Op donderdag 22 juni 1854 werd de eerste landelijke gereformeerde archivaris benoemd. In de handelingen van de synode der Christelijk Afgescheidene Gereformeerde Kerk in Nederland, gehouden van 8 tot en met 22 juni 1854 te Zwolle staat hierover: 'Door een der leden wordt opgemerkt, dat de Kerk wel behoefte krijgt aan eenen Archivarius, tot bewaring der stukken, die der Kerk toebehooren. De Synode in deze opmerking deelende, wordt Ds. S. van Velzen als Zoodanig benoemd.' (Art. 12, 22 juni 1854). Ds. Van Velzen was een van de 'vaders der Afscheiding' en ook was hij hoogleraar aan de pas opgerichte Theologische School in Kampen. Over de archiefwerkzaamheden van ds. Van Velzen is weinig bekend. In die tijd was het namelijk nog geen gewoonte dat de archivaris verslag aan de synode uitbracht van zijn werkzaamheden.

Pas in 1882 werd weer iets over de archivaris vernomen. In de handelingen van de synode van Zwolle staat dat 'de archivarius wordt belast met de zorg voor het meublement dezer synode; tevens wordt hij gemachtigd om het laken voor de tafel en den lessenaar der curatorenzaal benoodigd, van hetzelve aftenemen'.

In 1884 kreeg de archivaris, in plaats van het verzorgen van het meubilair van de synode, een extra taak die verband hield met zijn functie. Hij werd namelijk belast met de samenstelling van een gedenkboek in verband met de vijftigjarige herdenking van de Afscheiding van 1834.

Van Velzen bleef nog tot 1891 als archivaris in functie. Hij werd opgevolgd door dr. H. Bavinck. Het archivarisschap van Bavinck was van korte duur. In 1892 verenigden de kerken van Afscheiding en Doleantie zich in de Gereformeerde Kerken in Nederland. Al tijdens de eerste synode (Dordrecht 1893) kwamen de archiefaangelegenheden aan de orde.
Besloten werd de synodale archieven van de beide voormalige kerkgenootschappen en de nieuw te vormen archieven in bewaring te geven bij de kerk van Amsterdam. Deze kerk moest ook zorg dragen voor de ordening hiervan, terwijl bij iedere nieuwe synode een rapport moest worden ingediend. De archieven werden ondergebracht in een lokaal aan de Kerkstraat. Als archivaris werd door de kerkenraad ds. H.W. van Loon benoemd.

De ruimte aan de Kerkstraat was niet brandvrij. Om deze reden werd een betere ruimte voor het archief gezocht. In 1914 kon een nieuwe bewaarplaats in de Keizersgrachtkerk in gebruik worden genomen. De nieuwe ruimte was weliswaar brandvrij, maar niet vochtvrij. Al spoedig ontstond een schimmellaag op de stukken. Ds. T. Ferwerda, die Van Loon als archivaris was opgevolgd, schreef in zijn rapport aan de synode van Rotterdam (1917): 'Aanvankelijk werd getracht het voortwoekeren van den aanslag te bestrijden met ongebluschte kalk; maar deze maatregel bracht slechts weinig merkbaar resultaat.' Besloten werd een nieuwe archiefruimte te huren. Deze werd gevonden in de Amsterdamse Nassaukerk. Echter, ook deze ruimte was niet vrij van schimmel.

In 1927 werden door de generale synode voor het eerst deputaten voor het archief benoemd. De synode benoemde drie personen, die de opdracht kregen een volledig onderzoek in te stellen naar inrichting en onderhoud van het (synodale) archief en aan de eerstvolgende synode daarover verslag uit te brengen. De drie benoemde personen waren de heren dr. G. Keizer, dr. Th. Ruys Jr. en G. van Zeggelaar. Daarnaast beval de generale synode de classes aan, dat zij de kerkvisitatoren zouden vragen ervoor te zorgen dat de archieven van de plaatselijke kerken in orde zouden zijn. Voorts drong zij er bij de classes en particuliere synodes op aan dat deze er voor zouden zorgen dat ook hun eigen archieven in goede staat zouden zijn. In een Commissie van Advies voor de archieven van kerken, classes en particuliere synodes werden de heren dr. Th. Ruys Jr. en dr. H. Kaajan benoemd *  .

