Nadat vele voorstellen tot reorganisatie schipbreuk hadden geleden, voerde Koning Willem I in 1816 min of meer eigenmachtig een Algemeen Reglement van Bestuur in. Deze is in wezen tot aan de inwerkingtreding van de nieuwe kerkorde in 1951 leidend geweest.

De kerkorde van Dordrecht 1619 die dienst heeft gedaan tot 1816 heeft als hoofdindeling:
- Van de Diensten (ambten)
- Van de kerkelijke samenkomsten (ambtelijke vergaderingen)
- Van de Leer, Sacramenten en andere Ceremoniën
- Van de Censuur en Kerkelijke Vermaning (tucht)

Door het kerkelijke reglement van 1816 werden de ambtelijke vergaderingen vervangen door besturen, een soort regentencolleges waarbij de overheid sterke invloed had op de benoemingen. De Synode bestond uit tien predikanten en één ouderling of oud-ouderling. De hogere besturen mochten niet beslissen over leergeschillen omdat men bevreesd was voor kerkelijke strijd. De voornaamste taak van de besturen werd het bewaren van rust en orde. De enige meerdere vergadering die uit afgevaardigden bestond was de classicale vergadering. Alle bestuursbevoegdheden waren echter aan deze vergadering ontnomen en opgedragen aan een classicaal bestuur, bestaande uit een commissie van moderatoren, benoemd door de Koning.

De Koning was in feite de hoogste gezagsdrager in de kerk: alle reglementen die door de Synode en de provinciale besturen werden ontworpen, moesten worden ingezonden aan het ministerieel departement 'ten einde aan den Koning ter sanctie te worden aangeboden' en alle veranderingen waren 'insgelijks aan de approbatie van Zijne Majesteit' onderworpen. Op basis van dit Algemeen Reglement heeft de Koning vervolgens 'Provinciale Reglementen op de administratie van kerkelijke fondsen' vastgesteld, zodat via de door hem benoemde provinciale colleges van toezicht ook het beheer van de plaatselijke goederen aan zijn gezag werd onderworpen. De Koning beschouwde zich als de Opperkerkvoogd van de kerkelijke goederen. Bovendien verwierf hij door middel van het Departement voor de Hervormde Eredienst een krachtige greep op het bestuur van de kerk, dat voortaan hiërarchisch, van bovenaf was georganiseerd. De Nationale Synode, die sinds 1619 niet meer bijeen was geweest, diende voortaan jaarlijks te vergaderen, en te gaan fungeren als een sterk bestuursorgaan onder gouvernementeel toezicht. De benoemingen in de bestuurscolleges waren daarom een voorrecht van de Koning en het Departement, terwijl aan de kerkelijke organen zelf slechts het recht van voordracht was toegestaan.

Tussen 1842 en 1870 werd de directe bemoeienis van de overheid met het kerkelijk bestuur geleidelijk opgeheven. Na de grondwet van 1848 kon in 1852 een aanpassing van de kerkorde worden doorgevoerd, die de bevoogding door de overheid enigszins terugdrong. De kerk kreeg de benoemingen in bestuurscolleges nu in eigen hand. Omdat het oude bestuurssysteem gehandhaafd bleef, bleven er ook moeilijkheden komen. Zo mochten of wilden de kerkelijke besturen over het belijden, de leer en geloofsvragen geen uitspraken doen. Van kerkelijke tucht was dus geen sprake. Omdat de kerkelijke tucht ontbrak gingen de gemeenten zelf naar eigen normen een vorm van privé-tucht uitoefenen, door op de kansel alleen die predikanten toe te laten die voldeden aan de criteria die men zelf stelde. Hierdoor werd de kerk opgesplitst in richtingen, elke met eigen normen.

Vrees voor kerkelijke strijd en het niet spreken over de kerkelijke leer bleken slechte raadgevers te zijn, niet alleen was er de Afscheiding (1834), maar ook kwam er strijd tussen de richtingen. Dit stak in allerlei gebieden en onderwerpen de kop op. Zo werd er al vanaf begin jaren zeventig van de negentiende eeuw aangedrongen om het Algemeen Reglement bij te stellen. Met name artikel 11 met de tekst "handhaving van hare leer" werd een struikelblok. De een wilde meer vrijheid, de ander wilde volkomen leervrijheid omdat leerdwang onprotestants zou zijn, dit terwijl een derde groep de handhaving belangrijk achtte voor de noodzakelijke waarborg van het belijdend karakter van de kerk. Zo kwamen er in 1871, zeventien verzoeken binnen bij de Synode om bijstelling van het Algemeen Reglement. Deze gingen, naast het hierboven genoemde, over de samenstelling van de Synode, benoeming, diensttijd, verhouding Synode ten opzichte van het Provinciaal kerkbestuur en het examineren van kandidaten in de theologie. Dit werd aanleiding voor de Synode om de reorganisatie ter hand te nemen, maar het advies van de daartoe aangestelde commissie werd in 1872 afgewezen. Hierdoor ontstond wederom onenigheid tussen de diverse richtingen. Om de gevaren van scheuring af te wenden werd in 1873 een commissie van negen leden benoemd. Drie van orthodoxe, drie van evangelische en drie van de moderne richting. Zij kregen als taak het ontwerpen van een reorganisatie, waardoor het samen blijven van de onderscheidene richtingen verzekerd werd en de onvrede tegen de tegenwoordige regeling werden opgeheven. Er kwamen van alle richtingen adviezen, waarvoor, naar het bleek, geen enkele meerderheid was te vinden.

