De kerk van Amsterdam-Zuid is gedurende het bestaan van het kerkverband voortdurend als archiefbewarende kerk aangewezen. Uit een rapport van de 'deputaat tot het nazien van het archief' uit 1934 blijkt dat hij het archief geordend en aangevuld heeft. Ook heeft hij zo'n 100 brochures en geschriften verzameld die, zo schrijft hij, 'voor de geschiedenis onzer kerken van belang zijn'. Het archief wordt dan bewaard in de Parkkerk te Amsterdam. Het archief van de kort bestaan hebbende kerk van Makkum is dan al gedeponeerd. De stukken zijn per algemene (eerder: classicale) vergadering geordend. Per vergadering is een dossier aangelegd, en de stukken van de deputaten en deputaatschappen als ook de correspondentie zijn daarin opgeborgen. Deze werkwijze is tot aan de laatste vergadering in 1946 volgehouden. Het archief zal na het samengaan van het kerkverband met de Nederlandse Hervormde Kerk zijn overgebracht naar het toenmalige gebouw van de Generale Synode aan de Javastraat 100 te Den Haag. In de loop der tijd zijn er enkele archieven van plaatselijke kerken bijgevoegd, evenals de stukken betreffende het samengaan van de kerken. In 1988 wordt er van dit archief een plaatsingslijst vervaardigd en in bewaring gegeven bij het Algemeen Rijksarchief te Den Haag.

In 2006 is het archief geïnventariseerd. Dossiers zijn zoveel mogelijk intact gelaten, in een enkel geval was het nodig tot splitsing of samenvoeging over te gaan. De stukken met betrekking tot de vereniging zijn opnieuw geordend. Één dossier bleek thuis te horen in het archief van de synode van de Nederlandse Hervormde kerk en is overgedragen *  . In het archief bevonden zich stukken van een kring en van vijf plaatselijke kerken. Daarnaast maakt ook de verzameling publicaties die is aangelegd met het oog op het belang van de geschiedenis van het kerkverband deel uit van het archief *  . Deze verzameling is alfabetisch geordend, de lijst beschrijvingen is niet een complete bibliografie van de geschiedenis van de Gereformeerde Kerken in Nederland (in hersteld verband).

Een concordantie maakt het mogelijk de oude nummering van de plaatsingslijst te herleiden naar de nummering van deze inventaris. Het archief heeft een omvang van 3, 70 m' en is volledig openbaar.

Utrecht, 2005.
C.W. Stigter