In 1940 werd door de Commissie voor Kerkelijk Overleg van de Nederlandse Hervormde Kerk (NHK) *  een subcommissie of werkgroep voor Kerk en Kerken ingesteld.
De subcommissies of werkgroepen beoogden om voorbereidend werk te verrichten met als resultaat het vormen van "raden". In mei 1944 werd deze subcommissie door de Algemene Synodale Commissie, het hoogste orgaan van de Nederlandse Hervormde Kerk, omgezet in een Raad voor Kerk en Kerken, vanaf 1 mei 1951 (na invoering van de nieuwe Kerkorde) Raad voor het Verband met Andere Kerken. In de Kerkorde van 1951 (ordinantie 20, art. 2) wordt de taak van de Raad als volgt omschreven:

'Voor het tot stand brengen en onderhouden van het verband met andere kerken benoemt de generale synode een Raad voor het Verband met Andere Kerken.
De raad, zijn commissies en delegaties hebben tot taak de gemeenten en haar leden op te roepen tot het belijden in woord en daad van de eenheid der Kerk in Christus, de synode in te lichten omtrent het kerkelijk en oecumenisch leven der Hervormde Kerk, en advies te geven aan de generale synode in zaken waarbij de verhouding tot andere Kerken aan de orde is. Deze raad benoemt uit zijn leden en uit de lidmaten der Kerk vaste commissies ter onderbouwing van nauwere betrekkingen met Kerken waarmede de Nederlandse Hervormde Kerk door bijzondere banden van belijdenis of geschiedenis is verbonden'.

In de beginjaren fungeerde de Raad met name als adviescommissie aan de synode als het gaat om de verhouding van de Nederlandse Hervormde Kerk tot andere kerkgenootschappen in Nederland, in het bijzonder de Gereformeerde Kerk in Hersteld Verband. Kort na de oorlog stond de verhouding tot de kerken in Duitsland centraal. Daarna kwam de oecumene en het gesprek met andere kerkgenootschappen in Nederland goed op gang. * 

In 1970 heeft F.H. Landsman, secretaris van de synode, een poging gedaan de werkzaamheden van de Raad nader te definiëren. Ten aanzien van de bilaterale en multilaterale contacten met binnenlandse kerken had de Raad een adviserende taak naar de synode toe. Dit betrof ook het adviseren op lokaal en provinciaal kerkelijk niveau. Daarnaast was er het leggen van contacten met andere kerken, met uitzondering van de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Rooms-Katholieke Kerk. Wat betreft de relaties met buitenlandse kerken was, naast de adviserende rol richting synode, een specifieke taak toegedicht aan de raad als het gaat om het onderhouden van contacten met Belgische, Duitse en Franse kerken. * 

Eind 1970 werd in de vergadering van de Raad een notitie en voorstel van lid prof. J.A. Bronkhorst behandeld om de taken van de Raad te herstructureren. Uit zijn onderzoek bleek dat de werkzaamheden niet (meer) overeenkwamen met de kerkordelijke bepalingen, waardoor de Raad niet optimaal kon functioneren. Het bleek dat (te) veel taken behartigd werden door de synode en haar commissies. In 1968 werd immers door de synode het Hervormd Beraad over de verhouding tot de Rooms-Katholieke Kerk (het Hervormd-Romeberaad) in het leven geroepen waardoor dit aspect buiten het gezichtsveld van de Raad kwam te liggen. Ook het "Samen-op-weg" proces met de Gereformeerde Kerken in Nederland (vanaf 1970) ging grotendeels langs de raad heen.