In 1930 werd dr. Th. Ruys Jr. door de synode tot archivaris benoemd. Hij kreeg als opdracht een wetenschappelijke inventarisatie van de synodale archieven te verrichten. Omdat voor dr. Ruys de afstand naar Amsterdam te groot was, werden de archieven in mei 1936 overgebracht naar de Westduinkerk in Den Haag. De kerk van 's-Gravenhage-West werd aangewezen als archiefbewarende kerk.

In 1933 (synode van Middelburg, art. 262) werden wederom drie deputaten benoemd voor het archief. De naam van het deputaatschap werd vanaf dat moment 'Deputaten voor toezicht op het synodaal archief'. Later werd de benaming 'Deputaten voor toezicht op het algemeen kerkelijk archief'. Als deputaten werden benoemd de heren dr. K. Dijk, dr. G. Keizer en G. van Zeggelaar.

In 1949 drong op zekere dag grondwater de kluis binnen. Het hele archief werd met een dikke laag schimmel bedekt. De papiermassa werd op het grasveld bij de kerk te drogen gelegd. Nadat het droogproces zich had voltrokken, bleek dat van de aangebrachte ordening weinig meer over was. In de kluis werd een ventilatiesysteem aangebracht; dit bleek te voldoen.

Na het overlijden van Ruys in 1953 werd in 1954 de heer H. Hoekstra (ex-predikant), verbonden aan het Gemeentearchief van Rotterdam, benoemd tot archivaris. De synodale archieven werden vervolgens in 1955 ondergebracht in de gemeentelijke archiefbewaarplaats aan de Mathenesserlaan te Rotterdam. Hoekstra werd per 1 januari 1960 door de synode als archivaris in vaste dienst benoemd. Het archivariaat werd hiermee een fulltime functie.
Tot aan zijn pensioen in 1968 heeft Hoekstra zich beziggehouden met de inventarisatie van de synodale archieven en met het verstrekken van mondelinge en schriftelijke inlichtingen aan geïnteresseerden in de gereformeerde kerkgeschiedenis (inv.nrs. 88-92). Om financiële redenen besloot de synode geen nieuwe vaste archivaris te benoemen. Deputaten voor toezicht op het algemeen kerkelijk archief droegen aan de heer J.C. Okkema, verbonden aan het Rotterdamse Gemeentearchief, op de lopende zaken van het archivariaat te behartigen. De heer Okkema voltooide de inventarisatie van de synodale archieven. De inventaris werd in 1975 in opdracht van de synode uitgegeven.

In 1969 informeerden deputaten door middel van een enquête bij de plaatselijke kerken, de classes en de particuliere synoden hoe het met het beheer van hun archieven gesteld was. Dit bleek niet al te best te zijn (inv.nrs. 122-129). Daarom bleven deputaten er bij elke nieuwe synode op aandringen opnieuw een gesalarieerde archivaris aan te stellen. In 1977 (synode van Zwolle) werd hiervoor groen licht gegeven.

De naam Deputaten voor toezicht op het algemeen kerkelijk archief werd achtereenvolgens in 1979 gewijzigd in Deputaten voor de archieven en in 1981 in Deputaten voor de archieven en het kerkelijk kunstbezit.

