Secretarissen als archiefvormers van de raad waren achtereenvolgens dr. T. Dekker (1951-1968), dr. C.P. van Andel (1968-1986) en drs. A.W. Berkhof (1989-1997/98) *  . In de periode 1968-1973 was het secretariaat bij de synode ingehuisd. Hierdoor kwam het dat een gedeelte van het archief uit die periode terechtgekomen was in het synodearchief. Bij de inventarisatie van het synodearchief (2004-2012) werd dit ontdekt en werden de stukken overgebracht naar het archief van de raad alwaar ze in 2013 weer aan het raadsarchief werden toegevoegd *  . Het archief van de raad uit de periode 1951-1968 werd in 1985, samen met vele andere archieven van de Nederlandse Hervormde Kerk, in bewaring gegeven bij het Algemeen Rijksarchief (ARA) te 's-Gravenhage. In 1986 werd door het ARA een plaatsingslijst (feitelijk een inventaris) van dit archiefgedeelte samengesteld. De omvang van dit gedeelte bedroeg 3 m. In 1989 verzocht de archivaris van de Nederlandse Hervormde Kerk om ook het archief tot 1975 over te brengen naar het ARA. Dit was echter in 1985 al grotendeels samen met het synodearchief overgebracht. In 1999 werden alle archieven vanuit het ARA overgebracht naar het Landelijk Dienstencentrum van de Samen-op-Weg kerken te Utrecht. Tevens werd daar ook het gedeelte 1976-1998, afkomstig van de laatste secretaris, gevestigd te Driebergen, met een omvang van 3 m, ondergebracht.

De oude ordening van het archief over 1975-1998 is imn 2010 tijdens een externe bewerking verloren is gegaan waarna in 2013 is besloten deze alsnog te herstellen. De oude ordening in de inventaris van 1986 is gehandhaafd. De inventaris uit 2013 bestaat dan ook uit twee gedeelten: 1951-1968 en 1969-2004. Rubriek 2.2 van het archief 1951-1968 betreft een oude ordening door de secretaris van de raad, waarbij de onderwerpen waren genummerd A t/m Z en onderverdeeld in A1, A2 etc. Deze oude ordening was in de inventaris 1986 gehandhaafd en is ook overgenomen in de onderhavige inventaris. Een gedeelte van het archief uit de jaren tachtig was vóór 1997 door vocht aangetast. Dit is met gammastralen behandeld. Vernietigd werden de categorieën stukken zoals vermeld in Institutioneel onderzoek naar de bovenplaatselijke organen van de Nederlandse Hervormde Kerk door A.S. Fris uit 1997.