Het vraagstuk kwam in de jaren tachtig weer op door het instellen van commissies, die de Synode van advies dienden. Maar geen van de adviezen haalde het. Zelfs een Reglement met tijdelijke bepalingen tot bevordering van de vrede en rust in de kerk in 1886, werd door de Synode ongunstig onthaald en niet definitief vastgesteld. In dit jaar braken een aantal kerkenraden, optredend als ambtelijke vergaderingen, met de Synodale bestuursorganisatie, om zelfstandig en met eigen verantwoordelijkheid voor God, het belijdend karakter van de kerk te handhaven. Dit in navolging van de gemeente in Amsterdam. Op 16 december 1886 brak deze Amsterdamse kerkenraad officieel met het synodale bestuur, waarbij de zogenaamde Amsterdamse kwestie uitgroeide tot een grote groep gemeenten, die de Nederlands Hervormde Kerk verlieten en onder de naam van Doleantie bekend geworden zijn *  .

In de twintigste eeuw werd het vraagstuk van de reglementering wederom opgepakt, maar geen enkel voorstel haalde de eindstreep. De kerk was en bleef een hiërarchische besturenkerk alhoewel hier en daar door Raden (onder meer de Zendingsraad) ook nieuwe vormen zich aandienden. De Tweede Wereldoorlog bracht echter een kentering, die resulteerde in de nieuwe kerkorde van 1951 *  . Een nieuwe kerkorde, waarbij de situatie van vóór 1816 goeddeels werd hersteld.

De financiële losmaking van de overheid is pas in de twintigste eeuw gerealiseerd. De grondwet had in artikel 172 een verzekering gegeven, om aan predikanten een traktement e.d. te geven. De Staat fungeerde na de Bataafse tijd, waarin veel van de kerkelijke goederen waren genationaliseerd, als beheerder van het kapitaal, waarvan jaarlijks gelden werden uitgekeerd aan de bedienaren van de godsdienst en de kerkelijke gemeenten. Al in 1871 geeft de regering aan, hieraan wel een eind te willen maken. Toch heeft dit zogenaamde "zilveren koord" tot ver in de twintigste eeuw standgehouden door over de organisatie en de hoogte van de uitkering van mening te verschillen. Zo werd er in de Hervormde Kerk op 2 december 1920 een conferentie gehouden met de uitkomsten, dat er geen centraal lichaam voor de verdeling van de gelden was aan te wijzen en dat er onderscheid diende te worden gemaakt tussen het kapitaal voor de rijkstraktementen en de andere kapitalen *  .Toch veranderde er in de twintigste eeuw veel in de organisatie van de kerk. Met name heeft de Tweede Wereldoorlog noodgedwongen een duw in de richting van de nieuwe tijd gegeven. Verschillende takken van arbeid van de kerk werden ondergebracht in een organisatie van Raden en Werkgroepen. Dat deze Raden en commissies een nieuw elan brachten en zeer levensvatbaar waren, blijkt wel uit de enquête aan het eind van onze archiefperiode in 1945. De Raden zorgden zelf voor een steeds verdere uitbouw met commissies en werkgroepen, waardoor het noodzakelijk bleek het werkterrein af te bakenen van andere Raden.

Onafhankelijk van elkaar bleken er complexe overlappingen in de werkterreinen zodat contact tussen de Raden noodzakelijk bleek. Hierin werd voorzien door de ingestelde vergaderingen van secretarissen van de Raden. Een aantal van deze Raden groeide uit tot zelfstandige stichtingen zoals bijvoorbeeld de Stichting Kerk en Wereld *  .

Ook op het niveau van de Synode zien we een dergelijke verandering. Al in de negentiende eeuw werden pogingen in het werk gesteld, om tot herstel van de presbyteriaal-synodale kerkorde te komen. Pas tijdens de Tweede Wereldoorlog kwam het tot een doorbraak. Op 31 oktober 1945 kwam (voor het eerst sinds 1619) de Generale Synode als ambtelijke vergadering bijeen *  .