Op 1 september 1980 trad de heer C.J. de Kruijter in dienst als archivaris. Zijn opdracht bestond uit drie hoofdtaken, te weten het adviseren van de plaatselijke kerken, classes en particuliere synoden over archiefbeheer, het opzetten van een archiefsysteem voor de bureaus in het Dienstencentrum in Leusden en het beheren van de landelijke archieven van de Gereformeerde Kerken in Nederland. Vanaf zijn indiensttreding werden de archiefdienst en het archiefconsulentennetwerk opgezet en uitgebreid. Voor de plaatselijke kerken, classes en particuliere synoden werden Richtlijnen voor het beheer van de kerkelijke en semikerkelijke archieven opgesteld. De eerste voorlopige uitgave verscheen in 1980 (inv.nr. 138). In 1986 zijn in interkerkelijk verband nieuwe richtlijnen vastgesteld, uitgave van de Commissie tot registratie van de Protestantse kerkelijke en semikerkelijke Archieven (CPA) (inv.nr. 139). Deze zijn aan alle kerken toegestuurd. In 1990 en 1997 volgden de herziene tweede en derde druk. In samenwerking met de Studiegroep Archieven Dienstencentrum werd een registratuurplan (met archiefcode) ontwikkeld voor de dynamische archieven van de bureaus.
Ook is begonnen met het inventariseren van archieven van deputaatschappen van de generale synode. Bovendien verschenen er diverse publicaties over de geschiedenis van de Gereformeerde Kerken in Nederland, gestimuleerd door de vele activiteiten van de Commissie Herdenkingen Afscheiding, Doleantie en Vereniging (1834, 1886, 1892).

In januari 1981 werden op verzoek van de archivaris de synodearchieven en de deputaatschapsarchieven (voor zover zij daar nog niet waren) vanuit Rotterdam overgebracht naar het (sinds 1975 bestaande) Dienstencentrum van de Gereformeerde Kerken in Nederland te Leusden.

Al gauw werd samenwerking gezocht met de Commissie voor de Archieven van de Nederlandse Hervormde Kerk. Op 14 januari 1981 vond de eerste gezamenlijke vergadering plaats met deze Commissie. In deze vergadering werd gesproken over het werk van de archiefconsulenten (vrijwilligers die voorlichting geven aan plaatselijke kerken en gemeenten), het samenstellen van een registratuurplan, en het opstellen van regels voor het beheer van archieven in kerken/gemeenten waar al een vergevorderde gereformeerde/hervormde samenwerking was (inv.nrs. 76-86).

In de jaren die volgden werd de archiefdienst verder opgebouwd, werden regelingen vastgesteld voor het archiefbeheer, vond uitbreiding plaats van de samenwerking met andere protestantse kerken in de Commissie tot registratie van Protestantse kerkelijke en semikerkelijke Archieven (CPA), en werd het takenpakket van de archiefdienst uitgebreid met de inventarisatie van het kerkelijk kunstbezit. Deze inventarisaties vonden plaats via het landelijke bureau van de Stichting Kerkelijk Kunstbezit in Nederland (SKKN) te Utrecht. De SKKN ontving subsidie van de GKN (zie de inventarisnummers 131 tot en met 136).
De naam van het deputaatschap werd gewijzigd in 'Deputaten voor de Archieven en het kerkelijk Kunstbezit van de Gereformeerde Kerken in Nederland' (vergadering Breed Moderamen van woensdag 9 december 1981). Tijdens dezelfde vergadering werd afscheid genomen van drs. R.A.D. Renting, voorzitter van het deputaatschap gedurende drieëntwintig jaar. Ook werd in deze periode een start gemaakt met de voorbereidingen van de herdenkingen van 1834 (Afscheiding), 1886 (Doleantie) en 1892 (Vereniging). Er werd een Commissie Herdenkingen, met daaronder diverse werkgroepen, in het leven geroepen (inv.nrs. 54-56). De Commissie Herdenkingen heeft een eigen archief gevormd. Dit archief is in bewaring gegeven bij Het Utrechts Archief.

De heer De Kruijter werd per 1 januari 1983 benoemd als actuarius/archivaris, waarmee hij een uitbreiding van zijn takenpakket verkreeg. In verband daarmee werd de functie van adjunct-archivaris ingesteld. Per 1 juli 1983 werd de heer P. van Beek benoemd in deze functie.

