap voor een baan op het Ministerie van O.K. en W. Als dirigent van het jeugdkoor had hij gezorgd voor instrumentale begeleiders en tevens andere vernieuwingen doorgevoerd. Nieuwe verhoudingen met het Kathedrale Koor en het NIKK zorgden voor enige onrust binnen de school. J. Sijbers was in deze jaren een stabiele factor die de school draaiende hield. Vanaf 1973 participeerden ook de ouders van de leerlingen actief in het dagelijks bestuur, dat voortgezet werd als het College Bestuurszaken. De relatie met het koor werd verbeterd door de vorming in 1978 van een nieuw koorbestuur waarin ook de ouders en de school vertegenwoordigd waren. In die tijd werd ook een begin gemaakt met instrumentaal onderwijs aan de leerlingen. Omdat het NIKK vanaf 1980 een eigen koor had, werden de ochtendrepetities niet meer door studenten begeleid, maar door de dirigent van het Kathedrale Koor.

Onder druk van de op handen zijnde fusie van het NIKK met het Nederlands Instituut voor Kerkmuziek moest de Kathedrale Koorschool in 1978 zelfstandig worden. Het College Bestuurszaken werd daarom als dagelijks bestuur vervangen door het oudercomité. Het NIKK bleef bestaan als eigenaar van de gebouwen, die verhuurd werden aan de koorschool (gemeente) en het nieuwe instituut (Rijk), en als bestuur van de Kathedrale Koorschool.