Tot 1972 werden de contacten met de Belgische protestantse kerken onderhouden door de in Nederland gevestigde Stichting Silo-Nederland (opgericht in 1893 onder de statutaire naam Stichting Silo tot ondersteuning van de stads- en landsevangelisatie in Brussel en Vlaams-België). *  In 1972 werd op advies van de Raad door het moderamen van de generale synode van de Nederlandse Hervormde Kerk aan de Raad gevraagd om een contactcommissie in het leven te roepen. In 1973 ging dan ook een Commissie voor contact met de (Verenigde) Protestantse Kerk van België van start, in de volksmond ook wel genoemd België-commissie. Deze nam vanaf dat moment de meeste taken van de Stichting Silo-Nederland over. Deze stichting bleef nog wel bestaan onder andere voor de geldwerving. Aan Belgische zijde werd vanuit de Protestantse Kerk in 1972 een vergelijkbare commissie ingesteld, de commissie België-Nederland *  .

Mw. M. v.d. Berg-Warners was secretaris van zowel Stichting Silo-Nederland als van de België-commissie, reden waarom ook stukken van voornoemde stichting bij het archief van de België-commissie werden aangetroffen. In 1976 bleek dat van de oorspronkelijke opzet, het instellen van diverse vaste commissies alsmede van de voorstellen uit 1970 niets was terechtgekomen, met uitzondering van de België-commissie. Voorgesteld werd de werkzaamheden van de Raad te organiseren in een afdeling binnenland (waaronder als sectie het Hervormd Romeberaad zou komen te vallen) en buitenland (te verdelen in secties). Hier lijkt ook geen gevolg aan te zijn gegeven.

In 1988 is sprake van overdracht van een aantal taken van de Raad aan de Generale Raad voor Missionair en Diakonaal werk en Oecumenische relaties (MDO) van het Interim-Samenwerkingsverband SoW. In ieder geval is sinds 1989 sprake van intensivering van het werk van de Raad in SoW-verband waardoor de werkzaamheden van de Raad geleidelijk werden afgebouwd. In 1998 vond overdracht van de taken plaats aan de stafafdeling (bureau) voor oecumene binnen het "SoW-samenwerkingsorgaan 2". Op 27 november 1998 besloot de generale synode om een aantal organen van bijstand, commissies en (be-)raden die werkzaam zijn op het terrein van missionaire, diaconale en oecumenische arbeid samen te voegen in een nieuw Generaal Samenwerkingsorgaan voor Missionaire, Diakonale en Oecumenische arbeid (MDO), waarbij naast de Raad zelf ook een einde kwam aan het enkele jaren daarvoor op initiatief va de raad ingestelde Oecumenisch Beraad van de Nederlandse Hervormde Kerk. De België-commissie werd onder de naam België-Nederland Commissie voortgezet als werkgroep onder de sectie Europa van de Commissie Buitenland van het Generaal Samenwerkingsorgaan voor Missionaire, Diakonale en Oecumenische arbeid.

Op 21 juni 1967 besloot de generale synode tot het instellen van een centrale commissie voor de verhouding Rome-Reformatie. Op 13 februari 1968 vond de eerste bespreking plaats van het moderamen met veertien genodigden, deels afkomstig uit de provinciale kerkvergaderingen. De taak van de commissie zou zijn "studie, beleidsvorming en aktie", zodat er meer coördinatie zou komen in de veelsoortige contacten die op verschillend niveau aanwezig waren. Na een voorbereidingsperiode kon op 1 september 1968 de commissie onder de naam Hervormd Beraad over de verhouding tot de Rooms-Katholieke kerk (Hervormd-Romeberaad) van start gaan. De eerste secretaris was C.P. van Andel. Uit het Beraad werd een kleine werkgroep als kerncommissie (dagelijks bestuur) gevormd. *  Vanaf 1983 vond intensieve samenwerking plaats met de Taakgroep Reformatie/Rome van het deputaatschap Oecumene binnenland van de Gereformeerde Kerken in Nederland en vanaf 1996 in het Samen op Weg-Beraad over de verhouding tot de Rooms-Katholieke kerk. Vanaf 1999 valt dit SOW-Romeberaad onder de nieuwe (SoW) Generale Raad voor Missionaire en Diaconale arbeid en Oecumenische relaties (MDO).