Op 1 september 1984 overleed de hervormde archivaris dr. J.P. van Dooren. Omdat gedurende een aantal jaren geen nieuwe hervormde archivaris werd benoemd, stagneerde de samenwerking met de hervormde Commissie voor de Archieven enige tijd. In 1987 werd een nieuwe Commissie voor de Archieven ingesteld en werd de samenwerking hervat. Archivaris bij de Nederlandse Hervormde Kerk werd de heer J.C.M. van Haastrecht. In de periode die volgde werd ondermeer een aantal gezamenlijke bijeenkomsten van archiefconsulenten gehouden.

Een belangrijke taak in de jaren tachtig en negentig was het uitgeven van het Jaarboek voor de geschiedenis van de Gereformeerde Kerken in Nederland. Eén van de doelstellingen van het Jaarboek was de bij de herdenkingen gewekte belangstelling vast te houden en een basis te bieden voor een geregelde stroom van publicaties over de geschiedenis van de Gereformeerde Kerken in Nederland. In de jaren 1987-1992 verschenen zes jaarboeken (inv.nrs. 58-60 en bijlage)

In de jaren tachtig en negentig zijn verschillende archiefinventarissen gereed gekomen, onder andere in de reeks inventarissen van het Rijksarchief Utrecht, en in de Kamper Inventarisreeks.

Per 1 augustus 1992 nam de heer P. van Beek, in verband met aanvaarden van een functie elders, ontslag als adjunct-archivaris. Op 1 september 1992 werd hij in deze functie opgevolgd door de heer F. Rozemond.
In de jaren negentig werd in toenemende mate samengewerkt met de hervormde Commissie voor de Archieven. In 1992 zijn ook de Archiefcommissie en de Kunstschattencommissie in het Koninkrijk der Nederlanden bij de samenwerking betrokken. Dit overleg resulteerde in het opstellen van een rapport inzake de vorming van een samenwerkingsverband voor de Archieven en het Kunstbezit (inv.nr. 81). In 1994 bespraken deputaten met de hervormde en lutherse archiefcommissies in hun gezamenlijke vergadering het rapport 'Mensen en Structuren', een voorstel voor de vormgeving van de gezamenlijke bovenplaatselijke organisatie van de Nederlandse hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch Lutherse Kerk. Ook werd uitgebreid gesproken over de ordinanties inzake archiefbeheer in de conceptkerkorde van de Verenigde Protestantse Kerk in Nederland (VPKN).

In de jaren die volgden kreeg het landelijke Samen-op-Wegproces steeds verder vorm. De archivaris en de adjunct-archivaris participeerden in diverse commissies en werkgroepen (inv.nrs. 82-86).

Vanaf september 1997 zette de heer C.J. de Kruijter zijn functie van actuarius van de generale synode fulltime voort. Per 1 september 1997 volgde daarom de heer F. Rozemond de heer De Kruijter fulltime op als archivaris.

Buiten deputaten en archiefcommissies om werd in 1997 een functionarissenoverleg gestart, de werkgroep Documentaire Informatieverzorging. Steeds duidelijker bleek dat de beleidskaders werden aangegeven door het nieuwe management. Het deputaatschap en de hervormde Commissie voor de Archieven werden wel gehoord, echter niet voldoende serieus genomen. Alle nadruk in de nieuwe organisatie viel op actuele bedrijfsvoering en het beheer van de dynamische archieven. Het woord 'archiefdienst' mocht niet meer gebruikt worden. Er was bijna geen aandacht meer voor het beheer van de landelijke historische archieven en voor het verstrekken van inlichtingen daaruit, voor de inventarisatie en voor de overdracht van archieven. Bovendien zou in de nieuwe bovenplaatselijke organisatie slechts één parttime archivaris benoemd worden. Deputaten en functionarissen tekenden tevergeefs uitgebreid protest aan tegen de gevolgde gang van zaken en tegen de inhoud van de genomen besluiten (inv.nrs. 84-85).

Op maandag 1 november 1999 werd te Kootwijk, alwaar in 1886 de Doleantie begon, de laatste vergadering van het deputaatschap gehouden (inv.nr. 6). De archiefdiensten van de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Nederlandse Hervormde Kerk werden opgeheven, en de voorbereidingen voor de verhuizing van de archieven naar de nieuwe locatie in Utrecht werden getroffen.